Особо Федор Кузьмич отмечал день памяти князя Александра Невского, небесного покровителя императора Александра I. В этот день он посещал своих знакомых Анну и Марфу, готовивших праздничный обед, после которого старец рассказывал: «Какие торжества были в этот день в Петербурге — стреляли из пушек, развешивали ковры, вечером по всему городу было освещение, и общая радость наполняла любовью сердца…» Известны также рассказы старца о событиях Отечественной войны 1812 года, о жизни Петербурга, воспоминания об Аракчееве, Суворове, Кутузове.
Федор Кузьмич отличался простотой в обращении и одежде: летом носил белую рубашку из деревенского холста и шаровары, зимой надевал длинный темно-синий халат и сибирскую доху, обувался в кожаные туфли. Спал на доске, обтянутой холстом. Имел репутацию постника, не любил жирной пищи, питался в основном сухарями, вымоченными в воде, но не отказывался и от мяса. Старец много времени проводил в молитвах, вследствие чего его колени были покрыты мозолями от длительного стояния на них.
Незадолго до смерти Федор Кузьмич побывал у старого знакомого казака Семена Сидорова, а затем вернулся в Томск, где прожил некоторое время, страдая от застарелой болезни. Перед смертью его исповедовал отец Рафаил из Алексеевского монастыря. На исповеди старец отказался назвать имя своего небесного покровителя («Это Бог знает»), а также имена своих родителей («Святая Церковь за них молится»). Сохранился известный со слов купца Хромова его разговор с Федором Кузьмичом накануне смерти старца:
— Благослови, батюшка, спросить тебя об одном важном деле, — обратился к нему Семен Хромов.
— Говори. Бог тебя благословит, — ответил старец.
— Есть молва, — продолжал Семен Феофанович, — что ты, батюшка, не кто иной, как Александр Благословенный… Правда ли это?..
Старец, услыша эти слова, стал креститься и проговорил:
— Чудны дела Твои, Господи… Нет тайны, которая бы не открылась.
Скончался Федор Кузьмич 20 января 1864 года, согласно метрической записи восьмидесяти лет от роду. В 1866 году по инициативе купца Хромова был написан карандашный портрет старца, имевшего схожие черты лица с императором Александром I. С него томский фотограф Ефимов сделал фотоснимки, которые пользовались популярностью среди горожан. Позднее Хромов заказал у неизвестного томского художника два портрета: императора Александра I (копия с известного портрета работы Д. Доу) и Федора Кузьмича, которые повесил в келии старца. Позднее портреты были помещены в часовню, построенную над его могилой.
После смерти Федора Кузьмича купец Хромов разобрал его личные вещи. Среди них им были обнаружены: документ о бракосочетании императора Александра I: «толстый лист синеватого цвета, где часть слов была отпечатана типографским способом, а часть написана от руки. Внизу листа находилась белая печать с изображением церкви»; небольшое резное распятие из слоновой кости; цепь ордена Андрея Первозванного; нарисованный вензель в виде буквы «А». Также были найдены короткие шифрованные записки, получившие название «тайна Федора Кузьмича».
Незадолго до своей смерти Федор Кузьмич указал Хромову на мешочек, висевший над его кроватью, и сказал: «В нем моя тайна». После кончины старца мешочек был вскрыт; в нем обнаружились две записки — узкие бумажные ленты, исписанные с обеих сторон. Кроме этих записок сохранились написанная Федором Кузьмичем выдержка из Священного Писания, датированная 2 июня 1849 года, и конверт с надписью «Милостивому государю Семиону Феофановичу Хромову».
Содержание записок было довольно туманным и при желании позволяло интерпретировать их как в качестве подтверждения легенды об императорском происхождении старца.
Попытки расшифровать данные записки предпринимались неоднократно.
Подлинные записки считаются исчезнувшими при неизвестных обстоятельствах в 1909 году. В настоящее время сохранились лишь их фотокопии, причем не очень хорошего качества, что значительно затрудняет возможность дальнейшей их идентификации и дешифровки.
Исследователь легенды о старце В. В. Барятинский предлагал в конце XIX века следующий вариант расшифровки текстов записок.
На лицевой стороне первой записки можно прочесть следующую фразу: «Видишь ли, на какое молчание вас обрекло ваше счастье и ваше слово».
Оборотная сторона первой записки гласит: «Но когда Александры молчат, Павлы не возвещают» (в значении — когда Александр хранит молчание, то его не терзают угрызения совести относительно Павла).
Текст на лицевой стороне второй записки: «Я скрываю тебя, Александр, как страус, прячущий свою голову под крыло».
Иван Петров, преподаватель Санкт-Петербургского театрального училища, заинтересовавшись записками, путем перестановки букв подобрал ключ для прочтения «тайны» старца. Данной расшифровкой заинтересовался великий князь Николай Михайлович и привел ее в своей работе про Федора Кузьмича.