Как неоднократно упоминалось на предыдущих страницах, Мухаммад проповедовал устно. Откровения, которые Аллах ниспосылал Своему Посланнику, записывали разные люди — личные писцы Пророка Зайд ибн Сабит и Убайй ибн Кааб, Абу Бакр и Али ибн Абу Талиб, наместник Басры и Куфы Абу Муса ал-Ашари, жены Мухаммада Аиша и Умм Салама и многие другие. Неизбежно накапливались разночтения, в текстах встречались прямые противоречия, поэтому Осман приказал составить единый список. В 651 году все имевшиеся на руках списки проповедей Мухаммада были собраны в Медине, сверены с записями Зайда ибн Сабита, на основе этой сверки составили канонический текст (653), а прочие сожгли, чтобы не возникало оснований для разночтений и споров. Халиф распорядился разослать копии этого списка во все области халифата. Так сложился тот Коран, который мы знаем сегодня.
Сожжение всех коранических списков, кроме мединского, вызвало недовольство части мусульман, считавших, что Осман совершил «самоуправство», недостойное преемника Пророка. Кроме того, халиф изменил молитвенный ритуал (прибавил к молитве третий призыв и предписал делать четыре, а не три земных поклона в долине Мина при свершении хаджа); часть общины расценила эти нововведения как возврат к джахилийе (языческому невежеству). Вдобавок Осман позволял себе назначать на важные посты родственников и производил щедрые выплаты приближенным из общей казны
Из числа ближайших сподвижников Мухаммада в эти дни в Медине находился только двоюродный брат Пророка Али ибн Абу Талиб; все прочие, включая и жену Мухаммада Аишу, пользовавшуюся в общине громадным влиянием, были в Мекке. На заседании шуры представители Египта и Ирана предложили избрать халифом именно Али, и совет согласился с этим предложением. Али был провозглашен халифом и правил с 656 по 661 год.
Избрание Али привело к серьезнейшему религиозно-политическому расколу. Те, кто поддерживал Али, утверждали, что халиф должен принадлежать к роду Пророка: Али как двоюродный брат Мухаммада (и вдобавок первый, после Хадиджи, мусульманин) целиком отвечал этому условию. По преданию, Абдаллах ибн Саба, принявший ислам еврей из Йемена, начитанный в Священном Писании, указывал, что у каждого из прежних пророков был помощник
Сразу после избрания Али сместил ставленников Османа с ключевых постов в халифате. Это еще больше обострило отношения нового халифа с родом Омейи. В Сирию, к Муавийи, начали стягиваться обиженные Али и их союзники.
Тем временем Талха и аз-Зубайр собрали своих сторонников и двинулись в Басру. Легенда гласит, что когда это войско, растянувшееся по дороге, увидел бывший наместник Куфы Сайд ибн ал-Ас, он воскликнул: «Куда вы идете? Взгляните через плечо — мщение сидит позади вас, на спинах ваших верблюдов!»
На исходе 656 года Али разгромил войско Талхи и аз-Зу-байра в «Битве верблюда» (название связано с тем, что Аиша, союзница мухаджиров, всюду появлялась верхом на верблюде). Оба мухаджира погибли, Аишу захватили в плен; остаток жизни она провела в затворничестве, собирая рассказы о жизни Мухаммада.
После этой победы Али перенес свой двор из Медины в Куфу и стал готовиться к походу против Муавийи.
Летом 657 года Али с войском двинулся в Сирию. Муавийя, к которому примкнул смещенный халифом наместник Египта Амр ибн ал-Ас, встретил халифа у Сиффина — местечка на южном берегу Евфрата, между излучиной реки и городом Ракка.
Битва продолжалась три дня. Муавийя неоднократно собирался отступить, но всякий раз Амр ибн ал-Ас удерживал его. На третий день Али, на стороне которого сражались семьдесят участников битвы при Бадре, перешел в решительную атаку, но Амр ибн ал-Ас применил хитрость: зная набожность халифа, он приказал своим воинам прикрепить к копьям свитки Корана и призвал Аллаха в знак того, что готов на справедливый суд. Халиф остановил сражение и согласился на переговоры.