После этого, в 705/1309 году, Ибн Теймия переехал в Египет. Там он еще более развил свое учение. Спустя некоторое время ему довелось участвовать в одном собрании, где присутствовали высокопоставленные люди. Он хотел выступить перед ними, но, зная силу его аргументации и большие познания, его противники не дали ему возможности говорить и сразу же перешли к обвинениям в его адрес. Маликитский кади Зайн ад-Дин ибн Махлуф приговорил Ибн Теймию к тюремному заключению. Этот кади и раньше выносил необъективные и поспешные приговоры в отношении других лиц. Ибн Теймия пытался опротестовать это решение, так как кади действительно не имел для этого никаких оснований. Но он ничего не добился и в 705/1309 году был брошен в темницу, где подвергался пыткам и унижениям. В это же время в Египте начались преследования ханбалитов.
В 707/1311 году Ибн Теймия был освобожден и продолжил преподавательскую деятельность. Постепенно он обрел большую популярность. Причем, он наладил хорошие отношения с кадиями и вообще всеми суннитами из других мазхабов.
Но, в этом же году, он снова подвергся преследованиям властей, которые были устроены суфиями, которые в то время усилились в Египте. Некоторые из них были носителями идей, которые вступали в противоречие с положениями ортодоксального Ислама. Ибн Теймия вступил в борьбу с ними. После многочисленных диспутов этот конфликт дошел до властей, которые предложили ему либо уехать в Александрию, либо в Дамаск. Но, в этом случае, ему запретили бы защищать свои убеждения. Это было невозможным для такого человека как Ибн Теймия. Он отказался уезжать и предпочел ссылке арест. Однако его ученики отговорили его от этого шага и уговорили уехать в Дамаск.
В 707/1311 году, Ибн Теймия выехал в путь. Однако в этот момент власти поменяли решение и снова арестовали его. На суде многие суннитские кадии выступили в его защиту, подтвердили его невиновность и приверженность ортодоксальным воззрениям. Но, тем не менее, Ибн Теймия провел некоторое время в темнице. Правда, ему создали там хорошие условия. Там его навещали ученики.
В темнице Ибн Теймия пробыл недолго и, в скором времени, он был освобожден. После освобождения, он снова продолжил преподавательскую деятельность в медресе Салихия, где на его лекции приходило много народа.
Положение Ибн Теймии осложнилось после прихода к власти в Египте мамлюкского султана аль-Малика аль-Музаффара, который придерживался суфийских воззрений. Он решил выслать его из Каира в Александрию. Там у Ибн Теймии не было сторонников и его можно было легко нейтрализовать. Ссылка продолжалась 7 месяцев, вплоть до повторного пришествия к власти султана Насир ад-Дина. В течение этого периода, Ибн Теймия обрел большую популярность в этом городе и вступил в ожесточенную борьбу с здешними суфиями, которых он обвинял в нововведениях, и отходе от традиции пророка и ранних сподвижников.
В 709/1313 году султан Насир ад-Дин снова пригласил Ибн Теймию в Каир, где он продолжил свою научную деятельность. Султан очень уважал его, и даже попросил Ибн Теймию дать фетву для того, чтобы он наказал его гонителей. Но Ибн Теймия проявил свое благородство и объявил султану, что он прощает их всех, даже кади Ибн Махлуфа, из-за которого он провел долгое время в темнице.
Противники Ибн Теймии испугались открыто выступать против него, так как его поддерживал сам султан. Поэтому, они решили настроить против него народ. Было организовано даже несколько нападений на него. Но эти попытки потерпели неудачу, так как Ибн Теймия обладал такими глубочайшими познаниями, что ему не представляло труда последовательно и очень убедительно отстаивать свои убеждения. Это позволило ему обрести еще большую популярность.
В 712/1316 году султан Насир ад-Дин собрал большую армию и выступил против монголов в направлении Сирии. Ибн Теймия принял решение участвовать в этом походе. В 713/1317 году армия подошла к позициям монголов, однако те не решились вступить в сражение, и отошли.
Приехав в Дамаск, Ибн Теймия остался там. Здесь он продолжал свою преподавательскую деятельность, занимался исследованиями в области мусульманского права и издавал фетвы. Эти фетвы могли совпадать с предписаниями четырех суннитских мазхабов, а могли и отличаться от них. Ибн Теймия, которого за свои глубочайшие познания именовали шейх уль-исламом, был в достаточной степени компетентен, чтобы проводить собственный иджтихад. В любом случае, его убеждения и правовые методы соответствовали Корану, Сунне, высказываниям сподвижников пророка и табиунов.