Малакка была известна как торговый центр Востока, богатейший город мира. Гавань была переполнена судами, пришедшими из таких дальних мест, как Япония, Китай, Аравия, Индия и Африка. В Малакке торговали всеми вообразимыми экзотическими и роскошными товарами, от слонов до фарфора династии Мин. Золото имелось в таком изобилии, что торговцы расплачивались монетами по весу, а не по счету. Когда Секуэйра и его соратники прибыли в Малакку, их гостеприимно встретил султан Малакки.
Португальцам было позволено основать торговую факторию. Однако в скором времени султану стало ясно, что визит португальцев — только прелюдия к дальнейшему вторжению в город. Он захватил и уничтожил их судно, а пришельцев заточил в тюрьму. В феврале 1510 года Руй де Арауйо, один их португальских офицеров, пришедших с Секуэйрой, сумел передать письмо, предназначавшееся Албукерки. В письме он сообщал о плохом к ним отношении. Он передал полное описание Малакки, подробно рассказав о ее великих богатствах, и поторопил Албукерки с нападением.
Когда письмо Арауйо доставили адмиралу, он только вернулся в Индию после разграбления Сиама и Бирмы. Узнав о том, как в Малакке обошлись с его людьми, он пришел в ярость и ускорил подготовку флота.
20 апреля 1511 года Албукерки отправился в плавание с восемнадцатью судами, восемью сотнями соратников и двумястами наемников. Прибыв в Малакку, он послал на берег эмиссара для встречи с султаном. Албукерки потребовал немедленного освобождения своих соотечественников, возвращения их собственности, а также платы за потерянное судно. Султан отказался выполнять какие-либо требования.
Несколько дней спустя Албукерки сжег, несколько торговых кораблей, стоявших в гавани, и пригрозил спалить множество других судов, если его люди не будут отпущены. Перспектива португальской атаки казалась весьма сомнительной, поскольку Малакка имела население более ста тысяч человек; тридцать тысяч из них были способны носить оружие. В то время как у португальцев всего было около тысячи бойцов. Несмотря на такой значительный перевес, Албукерки решил атаковать Малакку. Кровавая битва длилась двенадцать дней, и были убиты тысячи малайцев.
Албукерки дал своим солдатам три дня на разграбление города. Добыча, захваченная португальцами в Малакке, потрясает воображение: более шестидесяти тонн золота, трофеи в виде золоченой мебели, трона султана, слитков и монет из драгоценных металлов общей стоимостью 15 370 265 крон — и это только сокровища, захваченные во дворце султана. Такое же количество золота было украдено из домов и складов богатых купцов. Португальцы заполнили более двухсот больших сундуков бриллиантами, рубинами, изумрудами, сапфирами и другими драгоценными камнями общей стоимостью в тридцать миллионов крон. Еще два с половиной миллиона крон было получено за покрывала для слонов и коней, вышитые золотом, серебром и украшенные драгоценными камнями и жемчугом. Среди трофеев также имелось две тысячи бронзовых пушек и тысяча железных пушек. Сам Албукерки взял себе только позолоченную мебель из дворца султана и шесть бронзовых статуй, изображающих львов. Никогда завоеватель не получал таких богатых трофеев.
К концу декабря, довольный тем, как идут дела в новой колонии, Албукерке погрузил трофеи на четыре судна — «Тринидад», «Энхобрерас», безымянную китайскую джонку и свой «Флор де ла Мар», который и нес львиную долю сокровищ. Он пообещал оставшимся, что вскорости пришлет подкрепления и припасы.
Вопреки увещеваниям лоцманов, которые твердили, что наступает непогода и уже слишком поздно для безопасного возвращения в Португалию, четыре тяжело нагруженных судна Албукерки отправились в плавание. Через два дня после того, как они покинули Малакку, его маленький флот попал в жестокий шторм, и «Энхобрерас» и китайская джонка пошли ко дну, не оставив ни одного выжившего. Несколько часов спустя «Флор де ла Мар», с четырьмя сотнями душ на борту и с величайшими сокровищами, когда-либо находившимися на борту одного судна, напоролся на риф у северо-восточного окончания острова Суматра. «Тринидад», проходивший невдалеке, бросил якорь с целью оказания помощи, но волны были настолько сильные, что все шлюпки были разбиты в щепу. Тогда Албукерки приказал соорудить плот и прыгнул на него вместе с пятью другими судовыми офицерами, обещая остальным скоро вернуться с помощью.
Однако вместо того, чтобы вернуться на покалеченный корабль, Албукерки приказал капитану обрубить якорную цепь «Тринидада» и направиться к Индии. Через несколько часов «Флор де ла Мар» разломился и скрылся в пучине. Только три человека смогли выжить, доплыв до берега. По достижении Индии Албукерки написал королю: «Мы потеряли величайшее сокровище, какое я когда либо видел на земле».