Затем появились новые оперы: "Электра", "Ариадна на Наксосе", "Женщина без тени", "Елена Египетская", "Арабелла" и др. В это же время были созданы сольные сочинения и камерные ансамбли.
Как большинство музыкантов, Штраус мало интересовался политикой. Тем не менее, в ноябре 1933 году указом Геббельса он был назначен главой Имперской палаты музыки. Хотя министр пропаганды не заручался согласием композитора, последний не стал противиться назначению. В этой должности Штраус сочинил гимн к Олимпийским играм в Берлине.
Штрауса обвиняют в том, что, несмотря на свою аполитичность, он согласился возглавить Имперскую музыкальную палату. Но, возможно, таким способом он пытался спасти Алису, жену своего сына, которая была еврейкой.
Президентом Имперской палаты Рихард Штраус пробыл недолго. Причиной его отстранения стал конфликт. Нацисты требовали убрать с афиш оперы "Молчаливая женщина" имя либреттиста — известного австрийского писателя Стефана Цвейга, еврея по происхождению. Хотя "Молчаливая женщина" очень понравилась фюреру, ее сняли после первой же постановки. Цвейг, которого Рихард Штраус считал своим другом, обвинил композитора в пособничестве нацистам. Штраус написал ему в ответ следующее: "Для меня народ существует лишь в тот момент, когда он становится публикой. Будь то китайцы, баварцы или новозеландцы — мне это безразлично, лишь бы платили за билеты. Кто Вам сказал, что я интересуюсь политикой? Потому что я президент Палаты музыки? Я принял этот пост для того, чтобы избежать худшего; и я бы принял его при любом режиме, но этого мне не предлагали ни Вильгельм II, ни господин Ратенау".
Письмо попало в руки гестаповцем, и Штраусу пришлось приносить извинения фюреру. Он оставил свой пост и отправил Цвейгу, перебравшемуся в Швейцарию, еще одно письмо, в котором просил своего друга написать для него новое либретто. Второе письмо снова перехватило гестапо. Последней каплей, лишившей Штрауса звания благонадежного музыканта, стало известие о том, что внуки композитора не были настоящими арийцами по вине их матери-еврейки. Узнавший об этом Мартин Борман запретил членам НСДАП общаться со Штраусом.
Критичное отношение композитора к правящей партии выразилось в написанной им в 1938 году одноактной опере "День мира", рассказывающей о временах Тридцатилетней войны. Это далеко не самое удачное произведение Штрауса можно считать пусть и завуалированной, но все же настоящей критикой нацизма. Нужно отдать дань смелости автору этого пацифистского гимна, появившегося в то время, когда вся страна активно готовилась к войне. Штраус намеревался поставить свою новую оперу на сцене, но война, начавшаяся в 1938 году, нарушила его планы.
В этом же году невестку Штрауса Алису поместили под домашний арест, и композитор использовал все свои связи для обеспечения ее безопасности. В 1942 году он увез родных в Австрию, надеясь на поддержку Бальдура фон Шираха, в то время занимавшего должность гауляйтера Вены. Но и Ширах не мог гарантировать полной безопасности Алисе и ее детям. Когда в 1944 году Штраус отлучился из Вены по делам, его сына с женой похитили гестаповцы. К счастью, композитор вовремя вмешался, и спустя два дня пленников отпустили. Штраус увез их в Гармиш-Партенкирхен, где они находились под домашним арестом до капитуляции Германии.
Есть предположения, что Штраус использовал свои связи не только для защиты родных. Однако документальных подтверждений тому, что композитору удалось спасти от смерти кого-то из коллег или друзей-евреев, не найдено. После войны его обвинили в сотрудничестве с нацистами, но приговор был оправдательным.
Самым удачным сочинением позднего Штрауса была опера "Арабелла", написанная еще в 1932 году. В 1948 году он написал " Четыре последние песни " для сопрано и оркестра — наиболее известные произведения последних лет его жизни. В Германии выросло новое поколение композиторов, в сравнении с творчеством которых музыка Рихарда Штрауса казалось устаревшей. Хотя слава его осталась в прошлом, он продолжал писать музыку практически до последних дней своей жизни.
В сентябре 1949 года в возрасте 85 лет Рихард Штраус скончался в Гармиш-Партенкирхене. На склоне лет Штраус говорил о себе: "Может быть, я не являюсь первосортным композитором, но я — первоклассный второсортный композитор!" Однако время все расставило по местам: музыка Штрауса остается востребованной и в наши дни. Начало знаменитой штраусовской симфонии "Так говорил Заратустра" звучит в передаче "Что? Где? Когда?", а Стэнли Кубрик использовал его в качестве саундтрека к своему фильму "Космическая одиссея 2001 года". В честь Арабеллы и Зербинетты, героинь опер Штрауса "Арабелла" и "Ариадна на Наксосе", названы астероиды.