Последующие деяния Кира включают в себя покорение в 539 году до н.э. Вавилона, расположенного около теперешнего Багдада (Ирак). Вавилонский текст, известный как «Хроники Набонида», гласит, что Вавилон сдался после жестокого разгрома Киром расположенного неподалеку городка Описа. Точно так же персидский источник, известный как «Цилиндр Кира», рассказывает, как вавилонский бог Мардук позволил Киру взять город мирно: «Без битвы и сражения Мардук позволил ему войти в Вавилон». Но Геродот утверждает другое. По его словам, персы отвели воду реки Евфрат, понизив уровень так, что могли пробраться по ее руслу прямо в город. Жители отмечали какой-то местный праздник и заметили врагов слишком поздно (Геродот 1.191). Полиэн тоже повторяет эту версию, возможно, взятую у Геродота (Полиэн 7.6.5), но пишет, что персы отвели воду Евфрата, чтобы лишить город питьевой воды (Полиэн 7.6.8). Хорошая история, но большинство ученых считают, что она не может соответствовать действительности. Пусть персы и могли понизить уровень воды в реке, чтобы сделать ее преодолимой для армии, но более вероятно, что древних писателей смутил более поздний проект соединить реки Тигр и Евфрат.
Дарий и Ионийское восстание
Вскоре после того, как в 522 году до н.э. Дарий взошел на трон, Вавилон опять восстал. Осаждая город девятнадцать месяцев, персы так ничего и не достигли, и тогда некто Зопир придумал отчаянный план. Сначала он изуродовал свое лицо, чтобы убедить вавилонян, что впал у Дария в немилость. Затем, одержав над персами пару подстроенных побед, о которых заранее договорился с Дарием, он вошел в доверие к вавилонянам и удостоился их восхищения как спаситель. Наконец, добившись хитростью поста начальника охраны, он открыл персам ворота (Геродот 3.151–159).
Несколько лет спустя персидский правитель Египта напал на город Барка в Ливии. Более девяти месяцев персы пытались прорыть подземный ход в город, но кузнец Барки придумал эффективное противодействие. Укладывая бронзовый щит в разных местах около ворот, он мог услышать, где идет подкоп, поскольку вибрации земли заставляли бронзу резонировать. После этого рылись встречные подземные ходы (Геродот 4.200). Этот способ стал таким распространенным, что его даже включили в сборник средств защиты для осажденных городов, написанный почти на 200 лет позднее (Эней Тактик 37.6–7). В конце концов, не в силах взять город военными средствами, персидский военачальник Амасис пошел на хитрость. Он пригласил баркейскую делегацию встретиться на ничейной территории, чтобы заключить соглашение. Баркейцы согласились платить дань персам, а Амасис в свою очередь пообещал, что он не причинит им вреда до тех пор, пока земля тверда под их ногами. Но баркейцы не подозревали, что стояли не на твердой земле, а на замаскированной яме, вырытой персами прошлой ночью. Таким образом, клятва была ложной, и когда ничего не подозревающие баркейцы открыли ворота персам, те захватили город. Его жителей обратили в рабство и отправили в Персию.