Второй срок ректорства Сергея Антоновича пришелся на небогатую, но относительно стабильную экономическую обстановку в университете. Узнаваемость университета на всех уровнях, сложившаяся команда позволили ежегодно выполнять по 5–7 проектов по федеральным и региональным программам, в т. ч. под непосредственным руководством ректора. Проекты были направлены на поиск путей инновационного развития региона, формирование устойчивой связи вузов с работодателями и рынком труда, на усиление роли вузов в инновационном сегменте экономики. Коллективный труд позволил сформулировать ряд перспективных подходов к развитию региона. Результаты исследований обсуждались на конференциях, в правительстве Красноярского края, администрации г. Красноярска, на предприятиях, на ученом совете университета. Предпринимались шаги по внедрению результатов исследований через создание совместных структур: городской бизнес-инкубатор, интегрированный учебно-научно-производственный комплекс с участием СО РАН, региональный Центр тестирования Минвуза РФ, региональный инновационный центр «Центр технологий National Instruments», региональный Центр энергоэффективности, Энергетический центр TACIS по программам Евросоюза. В этом процессе была также задействована инновационная структура университета: филиалы кафедры ЮНЕСКО «Новые материалы и технологии» в Томске и Барнауле, научно-производственный центр «Магнитная гидродинамика», НИИ «Радиотехника», молодежный инновационный центр, лаборатория по разработке мультимедийных электронных образовательных ресурсов, испытательный Центр в Системе добровольной сертификации средств и систем в сфере информатизации «РОСИНФОСЕРТ» в составе Сибирского регионального учебно-методического центра ВПО (СибРУМЦ), лаборатория энергосбережения в программе «Энергосбережение вузов РФ», виртуальный выставочный комплекс научно-технической продукции КГТУ и его стратегических партнеров и др. Было понимание, что университет должен быть примером для студентов и работников промышленных предприятий в части применения инноваций в учебной, научной и хозяйственной деятельности, своего рода центром компетенций. При этом в первую очередь университет позиционировался в регионе в качестве центра компетенции в области учебно-методической работы и управления образовательным процессом. В этом направлении большую роль играл СибРУМЦ. Сергей Антонович активно поддерживал многие инновации, предлагаемые по линии СибРУМЦа: разработка научных принципов и технологии сопровождения ГОС ВПО нового поколения; анализ зарубежных и российских учебных планов и содержания основных образовательных программ в области техники и технологий, разработка нормативной базы для электронных образовательных ресурсов; развитие сетевых систем лабораторных исследований с удаленным доступом; разработка электронных учебно-методических комплексов; сертификация электронных образовательных ресурсов и др.
Сергеем Антоновичем было поддержано предложение наряду с федеральными грантами выделять внебюджетные средства на формирование университетских грантов. В рамках таких грантов были разработаны первые прототипы инновационных электронных учебно-методических комплексов по ряду дисциплин, реализованы автоматизированные тепловые пункты в корпусах университета и геоинформационная система ZULU для внутренних и внешних инженерных сетей. Оба проекта дали реальный экономический эффект, что привело к уменьшению бюджетного финансирования на следующий год. Парадокс инновационной деятельности в бюджетной сфере: не на развитие, а на экономию.
Одну из функций корпоративной культуры – функцию управления качеством – Сергей Антонович активно поддерживал через разработку и внедрение в образовательный процесс автоматизированных информационных систем управления учебным процессом. В этом направлении был создан и реализован ряд инновационных продуктов: краевая информационная автоматизированная система управления образованием – КИАСУ, единая автоматизированная информационная система управления новым набором – АИС «Абитуриент», уникальная автоматизированная система управления образовательным процессом вуза – АСУ ВУЗ, кредито-рейтинговая система организации учебного процесса университета как один из самых эффективных механизмов повышения мотивации студентов и преподавателей и вхождения в международное образовательное пространство.