Различные церковные авторитеты на протяжении столетий пытались доказать недоказуемое - виновность тамплиеров в еретических заблуждениях. Но если даже допустить, что тамплиеры действительно были еретиками, то это были еретики, ни в коей мере не похожие ни на своих предшественников, ни на тех, кто следовал за ними. Ни один из арестованных тамплиеров (а их были тысячи), "признавшихся" в инкриминируемых еретических заблуждениях, не отстаивал их, а с превеликой охотой отрекался от них, и если сгорал на костре, то только потому, что отказывался признать себя виновным. "Один случай упорства,отмечает Г. Ч. Ли,- был бы для Филиппа и Климента дороже всякого другого свидетельства и стал бы гвоздем всего процесса; но случая такого не было. Все тамплиеры, шедшие на костер, были мучениками иного рода; это были люди, у которых пытка вырвала сознание (в еретических заблуждениях), от которого они затем отказались и предпочли смерть на костре позорному отстаиванию вырванных муками признаний. Тонкие историки, которые задались целью воссоздать тайное учение тамплиеров, по-видимому, не подумали, что им пришлось выдумать ересь, последователи которой вместо того чтобы страдать, защищая свою веру, соглашаются десятками идти на костер, лишь бы им не приписывали ее".
Если бы не было других доказательств, что обвинения против тамплиеров были чистейшим вымыслом, то обстоятельство, что среди них не оказалось ни одного "упорствующего" еретика, само по себе достаточно, чтобы реабилитировать их.
Папа Климент V одобрил действия французской инквизиции, потребовав только отдать их имущество под контроль двух кардиналов, надеясь, не без основания, урвать себе соответствующую долю. Филипп не возражал, учитывая, что предложенные папой кардиналы были, как и он сам, его креатурами.
Получив таким образом определенную гарантию, что он будет участвовать в разделе богатств тамплиеров, Климент V 22 ноября 1307 г., то есть до окончания следствия по делу, издал буллу "Pastoralis praeminentiae", в которой брал под защиту действия Филиппа и утверждал, что обвинения против ордена доказаны, а его руководители сознались в совершенных преступлениях. Булла заканчивалась призывом ко всем государям Европы последовать примеру Филиппа и начать преследование ордена.
Однако несколько месяцев спустя Климент V, по-видимому опасаясь, что Филипп оставит его без обещанной награды, неожиданно запретил французским инквизиторам и епископам продолжать следствие по делу тамплиеров, присвоив лично себе дальнейшее его ведение,
Такое поведение папы, пытавшегося набить себе цену, вызвало ярость Филиппа. Он обвинил главу католической церкви в потворстве еретикам, что было равносильно обвинению в ереси.
Действуя через инквизитора Франции, Филипп заставил гроссмейстера Молэ и четырех других руководителей ордена выступить перед высшими церковными иерархами Франции с самообвинением в ереси. Молэ вновь подтвердил, что тамплиеры тайно отрекались от Христа и плевали на крест. Его заставили обратиться с новым посланием к тамплиерам, в котором он освобождал их от сохранения тайны и приказывал, в силу обета послушания, "чистосердечно" признаться инквизиторам в своих преступных еретических заблуждениях.
Вслед за этим последовали новые переговоры Филиппа с Климентом V. Они согласились передать конфискованное у тамплиеров имущество в распоряжение папских и королевских комиссариев, до вынесения приговора. Филипп надеялся, что в конечном итоге ему удастся окончательно присвоить сокровища тамплиеров. Папа же считал, что такое соглашение даст ему возможность получить немалую часть этих сокровищ. Соглашение предусматривало также, что арестованные королем тамплиеры поступят в распоряжение папы и их будут судить инквизиторы вместе с епископами; судьбу гроссмейстера Молэ и других иерархов ордена взялся решить сам Климент V. Осуждение и роспуск ордена было намечено осуществить на соборе, созвать который предполагалось в 1310 г. Кроме этого, Филипп разрешил, чтобы 72 "сознавшихся" обвиняемых во главе с Молэ были допрошены лично папой и кардинальской коллегией.
Вскоре после заключения соглашения по приказу Филиппа из Парижа были направлены папе, находившемуся в Пуатье, 72 арестованных храмовника. Папа побоялся личной встречи с Молэ и другими иерархами ордена: ведь они могли отречься от своих показаний и разоблачить как его действия, так и его покровителя Филиппа. Климент V отдал приказ задержать Молэ и других иерархов ордена на полпути, остальные же были доставлены в Пуатье. Здесь кардиналы - доверенные лица Филиппа подвергли узников предварительной обработке, угрожая в случае отказа от ранее сделанных признании сжечь их как еретиков-рецидивистов. Только после того, как кардиналы убедились, что их жертвы хорошо усвоили предназначенную им роль, тамплиеров представили кардинальской коллегии во главе с папой, перед которой несчастные полностью подтвердили вырванные у них ранее инквизицией клеветнические показания.