Педро де ла Пенья, архиепископ Кито, в письме от 15 марта 1569 г. тому же Эспиносе отмечал, что повсюду распространены богохульство, ложные доктрины и порочные истолкования евангелия и что "как в светских делах наглеют все по отношению к королю, так и в вопросах веры наглеют по отношению к богу!". Он требовал установления в колониях "экстраординарной инквизиции". Об этом же писал королю августинский монах Хуан де Биверо из Куско и другие церковные и светские чины.
Такие призывы не могли оставить равнодушным Филиппа II, мракобеса-фанатика, готового, по его собственному заявлению, не только предать костру родного сына, если бы он был уличен в ереси, но и лично для этого притащить дрова.
Следуя учению инквизиторов-экстремистов, Филипп II считал, что мелкие отступления от католической веры создают благоприятную обстановку для распространения лютеранской "заразы", и соответственно требовал беспощадно карать всех, кто был в них повинен. Тем более он не мог разрешить распространения этой "заразы" в своих заморских владениях. А о такой возможности ему постоянно сигнализировали его тайные осведомители в Англии и Германии, сообщавшие о реальных и вымышленных планах протестантских проповедников пробраться в Южную Америку и путем распространения там "ереси" отторгнуть эти владения от испанской короны. В последнее же время его смертельные враги - англичане, эти запродавшие дьяволу свои души отступники от истинной католической веры, настолько обнаглели, что стали под пиратским флагом нападать на его галеоны, груженные американским золотом, и вторгаться в пределы самих колоний, грабя и убивая его верных подданных. В 1568 г. один из этих пиратов, Джон Гавкинс, осмелился напасть на крепость Сан-Хуан де Улуа в Новой Испании (Мексике), а затем высадиться около Тампико. Филиппу II доложили, что большую группу пойманных пиратов доставили в кандалах в Мехико. Однако вместо того, чтобы предать этих висельников костру, что не преминул бы сделать любой мало-мальски грамотный в вопросах веры инквизитор, местные власти, учитывая острую нужду в опытных мастеровых и рабочих, чуть ли не с радостью встретили пойманных с поличным пиратов, определив их на работу в свои поместья. Подобная "политическая близорукость" и отсутствие религиозной бдительности, проявленные властями Новой Испании, не могли не возмутить Филиппа II, и он внял голосу тех из его верных слуг, которые вот уже много лет так настойчиво советовали ему официально установить трибунал инквизиции в заморских владениях. 25 января 1569 г. Филипп II издал декрет, официально устанавливающий трибунал инквизиции в заморских владениях Испании. Ниже мы приводим полный текст этого примечательного документа:
"Наши славные прародители (Изабелла и Фердинанд.-И. Г.), преданные и католические дети святой римско-католической церкви, принимая во внимание, что наше королевское достоинство и католическое усердие обязывает нас стремиться всеми возможными средствами распространять и возвышать нашу священную веру во всем мире, основали в этих королевствах священный трибунал инквизиции с тем, чтобы он сохранил в чистоте и целостности, и, открыв и включив в состав наших королевских владений, благодаря провидению и милости божией, королевства и области Западных Индий, острова и материки Моря-океана и других районов, проявили всевозможное усердие в деле распространения имени истинного бога, охраны его от ошибок и ложных и подозрительных доктрин и укрепления среди их открывателей, поселенцев, детей и потомков наших вассалов верности, доброго имени, репутации и славы, с которыми, благодаря усердию и стараниям, стремились распространить и возвысить имя божие.