В 2008 году была организована летняя поездка миссионерской группы в Республику Киргизия, в которой о. Даниил принял активное участие: провел несколько бесед как в местных православных приходах, так и с местными жителями, и совершил несколько крещений местных жителей. Часть миссионерской группы совершила поездку в мусульманский регион — в районе города Ош. Уже в 2009 году состоялась новая поездка миссионерской группы в город Заинск — административный центр Заинского района Татарстана. В том же году Даниил Сысоев многократно сообщал о неоднократных угрозах в его адрес за его высказывания об исламе.
Утром о. Даниил служил литургию в храме апостола Фомы на Кантемировской, причастился. Затем крестил младенца и присоединил к Православной Церкви человека, отступившего от православной веры в оккультизм. Через несколько часов о. Даниил начал вести библейские беседы, после которых беседовал допоздна со всеми желающими. Когда в храме почти никого не осталось, пошел исповедовать свое духовное чадо. В это время ворвался убийца, одетый в маску, который стал стрелять и кричать: «Где Сысоев?». Отец Даниил бесстрашно вышел из алтаря ему навстречу и был смертельно ранен. Через несколько часов, не приходя в сознание, о. Даниил скончался. Священнику Даниилу Сысоеву было 35 лет, остались без отца трое дочерей.
Отец Даниил неоднократно говорил о том, что получал угрозы со стороны мусульман. Однако проповедь Христа для него была важнее всего. Он был убит во время исполнения священнического служения, отойдя от исповеди, в епитрахили и с крестом.
В ночь на пятницу 20 ноября 2009 года в осиротевшем храме прошла панихида, на которой присутствовали друзья и родные Даниила Сысоева, миссионерская школа, а также местные жители.
В понедельник Москва простилась с новопреставленным о. Даниилом. Отпевание прошло в храме Петра и Павла в Ясеневе, где служил отец погибшего. Возглавил службу архиепископ Арсений (Епифанов). Проститься со священником пришли сотни православных.
В самом храме собрались около ста священнослужителей из московского духовенства. Все в белых одеждах, с зажженными свечами в руках. Среди белых ряс выделялись лишь родственники погибшего, одетые в траур. По окончании отпевания Патриарх Кирилл совершил у гроба почившего заупокойную литию и сказал Первосвятительское Слово. После трех часов молитв траурная процессия двинулась в сторону Кунцевского кладбища.
Отец Даниил похоронен на территории храма Спаса Нерукотворного Образа на Сетуни на Кунцевском кладбище в Москве. Сороковой день со дня смерти иерея Даниила Сысоева пришелся на его именины — день памяти пророка Даниила 30 (17 по ст. ст.) декабря.
Даниил Сысоев помогал людям открыть и понять Истину. Его мечтой была проповедь Христа среди всех народов мира. О. Даниил выступал как миссионер и проповедник среди иноверцев. Сам батюшка в интервью говорил: «В нашем храме мы покрестили более 80 мусульман. Среди них татары, узбеки, чеченцы и дагестанцы». Он открывал путь нравственного и духовного совершенствования в условиях современной жизни и призывал придерживаться апостольского принципа: «Если возможно с вашей стороны, будьте в мире со всеми людьми» (Рим 12, 18).
Отец Даниил знал и любил Бога, любил всем сердцем, всею своею душою, и любовь его была истинной, жертвенной. Он был приверженцем уранополитизма (этот термин ввел о. Даниил). Уранополитизм (от греч. Uranos — небо, polis — город) — учение, утверждающее главенство Божественных законов над земными. Приверженцы уранополитизма утверждают, что главным родством является родство не по крови или стране происхождения, а родство во Христе, и что в смертном мире христиане — странники и пришельцы, а их родина на небе.
Отец Даниил принял мученическую смерть за Христа. Для каждого православного христианина неотъемлемой частью духовной жизни является жизнь во Христе. И это благое дело имеет в лице о. Даниила помощника и молитвенника. Ведь для православных он жив и молится за всех заблудших.
Первосвятительское слово Патриарха Московского и всея Руси Кирилла после отпевания иерея Даниила Сысоева