На президентских выборах в 1999 г. президентом Македонии был избран кандидат от оппозиционной ВМРО-ДПМНЕ Борис Трайковский, которого поддержала также оппозиционная Демократическая партия албанцев. Премьер-министром Македонии стал основатель ВМРО-ДПМНЕ Любчо Георгиевский.
Таким образом, в 1990-е годы в Македонии попеременно правили то СДСМ, то ВМРО-ДПМНЕ. Правительственную коалицию с ними составляла также попеременно одна из двух ведущих «албанских партий».
В начале 2001 г. Македония перестала быть единственным «оазисом стабильности» на пространстве бывшей Югославии. На северо-западе страны начались столкновения между албанцами и правительственными войсками. Албанскими сепаратистами, часть которых проникла в Македонию из Косова, была сформирована так называемая Объединенная народная армия. «Повстанцы» выступали за албанскую автономию в Македонии и даже за объединение всех населенных албанцами территорий Балкан (Албания, Косово, Западная Македония, Северная Греция).
Пытаясь справиться с ростом терроризма и сепаратизма, македонское руководство в мае 2001 г. пошло на создание «правительства политического единства», в которое впервые вошли представители всех основных партий, в частности, ВМРО-ДПМНЕ, Социал-демократического союза Македонии и албанских Демократической партии и Партии демократического процветания. Албанцы согласились войти в правительство под нажимом США и Великобритании, а также представителя ОБСЕ в Македонии. Во главе «правительства политического единства» остался прежний премьер-министр Л. Георгиевский.
Однако этот политический маневр не удовлетворил сепаратистов, военные действия продолжались. Президент страны Б. Трайковский под сильнейшим давлением Запада пошел на переговоры с албанцами. 13 августа 2001 г. в курортном городе Охрид лидеры основных политических партий Македонии, включая и албанские, а также президент страны Б. Трайковский в присутствии международных посредников (США, НАТО, ЕС, ОБСЕ) подписали рамочный договор о политическом разрешении кризиса.
Согласно этому документу, из конституции Македонии устранялось упоминание о македонцах как титульной нации. Особое внимание в соглашении уделялось албанскому языку: он получал статус официального языка во всех общинах, где проживает 20 и более процентов этнических албанцев. Значительно увеличивалось представительство албанцев в органах судебной и государственной власти, в том числе в полиции. Албанские сепаратисты, в случае добровольного разоружения, попадали под амнистию.
Для реализации Охридских договоренностей было изменено административно-территориальное деление страны, приведшее к укрупнению местных общин. В результате этого на севере и западе Македонии образовались связанные между собой территории с преобладающим албанским населением.
Македонско-албанские межэтнические отношения остаются главной проблемой Македонии. Второй важнейшей проблемой является экономика. Македония остается одним из беднейших государств Европы с высоким уровнем безработицы и явно недостаточным объемом зарубежных инвестиций. Более трети населения живет за чертой бедности. Экономика страны косвенно пострадала от санкций, введенных международным сообществом против Югославии, и непосредственно - от закрытия Грецией порта Салоники для македонских судов и греческими экономическими санкциями в 1992-1995 гг. Санкции стали следствием протестов Греции, настаивавшей на том, что использование названия «Македония» равнозначно территориальным претензиям к ней соседнего государства, поскольку существует одноименная греческая провинция. В результате до сих пор официальным названием этой страны, под которым она была принята в ООН, остается - Бывшая Югославская Республика Македония (БЮРМ).
Сербия и Черногория. В июле 2000 г. парламент Союзной Республики Югославии принял ряд поправок в конституцию государства, в частности, изменил порядок выборов президента. Теперь вместо депутатов парламента его должны были избирать в ходе всеобщих, прямых выборов. Кроме того, 40 депутатов верхней палаты скупщины (Вече республик) также должны были избираться прямым голосованием (до этого парламенты Сербии и Черногории направляли туда по 20 депутатов). Этими изменениями парламент фактически открыл С. Милошевичу путь к переизбраниям на пост президента Югославии (еще дважды, каждый раз - на четыре года) и резко ослабил электоральные позиции 650-тысячной Черногории по сравнению с 8-миллионной Сербией.