По традиции обязанности музыкального директора этой церкви исполнял кантор церкви Св. Фомы. Однако перед приходом Баха на место кантора должность музыкального директора занимал органист Гернер. Заручившись поддержкой многих влиятельных лиц магистрата, он не уступил Баху место директора, которое Бах считал очень ответственным. Ведь как музыкальный директор университетской церкви он мог еще больше влиять на развитие вкусов студентов. И Бах решил вступить в борьбу за свои права.
Сражение, оскорбительное для композитора, длилось с переменным успехом два года... В конце концов часть богослужений осталась в ведении Баха, а часть — в ведении Гернера. В особо торжественных случаях оба музыканта приглашались по очереди.
Даже работа Себастьяна в обществе студентов из-за вмешательства магистрата стала все больше осложняться. Раньше для привлечения студентов к участию в церковных богослужениях городские власти давали им небольшую стипендию. После же вступления Баха на должность руководителя общества увлечение молодежи этим музицированием стало так велико, что Совет счел возможным сначала сократить и без того незначительные суммы, а потом и вовсе отменить их.
Мало того! Члены магистрата часто присылали в школу учеников, неспособных к музыке. А ведь Бах так дорожил каждым одаренным мальчиком, который мог участвовать в исполнении хоровых произведений. Поэтому произвол членов магистрата глубоко возмущал его.
Некоторой разрядкой в этой напряженной жизни служили для Баха поездки в другие города.
Несколько лет, например, продолжалась его тесная связь с Кётеном. Так как первая супруга князя Леопольда скоро умерла, князь женился во второй раз. Его жена княгиня Шарлотта оказалась большой любительницей музыки, и начиная с июля 1724 года Иоганн Себастьян стал часто приезжать в Кётен то один, то с Анной Магдаленой. Так, однажды он исполнил кантату ко дню рождения молодой княгини, в другой раз преподнес новое сочинение ее новорожденному сыну вместе со стихотворением собственного сочинения:
Однако пожелания композитора не сбылись. Через два года маленький принц умер, а вскоре за ним последовал и его отец. Бах еще раз посетил Кётен, но теперь уже для того, чтобы исполнить там траурную мессу.
Как придворный композитор Саксонско-Вейсенфельсского курфюрста (Бах получил и это звание), он должен был принимать участие в торжествах этой семьи. Поэтому в 1725 и в 1729 годах он приезжал в Вейсенфельс для исполнения своих произведений в честь дня рождения курфюрста.
Много раз Иоганн Себастьян посещал Дрезден, где выступал как органист и композитор. В 1731 году он побывал там для того, чтобы послушать новую оперу композитора Адольфа Хассе, который недавно вернулся из Венеции и занял пост дирижера Дрезденской оперы. Его жена, прославленная певица Фаустина Хассе, исполняла партии главных героинь в операх своего мужа, и восторженные слушатели говорили, что хвалить ее — столь же напрасный труд, как зажигать свет на солнце.
На следующий день после премьеры новой оперы Бах играл для знаменитой четы на органе в церкви Св. Софии, и его триумф был равен вчерашнему триумфу оперы. Бах очень подружился с семьей Хассе, а они иногда навещали Иоганна Себастьяна в Лейпциге.
Перед отъездом из Лейпцига Бах не всегда обращался к бургомистру с просьбой об отпуске. Мелкая унизительная опека над его действиями, принятая в Совете, всегда вызывала в душе Баха гневный протест. Однажды он даже «осмелился» послать в деревню своего ученика для руководства хором, не испросив на то разрешения. Дело было срочное и не терпело отлагательств.
Столь гордый и независимый характер человека, не считавшего нужным давать объяснения своим «дерзким» поступкам, вызывал в членах Совета чувство мстительного озлобления. Нарушавший инструкции кантор был неисправим, и на одном из заседаний они даже решили снизить ему жалованье.