С превращением Испании в первой половине XVI в. в оплот католической контрреформации инквизиция проводит основательнейшую чистку испанских интеллектуальных кругов, университетов от всех элементов, заподозренных в симпатиях к эразмизму, протестантизму, гуманизму. Преследованиям подвергаются в этот период сторонницы католического мистицизма Франсиска Эрнандес и Мария Касала, сестры епископа Хуана Касалы, философ Хуан Луис Вивес, библеист и крупнейший знаток греческого и латыни Хуан Вергара, личный исповедник императора Карла V бенедиктинец Алонсо де Кируэс, профессор университета Алкалы Матео Паскаль, ректор того же университета Педро де Лерма, профессора Саламанского университета августинец Луис де Леон, Гаспар де Грахаль, Мартин Мартинес де Канталапьедра, Франсиско Санчес и сотни других ученых мужей. Многие из них, чтобы сохранить жизнь, вынуждены были отречься от приписываемых им еретических заблуждений, пройти через позорную церемонию аутодафе, ходить в санбенито, замаливать свои подлинные или воображаемые "ошибки" до конца дней своих, живя в нищете и опасаясь ежечасно за свою судьбу.
Инквизиция ввела с 1526 г. строжайшую цензуру на книги и прочие печатные издания. С 1546 г. инквизиция стала периодически издавать индексы запрещенных книг, значительно более обширные, чем это делала папская инквизиция. В эти индексы включались все произведения так называемых "ересиархов", книги, "восхваляющие" иудеев и мавров, переводы Библии на живые языки, молитвенники на живых языках, произведения гуманистов, полемические трактаты протестантов, книги о магии, картины и изображения, "неуважительные" по отношению к религии.
Практически это выглядело так, что в Индекс заносились произведения Бартоломе де Лас Касаса, Рабле, Оккама, Савонаролы, Абеляра, Данте, Томаса Мора, Гуго Гроция, Овидия, Бэкона, Кеплера, Тихо де Браге и многих других выдающихся писателей и ученых; за распространение, чтение и хранение их книг инквизиция грозила костром.
Опубликование каждого нового Индекса влекло за собой чистку всех публичных и частных библиотек, причем не делалось исключения и для самых высокопоставленных лиц. Так, в 1602 г. Супрема подвергла чистке книги духовника королевы. Не избежала той же участи даже королевская библиотека в Эскориале, как это явствует из заявления, сделанного Супреме в 1612 г. духовником короля приором Сан-Лоренсо о том, что король просил не удалять из его библиотеки вновь запрещенных книг и не исключать отдельных страниц из подлежащих частичному уничтожению книг. В ответ на это великий инквизитор постановил 12 ноября 1613 г.: книги светских авторов, включенные в Индекс, должны храниться отдельно с пометкой, что автор их осужден, причем их разрешалось читать приору, главному библиотекарю и профессорам богословия; теологические произведения, книги по истории церкви и папства должны были быть помещены в особую комнату, и их читать разрешалось лишь приору и главному библиотекарю с особого разрешения великого инквизитора и Супремы; ключи от этой комнаты и списки этих книг хранились у главного библиотекаря и у Супремы. Сочинения иудейских богословов и Библии на испанском языке должны были находиться в особом месте, и на них должна была иметься отметка, что они запрещены; их, однако, могли читать приор, главный библиотекарь и профессора богословия; наконец, медицинские сочинения, написанные авторами, книги которых признаны запрещенными, могли читаться монахом, заведовавшим аптекой в Эскориале. Бесцензурное печатание книг в Испании наказывалось смертью и конфискацией имущества виновных. Ввоз книг из-за границы находился под строгим контролем инквизиции, агенты которой следили за этим во всех портах Испании и пограничных с Францией городах.