При Елизавете I были усилены английские гарнизоны, укреплена колониальная администрация. Были введены карательные законы против католиков: ирландский парламент 1560 г. подтвердил акт о церковной супрематии (верховенство) английского короля и установил строгие наказания за отказ признать супрематию, ввел англиканский молитвенник, запретил католическую мессу и обязал всех ирландцев посещать англиканскую службу в воскресные дни, а за каждое непосещение платить в 12 пенсов (Яков Стюарт карал за это даже тюремным заключением). Тем не менее, в целом по стране осуществление реформации, особенно в глухих районах острова, затянулось вплоть до английской революции XVII в.
Так в Ирландии после реформации появились две церкви: одна – чужеземная, официальная; другая – преследуемая английскими властями, но признаваемая большинством жителей острова. Нередко католики платили две десятины: одну – англиканской церкви по принуждению и другую – католической церкви добровольно.
Поскольку реформация и преследования католиков способствовали увеличению эмиграции из Ирландии, папа римский, а также короли католических стран получили возможность использовать ирландских эмигрантов-католиков в своих контр реформаторских целях.
Во второй половине XVI в. Тюдоры стали осуществлять массовые конфискации земель у ирландцев и англо-ирландцев и раздачу их своим сторонникам, широко используя для этого провокации и обвинения в государственной измене. Была осуществлена колонизация Манстера, Ольстера и части Ленстера, не входившей в Пейл. Первая массовая конфискация земель ирландских кланов и заселение их английскими колонистами были произведены в Ленстере, в графствах – Лейкс и Оффали, расположенных между Манстером, Коннотом и Пейлом и стратегически весьма важных для обеспечения английского господства в Пейле. Воспользовавшись распрей между О'Мурами и О'Коннорами – крупными септами в этих графствах, парламент в Дублине в 1557 г. принял акт о конфискации территории этих септов в пользу короны и уполномочил наместника заселить их «добропорядочными людьми». Сервиторам было роздано 2/3 конфискованных в этих графствах земель (более 21 тыс. акров). Лояльным ирландцам была отведена 1/3 всех земель (более 10 тыс. акров), расположенных главным образом вдали от границ Пейла. Они были обязаны подчиняться английским законам, исправно платить ренту королю, обязательно обучать детей английскому языку, одеваться на английский манер. В 1562 г. вождь Ольстера Шан О'Нил заключил с Елизаветой мирный договор. Однако вскоре английское правительство, использовав жалобы вождей на Шана, обвинило его в нарушении договора и в измене королеве и спровоцировало войну. После двух лет войны наместнику путем угроз, посулов и милостей удалось отколоть от Шана вождей – его союзников и в 1567 г. нанести его войску поражение. Шан был убит, а его земли как государственного изменника были конфискованы Елизаветой.
В 1569 г. в Манстере началась война за освобождение от английского господства, которую возглавил Фицморис. Однако ему не удалось создать объединенной армии, каждый из вождей воевал самостоятельно. Этим воспользовались англичане и в 1573 г. нанесли по главным силам восставших удар. После этого английские войска огнем и мечом прошли по Манстеру, грабили население, уничтожали посевы и скот, в результате чего в крае начался страшный голод, унесший много жизней. В 1586 г. парламент в Дублине принял два акта о конфискации в пользу короны земель в Манстере, находившихся под властью мятежных вождей.
В Дублине готовилась провокация против Тирона и других вождей Ольстера с целью конфискации их земель. Использовался спор Тирона с одним из подвластных ему вождей. Тирон был вызван в Лондон, где его ожидало заключение в Тауэр. Этого не произошло потому, что в начале сентября 1607 г. Тирон и Тирконнел со своими семьями тайно, на французском корабле, отплыли во Фландрию, после чего отправились в Рим. Колонизация Ольстера была осуществлена королем Яковом I в 1610 – 1611 гг. Размеры поместий колонистов в Ольстере были намного меньше, чем поместья в Манстере – это позволило привлечь к колонизации английских джентри, горожан, сервиторов. Более половины земельного массива, предназначенного сервиторам, было роздано офицерам английской армии в Ирландии.