К 1940-м годам главой Мусульманской лиги стал Мохаммед Али Джинна (1876–1948). (Ага Хан покинул этот пост в 1913 г. из-за включения в программу Лиги требования о предоставлении Индии автономии, а когда в 1917–1919 гг. Мусульманская Лига приняла участие в кампании гражданского неповиновения под руководством Ганди, Ага Хан вообще порвал с ней отношения). Как и Ганди, Джинна получил образование в Лондоне, а вернувшись в Индию, стал адвокатом и вступил в Индийский национальный конгресс. Биографы говорят, что к моменту возвращения в Индию он был «больше англичанином, чем индийцем». Джинна мало подходил на роль религиозного политика: он не был ревностным мусульманином, в мечеть не ходил, пил вино и ел свинину. Как мы видим, в конце XIX – начале XX веков отход от консервативных правил своей религии был нормой как для индусской, так и для мусульманской интеллигенции. Как политик Джинна формировался в духе умеренного «национализма» правых лидеров ИНК. (Заметим, что в Индии под «национализмом», как правило, понимается секулярное национально-освободительное движение, а все религиозно-общинные движения называются «коммуналистскими»). В 1910-е гг. Джинна был членом ИНК и сторонником соглашения с Мусульманской лигой, за что его называли его «посланником индусско-мусульманского единства». В годы Первой мировой войны Джинна стал одним из влиятельных лидеров Лиги, оставаясь одновременно активным членом Индийского национального конгресса. Но, выступая за сближение обеих партий, Джинна предлагал принять за основу принцип особого представительства для мусульман и для индусов в законодательных органах. Когда в 1918–1922 гг. среди индийских мусульман развернулось халифатское движение в защиту престижа турецкого халифа как духовного главы всех мусульман, и Ганди, и ИНК с самого начала одобрили его. Это означало объединение всех антиколониальных сил вне зависимости от их общинной принадлежности. Группировка Джинны, напротив, отказалась одобрить план сотрудничества ИНК и халифатского движения, так как представляла интересы мусульманских землевладельцев и предпринимателей. В 1921 году Джинна вышел из Конгресса. Он написал Ганди, что не поддерживает его программу, поскольку она рассчитана на участие в движении народных масс, что «приведет к полной дезорганизации и хаосу, мне страшно даже представить себе, какие могут быть последствия». С этого момента Мусульманская лига все более отдаляется от Конгресса, пока не превращается в его полную противоположность. Джинна все чаще начинает говорить о несовместимости индусской и мусульманской религий, о том, что индусы и мусульмане представляют собой «две разные нации». Он не раз повторял, что отличие между индуизмом и исламом состоит не просто в теологии. Индуизм и ислам, – заявлял он, – были больше чем двумя различными религиями, скорее – это две различные цивилизации, а индусы и мусульмане – это две различные нации, которые были «несовместимо объединены» под властью одного правительства.
«Теория двух наций», взятая на вооружение Джинной, очень помогла англичанам, позволив внести раскол в общую национально-освободительную борьбу против британского господства. Собственно, авторство этой «теории» спорно – впервые она прослеживается как в заявлениях некоторых религиозно-общинных политиков Британской Индии, типа Ага Хана и Джинны, так и в разработках английского «эксперта» по политическим проблемам Индии Р.Дж. Куплэнда, которому еще в 1930-е годы было поручено провести исследование политической ситуации в Британской Индии. Не исключено, что англичане просто искусно подбросили эту теорию амбициозным мусульманским политикам.
Под двумя «нациями» в ней понимались две общины, индусы и мусульмане. Они решат все свои проблемы, если отделятся друг от друга. «Мы не меньшинство, мы – нация», – заявлял Джинна в 1940-х годах и требовал независимого суверенного государства для мусульман. И если в 1930-х годах «теория двух наций» еще только формировалась в узком кругу политиков, то в 1940-х начинается эмоциональное обсуждение идеи создания двух мусульманских государств (на Западе и на Востоке Индии) из районов с преобладанием мусульманского населения. Выдвигаются различные проекты об автономии мусульманского государства в рамках индийской конфедерации.
23 марта 1940 года в Лахоре, столице Пенджаба, на 27-й ежегодной сессии Мусульманской лиги Джинна произнес пламенную двухчасовую речь, в которой требовал для мусульман «национального очага». В резолюции сессии было четко заявлено: в северо-западной и восточной зонах должны быть созданы независимые мусульманские государства. Какими должны быть эти государства, руководство не представляло. Слово «Пакистан» в резолюции не упоминалось. Тем не менее, на следующий же день, пресса радикальных индусских партий и организаций пестрела заголовками «Принята резолюция о Пакистане». Лидерам Лиги оставалось только подхватить созданный лозунг.