Французская революция 1789 г. была встречена в штыки инквизицией. В декабре этого года Супрема особым декретом запретила ввоз в Испанию революционной литературы и осудила французских революционеров за то, что они "под привлекательной маской защитников свободы в действительности выступают против нее, разрушая политический и социальный строй и, следовательно, иерархию христианской религии... и претендуя построить на развалинах религии и монархии эту химерическую свободу, которую они ошибочно считают предоставленной природой всем людям и которая, как они нагло утверждают, сделала всех людей равными и независимыми друг от друга".
В 1795 г. инквизиция осудила "Доклад об аграрном законе" Ховельяноса на том основании, что автор, требуя отмены майоратов, проповедует "идеи равенства в области собственности благ и земли".
Все это не помешало инквизиции, когда французские войска вторглись в Испанию, не колеблясь выступить в поддержку иностранных завоевателей в надежде, что таким образом она сможет удержаться на поверхности. Инквизиция осудила антифранцузское восстание в Мадриде 2 мая 1808 г. как "скандальный мятеж невежественных людей", утверждая, что злоба и невежество ввели в заблуждение неосведомленных "простаков, толкнув их на революционные беспорядки, под покровом патриотизма и любви к монархам".
Но французы, выступавшие сами под маской либералов и преобразователей, не нуждались в поддержке ненавистной народу Супремы. Вскоре после захвата Мадрида французскими войсками 4 декабря 1808 г. Наполеон I издал декрет, отменявший "священный" трибунал как учреждение, "покушающееся на суверенитет и на гражданскую власть". Тем же декретом имущество инквизиции конфисковывалось "в пользу испанского государства".
22 февраля 1813 г. Кадисские кортесы 90 голосами против 60 в свою очередь запретили деятельность инквизиции, передав, однако, ее функции епископам. 15 марта папский нунций при Регентском совете заявил протест против решения кортесов, утверждая, что оно нарушает права папского престола, единственной инстанции, могущей решить судьбу инквизиции. Решение кортесов о ликвидации Супремы вызвало сопротивление испанского духовенства, которое отказалось обнародовать его с амвона. Это привело к тому, что кортесы распустили Регентский совет и выслали папского нунция в Португалию.
Но испанская монархия не хотела расставаться со столь дорогим ее сердцу детищем Торквемады. Вернувшись в Испанию, Фердинанд VII поспешил возродить Суп-рему. "Из всех христианских королей,- говорил испанский монарх в декрете о восстановлении инквизиции, опубликованном в 1814 г.,-одни лишь испанские монархи носят славный титул "католических королей" потому, что они никогда не допускали в своем государстве иной религии, помимо католической, апостолической, римской; этот великий титул служит для меня особым стимулом, побуждавшим меня употребить все средства, данные мне господом богом, чтобы заслуженно носить звание католического короля. Недавние беспорядки, шестилетняя война, истощившая все мои провинции, столь же продолжительное пребывание в них иностранных солдат, принадлежавших к различным сектам и почти поголовно относившихся враждебно к католической религии, беспорядок, являющийся неизбежным результатом подобных несчастий, безучастное отношение к религии в течение всего этого времени,- все это в сильной степени способствовало разнузданности страстей, дало возможность скверным людям жить так, как им хотелось, и вызвало появление в Испании испорченных и отвратительных взглядов, которые распространены в других государствах... Я решил, что при настоящих обстоятельствах крайне важно восстановить святой трибунал и дать ему возможность действовать в том объеме, в каком он действовал ранее. В этом смысле мною было получено много адресов от ученых и добродетельных прелатов, от корпораций и частных лиц, занимающих высокое положение как в духовном мире, так и в недуховном; все они без исключения заявляют, что Испания обязана инквизиционному трибуналу тем, что в XVI веке не была заражена тем злом, которое причинило столько несчастий другим европейским государствам. Инквизиции Испания, по мнению названных лиц, также обязана славной плеядой великих писателей и ученых, тем блеском, которым озарен путь святости и добродетели. Все согласны также с тем, что главнейшим средством, к которому прибег притеснитель Европы, чтобы сеять семена продажности, испорченности и беспорядка, было запрещение этого трибунала под лживым предлогом, будто прогресс и культура несовместимы с его дальнейшей деятельностью. Так называемые общие и чрезвычайные кортесы руководились теми же мотивами, что и чужеземный притеснитель, когда они отменили этот трибунал, беспорядочно прибегнув к голосованию конституции к крайнему огорчению народа. Вот почему меня усиленно и неустанно просят о скорейшем восстановлении инквизиции..." Лозинский С. Г. История инквизиции в Испании.