Белая книга ноября 1938 г. Британское правительство пришло к выводу, что политические, административные и финансовые трудности, связанные с "предложением о создании арабского и еврейского независимых государств на территории Палестины, столь велики, что такого рода разрешение проблемы, практически, не осуществимо". Правительство намеревалось созвать конференцию (она и была проведена — Сент-Джеймсская (Лондонская) конференция) с участием представителей палестинских арабов, арабских государств и Еврейского агентства для обсуждения вопросов "будущей политики, включая вопрос об иммиграции в Палестину".
В 1939 г. Хагана приняла активное участие в организации т. н. "нелегальной" иммиграции в Эрец-Исраэль. С этого момента началась борьба британских властей против Хаганы. В 1939-1940 гг. были арестованы и приговорены к тюремному заключению многие члены Хаганы; чтобы обнаружить подпольные склады оружия организации, британская администрация проводила обыски.
Во время II Мировой войны Хагана сотрудничает с британскими властями, многие ее члены вступают в добровольные еврейские подразделения, созданные в рамках британской армии. Служившие в этих подразделениях члены организации организовывают подпольную сеть и снабжают Хагану британским оружием, а в конце войны оказывают помощь еврейским беженцам из Европы. Вскоре после окончания II Мировой войны, когда стало ясно, что британское правительство не намерено отказаться от своей антисионистской линии, Еврейское агентство поставило перед Хаганой задачу возглавить еврейское движение по сопротивлению этой политике. Совместные действия вооруженного подполья против британских властей начались в ночь с 1 на 2 ноября 1945 г. координированными диверсиями на железной дороге (всего около двухсот взрывов). Хагана организовывала массовые демонстрации, в ходе которых происходили столкновения с британской полицией и армией. Борьба достигла пика 17 июня 1946 г., когда саперы Хаганы уничтожили 11 мостов, связывавших Эрец-Исраэль с соседними странами. В ответ на эти акции 29 июня британские власти арестовали членов правления Еврейского агентства и Национального комитета евреев и провели серию обысков с целью обнаружить членов и оружейные склады Хаганы; эта акция получила название "Черная суббота". После "Черной субботы" Исполнительный комитет Еврейского агентства призвал к временному прекращению сопротивления. Хагана ограничила свою деятельность уничтожением средств, предназначенных для борьбы с "нелегальной" иммиграцией (радарные установки, прибрежные полицейские посты, суда, на которых иммигрантов депортировали на Кипр, и т. п.). За пределами страны посланцы Хаганы создавали отряды бойцов из евреев, находившихся в лагерях для перемещенных лиц в Центральной Европе и в Италии, а также из евреев Франции, Венгрии, Румынии и других стран; это привело к беспрецедентному росту "нелегальной" иммиграции. Внутри страны Хагана по-прежнему заботилась о безопасности еврейских поселений, особенно новых.
Весной 1947 г., когда в ООН начали разрабатывать план политического решения палестинской проблемы путем раздела страны на еврейское и арабское государства, Д.Бен-Гурион (
Накануне Войны за независимость численность Хаганы достигла 45 тыс. человек, из них 10 тыс. состояли в Полевом корпусе и 3 тыс. — в Палмахе (особые отряды Хаганы). Когда началась война (декабрь 1947 г.) Хагана была хорошо подготовленной организацией: еврейские поселения были укреплены, еврейские транспортные колонны передвигались с вооруженным эскортом. Среди еврейского населения была объявлена всеобщая мобилизация, однако первые удары приняли на себя мобилизованные подразделения Хаганы, "Полиция еврейских поселений".