Тем временем Жуйович и Хебранг были сняты с занимаемых ими постов, а затем арестованы. При этом Жуйовичу инкриминировалась попытка «осуществить внутренний путч в ЦК КПЮ», а Хебранг был объявлен «усташско-гестаповским шпионом». Узнав об аресте Жуйовича и Хебранга, Сталин поручил 9 июня 1948 года Молотову передать следующее: «ЦК ВКП(б) стало известно, что югославское правительство объявило Хебранга и Жуйовича изменниками и предателями родины. Мы это понимаем так, что Политбюро ЦК КПЮ намерено ликвидировать их физически. ЦК ВКП(б) заявляет, что если Политбюро ЦК КПЮ осуществит этот свой замысел, то ЦК ВКП(б) будет считать Политбюро ЦК КПЮ уголовными убийцами. ЦК ВКП(б) требует, чтобы расследование дела Хебранга и Жуйовича о так называемой неправильной информации ЦК ВКП(б) происходило с участием представителей ЦК ВКП(б). Ждем немедленного ответа». В своем ответе ЦК КПЮ отвергал обвинения и отрицал намерение уничтожить Жуйовича и Хебранга и отказывал ЦК ВКП(б) в участии в расследовании дела двух бывших руководителей Югославии. Затем последовал обмен несколькими письмами по этому вопросу.
19 июня 1948 года Информбюро вновь пригласило ЦК КПЮ для участия в обсуждении югославского вопроса в Бухаресте, но 20 июня руководство КПЮ отказалось от участия в заседании Информбюро. Состоявшееся в конце июня заседание Информбюро на основе доклада А. А. Жданова приняло резолюцию «О положении в Коммунистической партии Югославии». В ней содержался призыв к «здоровым силам КПЮ, верным марксизму-ленинизму» «сменить нынешних руководителей КПЮ и выдвинуть новое интернационалистское руководство КПЮ». Это заявление было опубликовано в «Правде» 29 июня 1948 года, а уже вечером все радиостанции Белграда передавали заявление пленума КПЮ, осуждавшее резолюцию Информбюро.
Пропаганда в поддержку Тито сопровождалась репрессиями против сторонников решения Информбюро. Таких в партии нашлось более 55 тысяч. Все они (то есть около 12% всех коммунистов) были исключены из партии, а 16 312 из них были арестованы и заключены в специальные лагеря.
Хотя Жуйовичу была сохранена жизнь, он долго находился в тюрьме. Уже в 1948 году было объявлено, что Хебранг повесился в тюрьме. В августе 1948 года был убит якобы при попытке перейти румыно-югославскую границу еще один противник Тито – начальник генерального штаба Югославии Арсо Йованович. Оппозиция Тито и его сторонникам показывала, что антисталинский курс руководства КПЮ не пользовался столь единодушной поддержкой, как изображали это Хрущев и югославские лидеры. В то же время репрессии помогли Тито закрепить свою победу внутри КПЮ.
Конфликт, который долго тлел, вырвался наружу и постепенно привел к разрыву всех союзнических отношений между Югославнией и СССР, а также союзниками Советской страны. Вскоре конфликт стал причиной пограничных стычек на югославской границе и превратился в источник международной напряженности. Логика борьбы между СССР и Югославией привела к тому, что была разрушена стабильность в поясе безопасности из стран, дружественных к нашей стране и сложившийся после мая 1945 года. Москва опасалась, что пример Тито мог стать заразительным. Возможности использования Югославии и ее примера для подрыва позиций СССР в Европе активно рассматривались и на Западе. Эти мысли были суммированы в директиве Совета национальной безопасности СНБ-58, утвержденной Трумэном 14 сентября 1949 года: «Задача состоит в том, чтобы облегчить рост еретического коммунизма, не нанеся в то же время серьезного ущерба нашим шансам заменить этот промежуточный тоталитаризм терпимыми режимами, входящими в западный мир». Авторы директивы исходили из того, что подобные тенденции «серьезно ослабят советский блок. Такую слабость Соединенные Штаты должны использовать… двинув как острие клина для подрыва авторитета СССР создание группы антимосковских коммунистических государств».
Зная об этих планах, советское руководство все в большей степени атаковало Тито, объявив его и других руководителей Югославии агентами иностранных разведок. Тем временем руководители компартий стран Центральной и Юго-Восточной Европы предпринимали усилия с целью «разоблачить» явных и тайных сторонников Тито в этих странах.