Затем, прожив в Смоленске еще два года, он отправился в Москву в надежде выхлопотать выгодную службу. В своей челобитной Чижинский указал на познания в языках, и из Разрядного приказа, ведавшего назначениями, его отправили в Посольский приказ к Артамону Сергеевичу Матвееву, который, проэкзаменовав шляхтича, распорядился принять его переводчиком и гонцом. В этом качестве Чижинский совершил несколько вояжей в Европу, приобретя между делом репутацию человека, который разбирается в театре. По крайней мере, после смерти Грегори, когда Хюбнер не выказал достаточного рвения и таланта в управлении театром, именно Чижинского назначили новым директором театральных дел. Под его командой оказалось 80 человек, занятых в сценических постановках, с которыми он сразу же стал обращаться как сущий деспот. Взяв актеров в ежовые рукавицы, он заставлял их учить роли по ночам и, разумеется, беспрекословно исполнять все его указания. Но к счастью, деспотизм был не единственным ярким качеством Чижинского; он проявил себя как талантливый распорядитель и режиссер и даже как настоящий драматург, написав пьесы «О Бахусе с Виниусом» и «Давид и Голиаф»; последнюю ставили на русской сцене еще при Петре Великом.
При всем при том новый директор проявлял редкое бескорыстие — за свою работу он денег не получал и не требовал, хотя труд его актеров оплачивался — они получали «корму на алтын в день». Лишь после успеха пьес Чижинского его хорошо наградили. Однако в фаворе он пребывал недолго — в январе 1676 года умер царь Алексей Михайлович, и представления в комедийных храминах прекратились.
Актеры школы Грегори разбрелись, все причастные к театру занялись другими делами. Чижинский, судя по документам, продолжил службу в Посольском приказе; в 1695 году вместе с тремя другими приказными переводчиками он участвовал в переговорах под Азовом.
Третьему царю из династии Романовых, Федору Алексеевичу, пришел черед править в 1676 году, когда ему едва минул четырнадцатый год. В наследство кроме царских регалий и самодержавной власти он получил истощенную долгой войной казну, напряженные отношения с Польшей и Турцией, соперничество боярских партий. Большие внешнеполитические авантюры, затевавшиеся во время правления отца его близким другом Матвеевым, мало волновали воображение Федора Алексеевича, но и противником его дел он вовсе не был. Покойный его батюшка, Алексей Михайлович, стремился дать детям порядочное образование, и для своего времени царь Федор был просвещенным человеком, но вместе с тем в нем хорошо заметны все те противоречия, которые разрывали русскую жизнь на исходе XVII столетия. Светским наукам царевича Федора наставлял ученый монах Симеон Полоцкий, который, как умел, развивал интеллект питомца, приохотив его к европейской культуре, в особенности к польской, коей и сам был большой поклонник. Духовным же воспитателем наследника престола был патриарх Иоаким, известный борец со всякой «иноземщиной». Под влиянием двух столь противоположных фигур Федор Алексеевич вырос набожным и замкнутым, но совсем не чуждым светским радостям. Противоречивая ситуация нашла отражение и в положении театра: официально его распустили, просто не возобновив спектаклей, но в царских палатах давала представления любительская труппа, состоявшая из молодых людей и девиц лучших русских фамилий.
В труппе молодых аристократов была даже своя знаменитость — Татьяна Ивановна Арсеньева из окружения царевны Софьи с блеском представляла Екатерину-мученицу в трагедии, сочиненной самой царевной. На этих представлениях бывал и царь Петр, тогда еще мальчик; он так был впечатлен игрой Арсеньевой, что с той поры иначе как «Екатериной-мученицей» ее не называл.
Царь Федор Алексеевич любил музыку и пение — он сам руководил хором, составленным из придворных, исполнявших духовные распевы. Также с удовольствием смотрел он спектакли кремлевских любителей по пьесам Симеона Полоцкого «Блудный сын» и «О царе Науходоносоре, о тельце златом и трех отроках в пещи». Позже из царских палат эти пьесы перекочевали на сцену в Заиконоспасском монастыре, где находилась школа, готовившая подьячих — чиновников для государственных учреждений. Здесь студенческий театр возник по европейской традиции, перенятой от выпускников малороссийских академий и коллегий, из которых в большинстве своем и состоял костяк преподавателей. Дважды в год, на Масленицу и Рождество, на школьной сцене силами студентов ставились комедии. Училищное начальство полагало таким образом решить несколько задач разом: занять молодых людей делом, раскрепостить юношеские души и «принести некоторую пользу зрителям» назидательным действом.