Непобедимый «Реал» (Мадрид) досрочно прямым ходом идет к своему пятому подряд чемпионскому титулу. В Примере у «Барсы» в ряд выстроились поражения, и тут уже «Валенсия» пытается догнать «Реал». В октябре во втором туре Кубка европейских чемпионов «сине-гранатовые» уступают «Андерлехту» и вылетают с турнира, а в ноябре они проигрывают в Суперкубке Европы в матче против ФК «Милан» (1:1 и 0:1). Над Йоханом как тренером нависла угроза, но Нуньес решает обождать… Хуже того, случай с Луисом Мильей делит раздевалку на два лагеря. В начале сезона Эль Флако попросил своего блистательного атакующего полузащитника продлить контракт, если он собирается продолжить выступать. Молодое дарование отказалось и провело сезон 1989/90, протирая штаны на скамейке. Из-за конфликта с клубом и не желающий принять предложенные по контракту условия, Луис Милья покинет «Барсу» и уйдет в «Реал» (Мадрид)… совершенно свободно! ФК «Барселона» не получил никаких трансферных выплат. Нуньес промолчал, но не забыл…
Праздничные дни в конце 1989 года Йохан провел в кругу семьи. На рождественский ужин он пригласил Рональда Кумана с супругой, а также бывшего партнера по «Аяксу»-72 Луиса ван Гала. Йохан ведь не спускал глаз и держал ушки на макушке на все то, что происходило в «Аяксе». До него дошли слухи о повышении в клубе ван Гала, ставшего заместителем тренера Лео Бенхаккера в этом сезоне 1989/90. Во время ужина у Кройффов раздался вдруг телефонный звонок: Луису сообщили о смерти его сестры. Потрясенный ван Гал тут же уйдет с праздника. Этот печальный и непредвиденный случай, однако, наложит отпечаток на долгое время на отношения Йохана и Луиса…
В Примере сезон закончится совсем уж мрачно: «Реал» снова чемпион, «Валенсия» с «серебром», а «Барса» всего лишь третья. Никто не заметил, что защитник Куман занял шестое место среди лучших голеадоров турнира, забив 14 голов, выражая тем самым благодарность наступательным идеям своего тренера… Как никогда раньше над Йоханом навис меч, но удача не оставила его. В глазах болельщиков в матчах против «Реала» «Барса» показала особо блестящую игру. В Лиге на «Камп Ноу» победа со счетом 3:1 привела в восторг акционеров, а во втором матче на «Бернабеу» боевые 2:3 зафиксировали достойное поражение. Но гвоздем в конце сезона стал Суперклассико в финале Кубка короля. В этот самый момент под Эль Мистером уже качалось его кресло. Но наследник «Аякса» хотел погибнуть, не предав своих убеждений, и выставил игроков по схеме 3–4-3. В Валенсии его «сине-гранатовые» триумфально одолели «Реал» (2:0). И спасли своего тренера… и судьбу клуба! «
В придачу ко второму трофею за два года хорошие результаты, полученные против «меренгов», несколько смягчили всеобщий скептицизм к «методам Кройффа»…