Кеке была прачкой. Зарабатывала она мало, а после того, как они расстались с Бесо, матери в одиночку приходилось содержать Иосифа. Тем не менее Кеке делала все, чтобы Иосиф мог учиться. Между Кеке и Бесо существовали серьезные разногласия насчет образования сына. Отец видел в сыне будущего сапожника, а мать – лицо духовного звания. Бесо возмущался: «Ты хочешь, чтобы мой сын стал митрополитом? Ты никогда не доживешь до этого! Я – сапожник, и мой сын тоже должен стать сапожником, да и все равно будет он сапожником!» Но Кеке понимала, что сапожное ремесло – не для человека, у которого одна рука – сухая. Она поступила по-своему. В 1888 году мать отдала сына в местное духовное училище. Сперва он два года учил русский язык, а затем уже поступил в первый класс. Конечно, мать никогда и не думала, что Иосиф станет не то что митрополитом, а человеком, перед которым не только митрополиты, а сам патриарх по струнке ходить будет.
Принимая во внимание тяжелое материальное положение и отличную учебу, Иосифу Джугашвили назначили стипендию – три рубля в месяц. Зимой он ходил в школу в войлочной шляпе, в серых вязаных рукавицах, синем пальто и в широком красном шарфе, с которым гармонировала сумка из красного ситца. Осенью он одевался в сапоги с высокими голенищами и в черную суконную фуражку с лакированным козырьком.
По воспоминаниям соседей и товарищей по детским играм, Иосиф был с виду худой, но крепкий мальчик. Он отличался жизнерадостностью, был весьма общителен, имел много товарищей. Как не похож был юный Джугашвили на зрелого Сталина, который в обществе говорил мало. В ту пору он мог разговориться лишь в узком кругу соратников, но там дело сводилось в основном к сталинским монологам. И право на шутки принадлежало всецело ему. Собеседники шутить не рисковали. И друзей у Иосифа Виссарионовича не осталось. Кого расстрелял, как Бухарина, кого довел до самоубийства, как Орджоникидзе, кого запугал, как Ворошилова и Молотова. Остались только прихлебатели, трясущиеся от страха, что станут следующими в списке репрессированных.
Между тем, в начале 1890-х годов между родителями Сосо произошел разрыв. 6 января 1890 года Иосиф попал под фаэтон. Отец отвез его в тифлисскую лечебницу и навсегда остался в этом городе, намереваясь оставить сына у себя. Кеке направилась за ними в Тифлис, жила там несколько месяцев и в конце концов вернула сына в Гори. С этим эпизодом был связан вынужденный перерыв в учебе, поэтому Сосо окончил духовное училище на год позже, чем должен был. Бесо же уехал в Тифлис работать на большой обувной фабрике купца Адельханова. Он периодически наведывался в Гори, пытался помириться с Кеке, но неудачно. В 1891 году Иосифа исключили из первого класса, так как отец отказался внести 25 рублей за обучение, а у матери таких денег не нашлось. Правда, очень скоро его не только восстановили в училище, но и перевели во второй класс, назначив стипендию 3 рубля в месяц, а к концу обучения повысив ее до 7 рублей. Вероятно, дирекция училища сочла необходимым поддержать подающего надежды ученика.
В 1892 году родители Сосо окончательно расстались. По воспоминаниям Котэ Чарквиани, когда Сосо учился во втором классе, «дядя Бесо бросил семью и уехал в Тифлис». Хотя формально они и не развелись, поскольку расторжение церковного брака было трудной и дорогостоящей процедурой. Он отказался платить за учебу сына. 28 августа 1895 года Иосиф писал в заявлении на имя ректора Тифлисской духовной семинарии: «Отец мой уже три года не оказывает мне отцовского попечения в наказание того, что я не по его желанию продолжил образование» (Бесо думал, что сыну достаточно уметь читать и писать да иметь некоторые познания в арифметике, чтобы стать хорошим сапожником). Мать теперь целиком содержала себя и сына. В добавление к обязанностям прачки и прислуги она освоила искусство кройки и шитья, и это дало верный кусок хлеба.
В духовном училище Сосо учился очень хорошо. 2, 3-й и 4-й классы окончил по первому разряду первым и получил похвальный лист. Его рекомендовали в Тифлисскую духовную семинарию, куда он и поступил в 1894 году. А вот здесь уже начались проблемы. Среди первых учеников Иосиф не был, и его зачислили не полным пансионером, целиком обеспечивавшимся на казенный счет, а только полупансионером, вынужденным частично оплачивать свое пребывание в семинарии. От платы за учебу – 40 рублей в год и за наем квартиры освобождались только дети священнослужителей, а Иосиф к ним не принадлежал. Ему пришлось платить за учебу и за обмундирование, бесплатно он только питался и жил в общежитии.