Постройка собора быстро продвигалась. Кирпич сестры изготовляли сами. Не оставляя обычных своих послушаний — на полях, огородах, на скотном дворе, на кухне, в гостинице, вдет-ском приюте, — сестры своими руками выстроили величественный пятиглавый собор. До первых морозов были возведены стены строящегося собора. Уже после кончины Иоанна Кронштадтского вознесли на купола кресты.
Искусно отделанный иконостас был изготовлен в Петербурге потомственным резчиком по дереву Петром Амбросимовым из тщательно просушенной сосны. Расписывал иконостас мастер церковной живописи, тоже петербуржец, Федор Егорович Егоров. Средства на церковную утварь пожертвовал житель Петербурга Дмитрий Лукин. В алтаре была помещена икона Божией Матери «Одигитрия», которой Иоанн Кронштадтский благословил строительство Успенского собора. На оборотной стороне иконы надпись, свидетельствующая об этом и датированная 12 февраля 1908 года.
Еще одной почитаемой святыней монастыря является Пюхтицкая икона, история которой связана с именем Иоанна Кронштадтского. В 1894 году сестры подарили пастырю в день его ангела икону, на которой запечатлено явление Пресвятой Богородицы в Пюхтицах у источника. Внизу на иконе подпись: «Протоиерею отцу Иоанну Ильичу Сергиеву, труд живописиц Успенского женского монастыря на Святой горе Эстляндской губернии. 1894 г. 19 октября». Эта икона пребывала с Иоанном Кронштадтским до самой его кончины. По его завещанию она перешла к благочестивой петербургской чете, которая передала впоследствии этот образ матушке Вирсавии, насельнице закрытого к тому времени Санкт-Петербургского Иоанновского монастыря. Та не расставалась с иконой вплоть до смерти. После этого, 1 июля 1946 года, икона была возвращена в монастырь. Ее торжественно встретили у древнего дуба. Приняла святыню в свои руки тогдашняя настоятельница игуменья Алексия II (в схиме Сергия).
Успешно налаживалась молитвенная жизнь обители: введен полный монастырский богослужебный круг, созданы два монашеских хора — на церковнославянском и эстонском языках, во всем установлен строгий монастырский порядок, какой можно было встретить только в старинных монастырях. Через несколько лет своего существования Пюхтицкий монастырь снискал такое доверие окрестных жителей, что они стали отдавать на воспитание и обучение в обитель своих детей. В приюте при монастыре воспитывалось 25–30 детей и православного, и лютеранского вероисповедания, причем половину детей составляли мальчики. Кроме того, при обители было создано двухклассное училище на 50 учеников, в котором также не было разделения на православных и лютеран.
В монастырской лечебнице принимал окрестное население доктор Иоанн Федорович Кириллов. Медицинская помощь оказывалась бесплатно, лекарства раздавались тоже бесплатно. При монастырской лечебнице в 1896 году была учреждена Община сестер милосердия, состоявшая под покровительством Российского общества Красного Креста.
Так, буквально за три-четыре года на Богородицкой горе вырос монастырь. Трудами рук своих сестры полностью обеспечивали себя и паломников обители. Помня наставление Иоанна: «Держитесь за травку, отрада спасет», — пюхтицкие насельницы сеяли рожь, пшеницу, овес; выпекали хлеб; выращивали фрукты и овощи; заготавливали дрова, грибы, ягоды.
В 1894 году по благословению Иоанна Кронштадтского было основано Пюхтицкое подворье в Ревеле. Подворье было заложено на пожертвованном вдовой петербургского мещанина П. Е. Басаргиной участке по Шубенской улице. 26 октября 1896 года освятили деревянную подворскую церковь во имя святой великомученицы Варвары и преподобной Пелагии. Богослужение, совершаемое по строгому монастырскому чину, стройное пение сестер сразу же привлекли верующих ревельцев, и скоро маленькая деревянная церковь уже не могла вместить все возраставшее количество прихожан. Был создан комитет по строительству новой каменной двухэтажной церкви по проекту петербургского архитектора Н. Н. Никонова.
Почетным председателем комитета был избран Иоанн Кронштадтский, внесший первый взнос на строительство храма — тысячу рублей. 11 сентября 1900 года Иоанн Кронштадтский совершил закладку нового храма подворья во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы. В 1902 году строительство белокаменной церкви, увенчанной девятью куполами, было завершено, и 22 сентября состоялось ее торжественное освящение[177]. Церковь строилась на средства П. Е. Басаргиной и ее родственницы Александры Коршуновой, послушницы Пюхтицкого монастыря.