Дела о находящихся в лагерях военнопленных — 14 700 человек бывших польских офицеров, чиновников, помещиков, полицейских, разведчиков, жандармов, осадников и тюремщиков, а также дела об арестованных и находящихся в тюрьмах западных областей Украины и Белоруссии в количестве 11 000 человек членов различных контрреволюционных шпионских и диверсионных организаций, бывших помещиков, фабрикантов, бывших польских офицеров, чиновников и перебежчиков — рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела» (26).
5 марта было принято соответствующее решение Политбюро:
«Дела <…> рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела. Рассмотрение дела провести без вызова арестованных и без предъявления обвинения, постановления об окончании следствия и обвинительного заключения. <…> Рассмотрение дел и вынесение решения возложить на тройку, в составе т. т. В. Е. Меркулова, Б. Кобулова и Башлакова (начальник 1-го спецотдела НКВД СССР)».
К концу марта в НКВД была завершена разработка плана по вывозу польских военнопленных из лагерей и тюрем к местам расстрела. Заключённых из всех украинских тюрем везли на расстрел в Киев, Харьков и Херсон, из белорусских — в Минск (27).
Для уничтожения заключённых Осташковского лагеря была приготовлена Калининская тюрьма, заранее освобождённая от других заключённых. Одновременно неподалёку от Калинина, в посёлке Медное, экскаваторы вырыли несколько огромных ям. Руководил массовым расстрелом польских офицеров в Осташковском лагере В. М. Блохин.
С начала апреля военнопленных начали вывозить на расстрел эшелонами по 350–400 человек. Этапируемые заключённые полагали, что их готовятся отпустить на свободу, поэтому настроение в их рядах было приподнятое.
В работе «Катынский лабиринт» В. Абаринов приводит последние строки из дневника польского военнопленного — майора Адама Сольского, отправленного по этапу из Козельского лагеря 7 апреля 1940 года. В дневнике, впоследствии найденном немецкой комиссией Г. Бутца, значится:
«20 апреля. С 12 часов стоим в Смоленске на запасном пути.
21 апреля. Подъём в тюремных вагонах и подготовка на выход. Нас куда-то перевозят в машинах. Что дальше? С рассвета день начинается как-то странно. Перевозка в боксах «ворона» (страшно). Нас привезли куда-то в лес, похоже на дачное место. Тщательный обыск. Интересовались моим обручальным кольцом, забрали рубли, ремень, перочинный ножик, часы, которые показывали 6.30…» (28).
Непосредственно в Катыни расстрел осуществлялся следующим образом: расстреливаемых связывали (иногда также накидывали на голову шинель) и подводили ко рву, после чего стреляли из пистолета в затылок. В Харькове и Калинине расстрелы производились в тюрьмах.
Использовались в основном пистолеты «Вальтер» и «Браунинг» под патрон «Браунинг» калибра 7,65 мм (в меньшей степени 6,35 мм). Тот факт, что при эксгумации в Катыни в 1943 году были обнаружены исключительно патроны немецкого производства, длительное время считался одним из основных доказательств того, что расстрелы были осуществлены немецкими оккупационными войсками. В настоящее время собрано достаточно свидетельств и косвенных доказательств того, что эти патроны использовались в пистолетах фирмы «Вальтер» или «Маузер», применявшихся сотрудниками НКВД при расстрелах. Кроме того, в начале 1990-х годов при раскопках на полигоне НКВД «Медное» под Тверью, где, в частности, были похоронены расстрелянные в Калининской тюрьме поляки — узники Осташковского лагеря, следователями Главной военной прокуратуры и польскими исследователями были обнаружены гильзы, аналогичные катынским.
Казни длились с начала апреля до середины мая 1940 года в рамках «Операции по разгрузке лагерей».
По данным, указанным в записке председателя КГБ А. Н. Шелепина (1959 год), всего было расстреляно 21 857 человек, из них в Катыни 4 421 человек, в Харькове 3 820 человек, в Калинине 6 311 человек и 7 305 человек в лагерях и тюрьмах Западной Украины и Западной Белоруссии (29).
Среди казнённых были как кадровые офицеры (в том числе Якуб Вайда, отец известного кинорежиссёра Анджея Вайды), так и офицеры военного времени — мобилизованные адвокаты, журналисты, инженеры, учителя, врачи и т. д., включая университетских профессоров, которых только в Козельском лагере находилось 20 человек (30).