Повстанческое движение на Западном Кавказе, как на побережье, так и в горной части, продолжается и после Крымской войны и пленения имама Шамиля в 1859 г. Например, в 1861 г. царское командование принимает карательные меры против горцев в верховьях р. Бзыбь (аул Псху). Наместник Кавказа великий кн. Михаил в письме «О необходимости упразднения Абхазского княжества и заселения его казаками» свидетельствует о сопротивлении народных масс захватчикам: «В экспедицию, предпринятую в 1861 году в общество Псху, колонна наша имела против себя втрое больше абхазцев, чем горцев (
Вскоре, в мае 1864 г., Россия одерживает полную победу над горцами и завершает Кавказскую войну победным парадом своих войск в урочище Губаадвы (Красная поляна). Уже в июне 1864 г. самодержавие упраздняет Абхазское княжество и вводит временное, т. н. «военно-народное управление», Абхазия переименовывается в Сухумский военный отдел. Горцы оказались в тяжелейшем положении, царские власти с целью колонизации Причерноморья требовали от них покинуть родные земли. Началась очередная волна хиджры абхазов, убыхов и адыгов. Полностью выселились, в Турцию убыхи (до 45 тыс. чел.); абхазы были выселены в количестве до 74 тыс., включая джигетов (20 тыс.). Одно только общество Псху в верховьях р. Бзыбь покинуло в 1864 г. до 5 тыс. человек.
Со второй половины 50-х годов XIX в., после высадки армии Омара-паши царская администрация увидела в лице абхазов- мусульман союзников Османского султана и слабеющих сил восставших убыхов и джигетов. Это приводит к усилению активности государства и церкви в распространении православия среди населения. Однако в то же время мусульмане получают неожиданных тайных покровителей в лице владетеля и части его окружения, именно в этот период, до ликвидации Абхазского княжества, усиливаются позиции ислама. Этот вопрос требует отдельного рассмотрения.
Михаил (Хамудбей) Чачба — Последний владетель Абхазии