Однако сфера высшего образования не исчерпывалась факультетами. Начиная с XVI века во Франции институциональные инновации в сфере высшего образования шли в обход университетской системы. Точно так же и весь рост научного знания во Франции на протяжении XVI–XVIII веков – о какой бы отрасли знания мы ни вели речь – происходил вне университетских стен: он шел внутри неформальных сетей «республики словесности», которая создавала собственные институциональные (или квазиинституциональные) узлы в виде кружков и негосударственных академий. Внешние же институциональные крыши для исследовательской работы предоставлялись либо Церковью (исторические труды некоторых духовных конгрегаций, прежде всего бенедиктинской конгрегации св. Мавра), либо государством (государственные академии и перечисленные выше «дополнительные» образовательные заведения). Отношения между королевской властью и университетскими корпорациями являли собой сложное юридически регламентированное взаимодействие, в рамках которого давление короля на университеты совмещалось с давлением университетов на короля; но в любой данный момент времени «сила вещей», т. е. инерция существующего уклада, закрепленного корпоративными привилегиями, допускала лишь очень ограниченное обновление университетской жизни. Если же речь шла о преподавании новых дисциплин, королевской власти всегда было проще организовать это преподавание в обход университета, в форме разового скромного исключения из общих правил. Первым примером такой институции стал Королевский Коллеж (будущий Коллеж де Франс), выросший из института «королевских лекторов», основанного Франциском I в 1530 году. Вторым примером стало преподавание ботаники, а затем и естественной истории в Королевском саду лекарственных растений; Королевский сад был основан Людовиком XIII в 1635 году. Так началось формирование во Франции особого подмножества учебных заведений, функционально дополнительных по отношению к университетской системе: назовем их заведениями «дополнительного подмножества». Заведения эти весьма различались по своему внутреннему устройству, но обладали несколькими общими чертами: 1) каждое из них создавалось ad hoc, для восполнения нехватки тех или иных дисциплин или специализаций в традиционной университетской системе; 2) каждое создавалось (по крайней мере первоначально) в единственном экземпляре на всю страну, т. е. имело общенациональный и уникальный характер; 3) каждое создавалось верховной государственной властью; 4) большинство из них располагалось в Париже. Во второй половине XVIII века это подмножество стало пополняться высшими профессиональными школами – такими, как Национальная ветеринарная школа и Национальная высшая школа горных инженеров. Когда после начала Революции произошел стремительный спонтанный распад уже вконец разложившейся университетской системы, путь внеуниверситетского строительства высших учебных заведений, ранее бывший путем обходным, превратился в основной: Конвент стал учреждать высшие специальные школы одну за другой. Самыми важными из этих юридических актов стали преобразование Королевского сада в Музей естественной истории (ранее преподавание наук в Королевском саду не имело подробно разработанного юридического статуса; декрет Конвента подразделил Музей на 12 кафедр и превратил его фактически в университет естественных наук), создание Политехнической школы и Высшей нормальной школы (последняя была открыта в 1794 году, просуществовала всего четыре месяца, но в 1808 году была заново учреждена на новых основаниях Наполеоном). После того как Наполеон своими декретами от 10 мая 1806 года, 17 марта и 17 ноября 1808 года воссоздал во Франции факультетскую систему, путь внефакультетского строительства образовательных институций вновь превратился из основного в обходный. Снова став обходным, он от этого не стал менее необходимым.
Наполеоновская модель высшего образования означала частичное возрождение старой университетской системы – в виде разрозненных факультетов – и одновременно с этим полное сохранение и дальнейшее расширение подмножества высших специальных школ. Тем самым Наполеон прочно институционализировал специфическую двухкамерность, которая будет отличать систему высшего образования во Франции вплоть до наших дней. Формальную регулярную основу этой системы составляют факультеты (впоследствии – университеты), сеть которых охватывает всю территорию страны. Но внутренний центр системы составляют уникальные внеуниверситетские заведения, находящиеся преимущественно в Париже. Эти «высшие школы» становятся в течение XIX века элитарной частью образовательной системы. Функция воспроизводства элит окончательно закрепляется за подсистемой «высших школ» в ХХ веке. Грубо говоря, «высшие школы» будут предназначаться для немногих избранных, факультеты – для всех остальных.