В 1993 г. характер военных действий изменился. Сербы не вели наступательных операций, но теперь мусульмане пытались отвоевать часть территорий. В середине января они начали наступление в районе Братунаца. Особенно активным было наступление на городок Скелани. Мусульмане окружили несколько сербских деревень, вырезали гражданское сербское население, а затем открыли артиллерийско-минометный огонь по гидроэлектростанции «Перучац», находившейся на территории СРЮ. Боевые действия проходили недалеко от югославской границы и тысячи беженцев устремились в СРЮ, спасаясь от мусульманских боевиков. За неполный месяц мусульманского наступления сербы в обороне потеряли 1260 человек убитыми. «Мы всегда в десять-пятнадцать раз больше теряем людей в обороне, чем в наступлении, - говорил в то время Р. Караджич. Мы не имеем на это право. Мы будем защищаться теперь активно, а не пассивно»71
.Еще осенью 1992 г. значительно ухудшились отношения между хорватами и мусульманами. В конце октября в центральной Боснии хорваты начали очищать город Про-зор от мусульман, грабили мусульманские магазины, сжигали дома, убивали людей. Д. Оуэн вспоминал, что, увидев снятый фильм о хорватских зверствах, он сразу осудил их и потребовал ввести санкции. Однако «незамедлительно последовали протесты обиженной хорватской невинности. Молчал о событиях в Прозоре и Запад»72
. 11 ноября хорватская армия возобновила силами 16 бригад военные действия в Восточной Герцеговине на направлениях Мостар - Невесине и Дубровник - Требине. Как писал Д. Чосич Б. Бут-росу-Гали, «злодейства, которые при этом совершаются над невинным и безоружным гражданским населением сербской национальности, относятся к разряду геноцида и криминала»73.Хорватская община с помощью регулярных войск и ополченцев непосредственно из Хорватии установила контроль над районами на севере и юге республики. Согласно данным, опубликованным в «Политике», на территории Боснии и Герцеговины в конце января 1993 г. воевали 14 бригад ХВО (24 000 человек) и около 18 500 солдат регулярной армии Хорватии. Эти войска, расположенные в Герцеговине, Центральной и Северной Боснии, поддерживались с территории Хорватии еще 10 бригадами74
. В январе 1993 г. командующий Хорватского веча обороны издал приказ, согласно которому, все армейские подразделения армии БиГ в провинциях, которые по женевским картам (План Вэнса - Оуэна) должны отойти хорватам, переходят под единое командование ХВО Герцег-Босны.Несмотря на подписанный Ф. Туджманом и А. Изетбеговичем в Загребе 21 июля 1992 г. договор о дружбе и сотрудничестве, в начале 1993 г. начинаются столкновения в Центральной Боснии в районе Горни-Вакуфа, Нови-Травника, на подступах к Бугойно. Столкновения, прежде всего, начались на территориях, которые, согласно женевским договоренностям, были определены как мусульманско-хорватские. Каждая из общин перед вступлением в силу соглашений о территориальном разделе республики стремилась установить свой контроль над как можно большей частью территории. 19 января хорватское радио сообщало, что большая часть Мостара находится под контролем ХВО. Мусульманские отряды оказывали сопротивление, нападали на хорватские села. Боснийское правительство назвало Хорватию агрессором и решило обратиться в Совет Безопасности.
Главнокомандующий вооруженными силами мусульман С. Халилович в интервью испанской газете «Паис» признал, что у мусульманской армии «есть проблемы» с хорватскими союзниками, которые уже перехватили 50 % оружия, предназначенного мусульманским формированиям. Аналогичным образом к хорватам попадала значительная часть международной гуманитарной помощи. «Они отняли у нас и нефть, которую нам бесплатно посылают Турция и Иран», - заявил военачальник. Он утверждал, что «хорваты стремятся создать свое государство в Боснии и Герцеговине, а затем присоединить его к Великой Хорватии и потому прибегают к политике этнических чисток»75
. В конце января хорваты и мусульмане договорились о прекращении огня и остановке боевых действий, но эти договоренности не соблюдались.Специальная миссия Совета Безопасности ООН, побывавшая в Боснии и Герцеговине, назвала военные действия сторон «цепной реакцией», когда «убийства гражданских лиц мусульманами рассматривались сербами в качестве оправдания для их наступления». Убийство хорватами мусульманской семьи в Ахиничах (у членов отряда на рукавах были нашивки со свастикой) вызвало яростную реакцию мусульман, которые в отместку подожгли несколько хорватских домов76
. По мнению генерал-лейтенанта Л.Э. Вальгрена (командующего СООНО), «все стороны совершают злодеяния различного характера, но территорию захватывают только сербы»77. Такое заявление противоречило наблюдениям сопредседателей Международной конференции по бывшей Югославии123, которые как раз во время столкновений между мусульманами и хорватами отмечали, что «и те, и другие пытались захватить как можно больше территории»78.