Когда Аурангзеб во второй раз прибыл в Декан в качестве наместника, он обнаружил, что управление страной осуществляется плохо, налоговые поступления сократились и площадь обрабатываемых земель уменьшилась. Между тем в Декане, как в приграничной провинции, постоянно находились значительные войска. Извлекаемые из провинции доходы не покрывали расходов. К счастью для себя, принц нашел в лице перса Муршид Кули-хана исключительно способного чиновника, который сумел провести важную налоговую реформу. Не будучи очень обременительными, новые налоги стимулировали развитие земледелия и освоение заброшенных земель. Многие жители вернулись в покинутые деревни, и там возобновилась нормальная жизнь. Укрепив армию, Аурангзеб в 1656 г. вторгся в Голконду и взял Хайдерабад. Правитель страны Абдаллах Кутб-шах укрылся в Голконде и упорно оборонялся. Из-за происков своих недоброжелателей Аурангзебу не удалось довести войну до победного конца. В марте по требованию Шах Джахана был заключен мир. Кутб-шах выплатил моголам контрибуцию в размере 10 млн рупий. В 1657 г. Аурангзеб начал войну с Биджапуром, занял Бидар и Кальяни. С побежденных также была взыскана контрибуция в размере 10 млн. рупий.
Тем временем в декабре 1657 г. Мурад в Ахмадабаде объявил себя падишахом. Его примеру последовал Шуджа в Бенгалии. Аурангзеб заключил союз с Мурадом, и братья двинулись против старшего Дары. Первая битва между претендентами на престол произошла в феврале 1658 г. при Бахадурпуре. Шах Шуджа был разбит Дарой. В мае при Самугархе, возле Агры, 50-тысячная армия Дары сошлась в решительном сражении с армией двух остальных братьев. Аурангзеб и Мурад одержали полную победу. 10 тыс. сторонников Дары пали в этой битве, а сам он бежал в Пенджаб. В июне 1658 г. Аурангзеб вступил в Агру, низложил и заточил своего отца. Тогда же был брошен в темницу Мурад (в 1661 г. его обезглавили). Укрепив свой тыл, Аурангзеб опять обратился против Дары. Тот бежал, не принимая сражения. В январе 1659 г. при Хаджве Аурангзеб нанес полное поражение Шах Шудже. В марте того же года он во второй раз разбил Дару. Вскоре тот был захвачен в плен и казнен. Шах Шуджа отступил в Бенгалию, но не смог здесь удержаться и бежал в Аракан, где его в 1661 г. убили магхи. Шах Джахан оставался в строгом заточении в крепости Агры до самой своей смерти.
Шах Джахан прожил восемь злосчастных лет со дня своего низложения. В беломраморных покоях, возведенных в свое время по его велению, он упорно боролся против все более строгих установлений сына. Бывали времена, когда его лишали письменных принадлежностей и даже права пользоваться собственным гардеробом. Между Шах Джаханом и Аурангзебом шла переписка: негодующая со стороны отца, строгая и лицемерная со стороны сына. Аурангзеб требовал, чтобы отец отдал ему все драгоценности, вплоть до жемчужных четок для молитвы. Обычно Аурангзеб одерживал верх. В конце концов, когда горечь при мысли об уничтожении трех своих наследников сменилась признанием того, что не осталось альтернативы Аурангзебу, Шах Джахан даже немного уменьшил свою враждебность по отношению к бессердечному сыну, тем не менее они больше никогда не встречались.
Шах Джахан скончался 22 января 1666 г. На следующее утро его тело перевезли в Тадж Махал, где он и был похоронен рядом со своей женой. Жан Батист Тавернье, который находился в то время в Индии, писал, что Шах Джахан имел намерение построить повторение Тадж Махала из черного мрамора на противоположном берегу Джамны как мавзолей для себя, соединенный мостом с усыпальницей жены, однако расчетливый Аурангзеб отказался от возведения столь грандиозного ансамбля и без особых хлопот поместил прах отца в уже существующем Тадже.
Время правления Шах Джахана было отмечено грандиозным строительством во многих городах империи. Самыми замечательными сооружениями этой эпохи стали мавзолей Тадж Махал в Агре, Красный форт, мечети Джами Масджид и Моти Масджид в Дели. Помимо них в Дели при Шах Джахане был построен рядом со старым фактически новый город, названный Шахджаханпур.
Расправившись со всеми врагами, Аурангзеб прочно утвердился на престоле и оставался на нем около пятидесяти лет. Одаренный полководец, хороший организатор, вникавший во все мелочи правления, он был безжалостным и жестоким человеком, чуждым какого бы то ни было великодушия. Еще в молодости Аурангзеб обнаружил склонность к аскетизму, которую не утратил потом до самой смерти, – он не употреблял вина, не ел говядины, а пил только воду и питался таким же просяным хлебом, какой ели бедные люди, спал на голой земле, одевался очень просто, соблюдал все посты и не пользовался дорогой посудой. При всем этом он был очень суров в вопросах морали, имел сильную волю, никогда не поддавался влиянию фаворитов. Бережливый и даже скупой в своих расходах, он щедро раздавал милостыню, а все свои войны превращал в войны за веру.