Узники португальской инквизиции содержались в варварских условиях. В камерах лиссабонской инквизиции было сыро, холодно, душно и зловонно. Узников держали в заключении годами до вынесения приговора. Из сохранившегося списка заключенных XVII в. следует, что 57 заключенных содержалось в тюрьме под следствием свыше четырех лет, из них девять - семь лет, шесть - десять и одиннадцать лет, один - тринадцать лет, один четырнадцать лет.
В инструкции "священного" трибунала от 1552 г. говорится, что только тот раскаявшийся еретик считается хорошим, который помогает раскрыть своих сообщников и выдает особенно дорогих ему близких родственников и друзей. У строптивых узников инквизиторы угрозами и пытками вырывали нужные им признания.
Аутодафе в Лиссабоне происходило на площади Торрейру ду Посу, на которой возвышались трибуны, вмещавшие около 3 тыс. зрителей. На специальном помосте восседали члены королевского двора, церковные иерархи и инквизиторы, напротив размещались жертвы - еретики, упорствующие, "отрицающие", которым после молебна и соответствующей проповеди зачитывались приговоры, осуждавшие их на различные кары, вплоть до передачи в руки светских властей для "достойного наказания" - сожжения на костре.
Еретиков сжигали на площади Рибэйра сразу же после аутодафе. Тем, кто выражал желание умереть в католической вере, оказывали особую "милость" - их предварительно гарротировали, потом бросали в костер. Тех же, кто отказывался от католической веры, сжигали живьем, и для таких возводили костры четырехметровой высоты. Над костром устанавливался помост со столбом посредине. Туда взбирались по лестнице осужденный, палач и два проповедника-иезуита, не терявших надежды "образумить" еретика, пока его привязывали к столбу. Затем палачи спускались на землю.
Под исступленные крики толпы, фанатизм которой разжигали попы, палач и его помощники тыкали в голову осужденного длинными шестами с прикрепленной на концах горящей паклей. Гигантский костер горел иногда до двух часов, изжаривая в буквальном смысле слова осужденного. Во время "процедуры" окружавшие костер фанатики бросали камни в несчастного, норовя размозжить ему голову...
Португальская корона превратила инквизицию в одно из своих самых доходных предприятий. Если взять в качестве ориентира только суммы, уплаченные "новыми христианами" в качестве откупного за временное прекращение инквизиционного террора, то станет ясным, какую баснословную выгоду извлекала португальская корона из преследования еретиков. В 1577 г. "новые христиане" добились от короля Себастьяна за 225 тыс. крусадо разрешения на выезд в заморские колонии Португалии. В том же году они уплатили ему же еще 250 тыс. крусадо за запрет инквизиции производить конфискацию имущества в течение последующих 10 лет.
Однако два года спустя этот король, имевший также титул кардинала, отрекся от данных обещаний, не вернув, разумеется, полученных денег. В 1605 г. "новые христиане" заплатили короне астрономическую по тем временам сумму в 1700 тыс. крусадо за обещание, гарантированное папой, не подвергать их преследованиям за прошлые "преступления", что принесло им краткую передышку. В 1649 г. они "пожертвовали" королевской Генеральной компании по торговле с Бразилией 1250 тыс. крусадо. Это их спасло от установления инквизиции в Бразилии.
Инквизиторы не испытывали особого восторга от подобного рода сделок, весь доход от которых поступал прямехонько в королевскую казну, минуя их бездонные карманы, а ведь свои доходы инквизиторы получали от конфискаций и штрафов, накладываемых на их жертвы, включая даже тех, кого освобождали из-под ареста за недоказанностью преступления. Инквизиторы, опасаясь сокращения своих доходов, убеждали королевскую власть, что они способны выколотить из "новых христиан" куда больше золота, чем король путем прямых сделок с ними.
В 1673 г. инквизитор Лейра предупреждал короля Педру II: "Если новые христиане обещают дать 500 тыс. крусадо за всеобщую амнистию, то знайте, ваше королевское величество, что, применяя справедливые святые законы (то есть инквизицию.- И. Г.), можно добиться значительно большего". Большинство "новых христиан", преследуемых инквизицией, принадлежало к различным слоям городского общества. Из списка иудействующих (мужчин) жертв инквизиции в 1682-1691 гг. 185 являлись торговцами, 69- служащими: нотариусами, счетоводами, чиновниками налогового ведомства, а также адвокатами, врачами, аптекарями, 129 - собственниками различных предприятий, 195-ремесленниками, 80-рабочими, крестьянами и солдатами.
Преследование этих людей подрывало влияние буржуазных слоев населения, тормозя развитие капиталистических отношений и городской культуры в Португалии.
Для португальских инквизиторов, в особенности в XVI в., существовали только два вида ереси - иудействующая и лютеранская. Под лютеранской подразумевались как лютеране и прочие протестанты, так и гуманисты и вообще любые критики церковных доктрин или действий папского престола.