Во Флоренции Рафаэль создал цикл «Мадонн», свидетельствующий о наступлении нового этапа в его творчестве. Принадлежащие к наиболее известным из них «Мадонна в зелени» (Вена, Музей), «Мадонна с щегленком» (Уффици) и «Мадонна-садовница» (Лувр) представляют собой своего рода варианты общего мотива — изображения молодой красивой матери с младенцем Христом и маленьким Иоанном Крестителем на фоне пейзажа. Это также варианты одной темы—темы материнской любви, светлой и безмятежной. Во всех трех картинах фигуры группируются в восходящую к Леонардо, пирамидальную композицию; плавность контуров и пластика объемов составляют основу их изобразительного языка. Мягкий лиризм этих образов усиливается уже испытанным у Рафаэля мотивом — развернутым пейзажным фоном. Лучшая из названных работ — венская «Мадонна в зелени», которая выделяется красотой идеального типа Марии, плавностью параболических контуров ее фигуры. Что касается «Мадонны с щегленком» и луврской «Садовницы», то в них появляется тот оттенок наивной сентиментальности и внешней красивости, который в последующие века привлек к Рафаэлю многих почитателей академического толка, но который отнюдь не является сильной стороной художника, в лучших своих произведениях свободного от этого недостатка. Нужно также сказать, что в овладении языком флорентийских живописцев Рафаэль иногда усваивал не только их достоинства, но и ограниченные стороны, и в частности характерное для многих из них отсутствие подлинного колористического видения. Разумеется, нет необходимости требовать от Рафаэля (как и от флорентийцев) преимущественного выделения цвета в качестве главного Элемента изобразительного языка — это оказалось бы в непримиримом противоречии с их изобразительной системой. Но нужно иметь при этом в виду, что Рафаэль обладал от природы колористическим даром, и если в венской «Мадонне» он дал пример умеренного, но тонкого использования колорита в рамках флорентийской образной системы, то в «Мадонне с щегленком» и «Мадонне-садовнице» появляется равнодушие к цвету, отрицательно сказывающееся на художественных достоинствах обеих картин.
Во Флоренции же Рафаэль продолжил свои поиски в области крупной торжественной алтарной композиции, используя достижения флорентийских мастеров. В этом отношении кроме Леонардо он был немалым обязан фра Бартоломео. Образцом произведений Рафаэля такого рода может служить монументальная «Мадонна с Иоанном Крестителем и св. Николаем» (так называемая «Мадонна Ансидеи», 1506—1507 гг.; Лондон, Национальная галлерея). Наконец, в «Положении во гроб» (1507; Рим, галлерея Боргезе), крупной многофигурной композиции, Рафаэль поставил перед собой более трудную задачу — сравниться с великими флорентийцами— Леонардо и Микеланджело — в глубоком драматическом истолковании темы. Отдельные драматические и пластические мотивы в этой картине непосредственно восходят к Микеланджело: голова и тело Христа — к его скульптурной группе «Пьета» (Рим), фигура женщины, поддерживающей упавшую в обморок Марию,— к его же «Мадонне Дони» (Уффици). Но «Положение во гроб» не стало подлинной удачей Рафаэля — его дарование пока что не созрело для решения столь сложного замысла.
В целом, однако, успехи Рафаэля во Флоренции были настолько значительными, что сделали его имя широко известным. В 1508 г. он благодаря протекции своего земляка, великого архитектора Браманте, был приглашен к папскому двору и выехал в Рим.
В то время папский престол занимал Юлий II, человек неукротимой энергии, вспыльчивый и своенравный. Приумножив с помощью военных захватов земельные владения Папской области, он внес свойственный ему размах и в художественную политику Рима. При нем в Рим были призваны лучшие мастера, и город начал украшаться монументальными памятниками зодчества, произведениями живописи и скульптуры. Браманте начал постройку собора св. Петра; Микеланджело, до того занятый работой над проектом гробницы Юлия II, приступил к росписи потолка Сикстинской капеллы. Вокруг папского двора группировались поэты и ученые-гуманисты. В этой атмосфере творческого созидания, в общении с выдающимися представителями культуры творчество Рафаэля вступило в фазу своего высочайшего подъема.
Рафаэлю были поручены росписи апартаментов папы — так называемых станц (то есть комнат), которые включают три помещения во втором этаже Ватиканского дворца и смежный с ними зал. Росписи станц выполнялись Рафаэлем совместно с учениками с 1509 по 1517 г. (роспись зала произведена после смерти мастера). Лучшие из ватиканских фресок Рафаэля принадлежат к величайшим созданиям ренессансного искусства. Они дают также возможность проследить основные закономерности эволюции творчества Рафаэля и искусства этого периода в целом.