Одержав победу, Габсбурги проводили режим жесточайшего террора. У большинства чешских дворян земли были конфискованы и переданы немецким феодалам. В городах господствующие позиции также перешли в руки немцев. Были ликвидированы все формы национального самоуправления. Карлов университет в Праге был передан в руки иезуитов. Началась насильственная католизация населения; чешские и протестантские книги изымались и сжигались на кострах (всего было сожжено свыше шестидесяти тысяч книг, цифра по тому времени огромная). Значительная, к тому же наиболее политически и культурно активная часть чехов была вынуждена эмигрировать. Так, ушел в изгнание один из крупнейших представителей чешского гуманизма Ян Амос Коменский. В довершение всех бед Чехия стала ареной военных действий во время Тридцатилетней войны. Всеобщее разорение, упадок торговли и ремесел, обнищание деревни, уменьшение населения (население Праги уменьшилось за полвека вдвое), засилье иноземцев — таковы итоги исторического развития Чехии к середине 17 века.
Однако строительство и в это время полностью прекращено не было. Старые замки перестраивались новыми иноземными хозяевами. В городах католическая церковь, в руки которой Габсбурги передали отнятые у чехов богатства и земли, воздвигала церкви, монастыри, епископские дворцы, семинарии. Новые магнаты, как, например, генералиссимус Габсбургов и полновластный хозяин Чехии — Валленштейн, экспроприировали, а затем сносили целые городские кварталы, воздвигая на их месте свои роскошные дворцы. В этих условиях зарождение и утверждение барокко в Чехии было тесно связано с утверждением религиозного господства католичества, диктатуры и произвола иноземцев. Мистическая, реакционно-феодальная сторона культуры барокко выступала в Чехии особенно наглядно.
Было бы все же неверно думать, что само появление барокко в Чехии носило внешний, неорганический характер. Новый период в истории Европы делал неизбежным переход художественной культуры к следующему после Ренессанса этапу своего развития. Появление барокко в Чехии было в целом закономерно и неизбежно. Конечно, особые исторические условия, при которых складывалось искусство новой эпохи в Чехии, сказались на своеобразии форм его сложения и развития.
Чехия оказалась в числе тех стран, в которых было невозможным образование четко выделенной и занявшей господствующее положение реалистической линии развития в искусстве (как, например, в буржуазной Голландии). В Чехии было исключено и появление той формы классицизма, которая связана с абсолютизмом, носящим хотя бы относительно прогрессивный характер. Однако и в данных условиях внутри архитектуры чешского барокко решались и не могли не решаться основные эстетические проблемы времени: более сложное понимание ансамбля, передача ощущения сложной динамической противоречивости развития мира, более последовательное насыщение языка искусства непосредственно эмоциональным содержанием.
Несмотря на клерикальную реакционную идеологическую программу, которой подчинялось в эти годы развитие культуры в Чехии, католической реакции не удавалось полностью подавить национальное самосознание и элементы светской и гуманистической культуры страны. В искусстве, в частности в живописи и скульптуре, появлялись реалистические черты, вступающие в противоречие с общей официальной линией барокко.
С середины 17 в. в Чехии начали устанавливаться более нормальные условия жизни. Восстанавливалась экономика, постепенно развивалась торговля. В деревнях или в подчиненных непосредственно крупным магнатам городках, не связанных ограничительными правилами цехов, и в меньшей мере в старых городах зарождалась капиталистическая мануфактура. Ее успехи стали особенно заметны в 18 веке. «Завоевательный», подчеркнуто агрессивный характер барочной культуры смягчался. С конца 17 в. стал складываться своеобразный вариант позднего чешского барокко, тесно связанный со сложившимся укладом жизни и быта страны. В живописи, и особенно в портрете, получили заметное развитие реалистические тенденции. Позднее барокко в Чехии, осложнившееся в 1730-х гг. воздействиями рокайльного искусства, определяло собой художественное лицо времени на протяжении большей части 18 века. Ранний классицизм 17 в. не получил в Чехии заметного развития; революционный буржуазный классицизм не возник потому, что в стране не было подлинно революционной ситуации, буржуазия не была готова пойти на союз с народом ради свержения феодализма. Вариант же «умеренного» классицизма, связанный с попытками «просвещенного» абсолютизма путем частичных реформ сохранить старый режим, не получил широкого развития в империи Габсбургов. Зарождающиеся здесь во второй половине 18 в. просветительские тенденции были связаны с национально настроенными горожанами и мелким дворянством, перекликались с ранними формами сентиментализма и пробуждающегося интереса к возрождению чешского языка и культуры.