Неру все годы держал в Кашмире стотысячный индийский военный гарнизон в состоянии полной боевой готовности. Каждая попытка ООН провести плебисцит под наблюдением международной общественности отвергалась Индией на том основании, что Пакистан должен «прекратить агрессию» и вывести армию с территории Кашмира. Но Пакистан отказывался это сделать, настаивая на том, что выведет войска только после того, как это сделает Индия. Между тем индийская сторона заявляет, что договор с Хари Сингхом о присоединении к Индии дает ей легальное право «поддерживать мир» в Кашмире любыми средствами, которые она посчитает необходимыми. Таким образом, ситуация патовая, и штат фактически разделен. Несколько лет Неру повторял свое обещание провести беспристрастный плебисцит о самоопределении, он всегда выступал за такое решение проблемы, когда это касалось угнетенных народов. Но спустя некоторое время он стал заявлять, что прошедшие в Джамму и Кашмире индийские выборы, по сути, и стали таким плебисцитом. Однако самый популярный политический лидер Кашмира, шейх Мухаммад Абдулла, основатель демократической партии «Мусульманская конференция», большую часть эпохи Неру провел в тюрьме, притом что сам Неру не раз выражал свое восхищение шейхом и называл его своим другом.
Вторая война между Индией и Пакистаном за Кашмир началась в 1965 году, через год после смерти Неру. Пакистаном на тот момент правил маршал Айюб Хан, он лично спланировал операцию под кодовым названием «Большой шлем», он рассчитывал, что в результате Кашмир будет полностью отрезан в своей самой узкой южной части от индийского Пенджаба. Айюб был гигантского роста, он был столь же огромен, сколь индийский премьер-министр Лал Бахадур Шастри был мал и хрупок. Но индийская армия была в четыре раза больше пакистанской и очень быстро развеяла популярный в Пакистане миф о том, что один мусульманский солдат «стоил десятерых индусов». Операция «Большой шлем» захлебнулась, как только индийские танки, двинувшись на запад, пересекли границу Пенджаба и оказались в окрестностях второго по размеру города Пакистана — Лахор. Через три недели вторая индопакистанская война закончилась практически вничью: Вашингтон ввел эмбарго на поставки американских боеприпасов и оружия для обеих армий, что привело к прекращению боевых действий прежде, чем какая-либо из сторон могла праздновать победу. Однако Индия к тому моменту, когда прекращение огня вступило в силу, была в гораздо более выгодном положении, чем Пакистан, и могла нанести серьезный ущерб и, скорее всего, даже захватить Лахор — пакистанскую столицу Пенджаба, кроме того, она, к большому огорчению Айюба, контролировала стратегический выступ в районе Ури и Пунча.
Советский премьер Алексей Косыгин пригласил Айюба и Шастри на переговоры в Ташкент, они достигли договоренности об отводе войск на довоенные позиции. Ташкентский договор, подписанный 10 января 1966 года, обязал лидеров Индии и Пакистана восстановить «мирные отношения» и «способствовать взаимопониманию и дружеским связям между двумя народами». Они пообещали «в будущем решать все свои споры только мирным путем», а также восстановить все формы торговли и взаимообменов. Однако Лал Бахадур Шастри так и не смог претворить в жизнь этот обнадеживающий договор — он не проснулся на следующее утро. Он умер еще до рассвета от сердечной недостаточности. В Кашмире даже после подписания договора линия прекращения огня больше напоминала стрелковый тир — перестрелки не прекращались, несмотря на присутствие на некоторых пропускных пунктах наблюдателей ООН. Постоянные рейды через плохо охраняемую высокогорную границу приводили к тому, что почти каждый месяц между сторонами происходили вооруженные столкновения, затем обычно следовали дипломатические протесты, которые министерства иностранных дел обеих стран оставляли без внимания. Но третья индо-пакистанская война началась и проходила в основном на востоке, в манговых рощах и грязи Бенгалии.