Доктор Брукс пишет: «Когда его мнение не совпадало с вашим, он превращался в опасного противника. Если он был уверен в своей правоте, он ни за что не уступал». Когда он чувствовал, что сопротивление слишком сильно, он откладывал решение. «Дайте любому вопросу отстояться, и он разрешится сам собой», — утверждал Флеминг.
Он никогда не спешил, сдерживал себя и не разрешал себе поддаваться чужой спешке. Неизбежные при общей работе разногласия, распри не задевали его. «Вы ведь знаете, — говорит его секретарь Элен Бёкли, — как люди одной профессии, да еще работающие в одном здании, могут завидовать друг другу и воевать между собой. Но в профессоре Флеминге к никогда не замечала ни малейшей зависти. Зависть бродила вокруг, не задевая его. Он по своей натуре был, бесспорно, благороднее, выше и лучше большинства людей. Ему совершенно чужды были мелочность, низменный эгоизм, бесчестные мысли и поступки».
Элен Бёкли описывает, как Флеминг руководил Институтом. «Собеседник садился рядом с ним, и Флеминг с сигаретой в углу рта бросал: "Давайте!" Он с большим вниманием выслушивал все, что ему говорили, продолжая свою собственную работу. Потом к нему с другой стороны подсаживался еще кто-нибудь и излагал свой вопрос. Он мог успешно заниматься одновременно двумя-тремя делами и, поразмыслив, давал каждому дельный ответ».
Доктор Боб Мэй пишет: «С ним можно было безбоязненно обсуждать личные дела. Мы знали, что он нас доброжелательно выслушает и по мере своих возможностей поможет». Он настоял, чтобы в комитет ввели ученого, у которого недавно был припадок нервной депрессии. «Это ему поможет восстановить душевное равновесие, вернет уверенность в себе; он увидит, что люди верят в него и он еще нужный человек». Но такие поступки он стыдливо скрывал от всех, а из застенчивости бывал подчеркнуто холоден, сдержан, резок.
Ему доставляло странное удовольствие выставлять себя в искаженном свете; этим отчасти и объясняется, почему его так плохо знали все, кроме его сотрудников. Легенда, которая создавалась о нем, его забавляла. Все измышления, появлявшиеся о нем в газетах, также аккуратно вырезались, сохранялись, словно они были правильными. По распоряжению Флеминга его секретарь и доктор Хьюг должны были все время пополнять папку под названием «Миф о Флеминге». И сам усерднее других он пересказывал все эти выдуманные истории и следил, чтобы они не забывались.
Он был убежден в плодотворности свободных поисков и исследований и отстаивал это в Институте. «Исследователь должен быть свободен идти в том направлении, которое указывает ему новое открытие… Каждому исследователю нужно иметь какое-то свободное время, чтобы осуществить свои замыслы, никого в них не посвящая (разве что он сам того пожелает). В эти свободные часы могут быть сделаны открытия первостепенной важности». Он с иронией рассказывал историю небольшой химической фабрики, которая наконец-то решилась обзавестись настоящим исследователем. Он приступил к работе в понедельник утром. Ему оборудовали лабораторию в помещении, отделенном от директорского кабинета стеклянной перегородкой. Все утро руководители фабрики с любопытством наблюдали за работой ученого в белом халате. В полдень, не выдержав, они вошли к нему и спросили: «Ну как, сделали вы какое-нибудь открытие?»
«Эта жажда немедленно добиться результатов свойственна людям, — говорил Флеминг, — но она приносит только вред. Действительную пользу может принести лишь длительная исследовательская работа. Бывает, что лаборатория не дает ничего практически применимого в течение нескольких лет, и вдруг неожиданно ученые делают какое-то открытие — возможно, совсем не то, на которое надеялись, но которое на сто лет окупит расходы на лабораторию». Он приводил в пример Пастера. «Люди говорили: "Почему подняли такой шум из-за небольшой асимметрии кристалликов? К чему все это?" Можно ответить словами Франклина: "К чему новорожденный ребенок?"