• проректор по учебной работе (1985–1990 гг.);
• первый проректор (1990–1995 гг.).
С 22 января 1996 г. по приказу Госкомвуза России Сергей Антонович, внесший значительный вклад в преобразование Политехнического института в Красноярский государственный технический университет, в его развитие как центра науки, образования и культуры, исполнял обязанности ректора университета.
В апреле 1996 г. С. А. Подлесный был избран ректором Красноярского государственного технического университета по решению конференции научно-педагогических работников, а также представителей других категорий работников и обучающихся в КГТУ.
С. А. Подлесный — действительный член нескольких общественных Академий: Академии проблем качества (1995 г.), Академии информатизации образования (1996 г.), Международной академии наук высшей школы (1997 г.), Международной академии информатизации (1999 г.), Академии экономической безопасности (2005 г.).
Сложно в полном объеме перечислить обширный перечень работ, в которых он принимал непосредственное участие как руководитель, участник, идеолог, методолог, консультант, эксперт.
Во многих научно-исследовательских работах, часть из которых ранее выполнялась по постановлениям Совмина СССР, Сергей Антонович являлся научным руководителем или ответственным исполнителем. В его научном багаже — разработки, связанные с высокоточными и помехоустойчивыми фазовыми радиотехническими системами для решения задач радиоуправления, навигации, геодезии, системами радиосвязи, медицинским приборостроением, микропроцессорными системами контроля параметров автономных объектов.
По итогам педагогической и научной деятельности опубликовано 324 работы. Он был одним из научных редакторов книги «Безопасность России. Правовые, социально-экономические и научно-технические аспекты. Региональные проблемы безопасности. Красноярский край» (2001 г.). Важные направления деятельности С. А. Подлесного: внедрение новых информационных технологий в учебный процесс, НИР и систему управления вузом; интеграция в мировое научно-образовательное пространство; гуманитаризация инженерного образования; улучшение здоровья студентов.
Для укрепления и сохранения индивидуального здоровья, привития здорового образа жизни, творческой активности студентов на базе кафедры валеологии КГТУ был организован межвузовский валеологический центр.
Университет, возглавляемый Сергеем Антоновичем, совместно с университетами Австрии, Великобритании, Германии и Франции реализовывал масштабные научные проекты. С. А. Подлесный активно взаимодействовал с коллегами из Швеции, Чехии, Китая, Монголии, США, был одним из руководителей международной программы совместно с Фондом им. К. Аденауэра (ФРГ), в рамках которой был создан научно-образовательный центр «Сибирь — Европа».
Совместно с Красноярским государственным институтом искусств в 2001 г. была организована Ассоциация «Интеллект и культура», в которую вошли 14 красноярских вузов. Благодаря поддержке С. А. Подлесного в марте 1999 г. появился первый номер литературного альманаха — приложения к газете «Политехник», в котором на 12 страницах впервые увидели свет произведения молодых литераторов — самодеятельных поэтов и писателей университета. Новое творческое сообщество — литературный клуб «Высокий берег» — получило возможность регулярно печататься. Публикация стала самой мощной поддержкой творческой активности студентов и преподавателей.
В непростых социально-экономических условиях, которые сложились в 1990-е годы в России, КГТУ не только выжил, но и продолжал развиваться благодаря гибкой политике руководства вуза.
В этот период при личном участии С. А. Подлесного:
• развита структура КГТУ и расширены его связи с научными организациями, вузами и промышленными предприятиями, в том числе созданы в дополнение к ранее существовавшему филиалу в г. Абакане еще три филиала КГТУ в разных городах: Железногорске, Зеленогорске и Усть-Илимске; открыты четыре представительства университета в городах Дудинке, Туре, Канске;
• приказом Министерства образования Российской Федерации при поддержке РАО «ЕЭС России», Правительства Республики Хакасия, руководства Красноярского государственного технического университета на базе ОАО «Саяно-Шушенская ГЭС имени П.С. Непорожнего» создан уникальный в своем роде Саяно-Шушенский филиал КГТУ (ныне филиал Сибирского федерального университета), расположенный в поселке Черёмушки;
• совместно с Институтом физики СО РАН, Красноярским государственным университетом, Сибирской аэрокосмической академией создан Красноярский научно-образовательный центр высоких технологий; совместно с Красноярским государственным университетом, Красноярским государственным аграрным университетом, Красноярской государственной академией цветных металлов и золота создан Консорциум красноярских образовательных учреждений для реализации федеральной программы по подготовке управленческих кадров с последующей зарубежной стажировкой слушателей;