В настоящее Время церковь заняла такую позицию в отношении Иоанны, что, якобы, эту историю придумали протестантские реформаторы с целью разоблачения папской коррупции. Однако история Иоанны стала впервые известна за сотни лет до рождения Мартина Лютера. Большинство ее хроникеров были католиками, часто занимавшими высокое положение в церковной иерархии. Папство Иоанны признано даже в официальных исторических документах, посвященных римским Папам. Скульптурное изображение Иоанны стояло в одном ряду с такими же изображениями других Пап в кафедральном соборе в Сиене до 1601 года, когда по приказу Папы Клемента VIII, произошла внезапная «метаморфоза», и скульптура Иоанны превратилась в изображение Папы Захария. В 1276 году, после основательного изучения папских хроник, Папа Иоанн XX превратился в Папу Иоанна XXI, когда было официально признано правление Иоанны, как Папы Иоанна VIII. История Иоанны, включенная в официальный церковный справочник Рима, использовалась паломниками в течение трехсот лет.
Другое поразительное доказательство этого исторического факта было найдено в хорошо документированном протоколе суда над еретиком Яном Гусом в 1413 году. Гуса обвиняли в распространении еретической доктрины о возможной порочности Папы. В свою защиту Гус приводил многочисленные примеры, когда Папы грешили и совершали преступления против церкви. По каждому из его обвинений судьи (все они были священниками) подробно опровергали обвинения Гуса и называли их богохульством. И только одно заявление Гуса не было опровергнуто: «Много раз Папы грешили и совершали ошибки, например когда Папой был избран Иоанн, оказавшийся женщиной». Ни один из двадцати восьми кардиналов, четырех патриархов, тридцати митрополитов, двухсот шести епископов и четырехсот сорока богословов не выступил против этого заявления Гуса.
Утверждения, что между правлением Льва IV и Бенедикта III прошло слишком мало времени, и Иоанна не успела бы править в этот период, вызывает возражения. Хроника Liber pontificalis печально знаменита своими несоответствиями: нельзя полагаться на приведенные в ней даты вступления римских пап на престол и их кончин. Многие даты, как известно, не соответствуют истине. Поскольку современники очень хотели скрыть факт правления Иоанны, не стоит удивляться, что дата смерти Льва перенесена с 853 на 855 год. Это позволяло утаить сведения о двух годах правления Иоанны. Выходит, что Папа Бенедикт III вступил на престол сразу после кончины Папы Льва.[10]
История предоставляет много других примеров фальсификации в хрониках. Сторонники Бурбонов определили дату правления Людовика XVIII с момента кончины его брата, проигнорировав правление Наполеона. Однако они не могли изъять Наполеона из исторических записей, поскольку его правлению уделено много мест в бесчисленных хрониках, дневниках, письмах и других документах. Для сравнения: в IX веке утаить факт правления Иоанны было гораздо легче.
Существуют также трудно объяснимые косвенные доказательства того, что действительно существовал Римский Папа женского пола. Один из таких примеров — так называемая проверка стулом. Это входило в процедуру церемонии папского посвящения в течение почти шести веков. После Иоанны каждый вновь избранный Папа должен был сесть на sella stercoraria (буквально: «стульчак») с отверстием посередине. Это позволяло осмотреть его гениталии и убедиться в его принадлежности к мужскому полу. Затем проверяющий торжественно объявлял собравшимся, что
Католическая церковь не отрицает существования особого стула с отверстием, поскольку он сохранился в Риме до настоящего времени. Никто не отрицает и того, что его использовали в течение столетий для церемонии посвящения Пап. Но многие утверждают, что стул использовался только из-за того, что он красив по форме. Тот факт, что на сидении имеется отверстие, они считают несущественным. Название sella stercoraria, предположительно, происходит от слов, адресованных Папе, сидевшему на этом стуле: