После убийства третьего халифа сподвижники Пророка Мухаммаада (с.а.с.) выбрали новым халифом Али ибн Абу Талиба (да будет доволен им Аллах). Вскоре после этого Али уволил ряд наместников, некоторые из них были родственниками Усмана (да будет доволен им Аллах), и заменил их своими доверенными лицами. При Али столица Халифата была перенесена из Медины в Куфу.
После убийства Усмана часть населения Халифата во главе с аз-Зубайром, Тальхой и Аишей выступила с требованием наказать преступников. Собранная восставшими армия вошла в Басру и казнила около сотни подозреваемых в причастности к этому убийству. В Басру для ведения переговоров с восставшими прибыл халиф Али со своим войском и присягнувшими ему убийцами Усмана (да будет доволен им Аллах). Согласно суннитским источникам, виновные в смерти Усмана инициировали боевые действия, боясь, что переговоры между Али и восставшими закончатся их преследованием и казнью. Сражение между Али и восставшими является первой битвой между мусульманами и известно как «Битва верблюда». Халиф Али (да будет доволен им Аллах) одержал победу, Талха и аз-Зубайр были убиты в бою, а жена Пророка Мухаммада (с.а.с.) Аиша (да будет доволен им Аллах) была отправлена в Медину в сопровождении Хасана ибн Али.
После этого наместник халифа в Сирии Муавия, который был родственником Усмана, отказался присягнуть халифу до тех пор, пока убийцы Усмана не будут наказаны. Между Али и Муавией произошла битва в Сиффине, закончившаяся третейским судом и исходом части недовольных (хариджиты). В результате Али потерял контроль над большей частью территории Халифата.
В 661 году Али (да будет доволен им Аллах) был убит хариджитом Ибн Мулджамом. Хариджиты надеялись убить «виновников» раскола мусульманской общины – Али, Муавию и Амр ибн аль-Аса, однако убить Амра и Муавию им не удалось. У Али от дочери пророка Фатимы остались двое сыновей – Хасан и Хусейн. Согласно одному хадису, пророк сказал, что «аль-Хасан и аль-Хусейн являются господами юношей рая». Это утверждение является очень важным для мусульман-шиитов, поскольку служит для них одним из основных обоснований прав потомков пророка на имамат [77].
Хасан ибн Али (да будет доволен им Аллах) договорился с Муавией о том, чтобы после смерти второго власть в Халифате перешла к Хасану, однако Муавия завещал трон своему сыну Язиду и основал династию правителей. Создание в 661 году Омейядского халифата положило конец халифату праведных халифов.
В 30-х годах VII века халифат нанес своим главным противникам, Византии и персидскому государству Сасанидов, сокрушительное поражение. В 639 году начался поход арабов в Египет, завершившийся полным его завоеванием. После убийства двоюродного брата и зятя Мухаммада (с.а.с.) халифа Али в 661 году трон халифата заняла династия Омейядов, и столица халифата была перенесена в Дамаск.
Договор между Хасаном и Муавией был решительно отвергнут Хусейном. Он отказался присягать Муавии, но тот, по совету Хасана, не стал его принуждать [18]. После смерти Муавии власть перешла к его сыну Язиду I, которому Хусейн также отказался присягнуть. Куфийцы немедленно принесли присягу Хусейну в верности и призвали его к себе. В окружении своих родственников и ближайших людей Хусейн двинулся из Мекки в Куфу. В пути ему пришло известие, что выступление в Ираке подавлено, но тем не менее Хусейн продолжил свой путь. В октябре 680 года в местечке Найнава отряд Хусейна численностью 72 человека столкнулся с 40-тысячной армией халифа. В упорном сражении они были перебиты (многие из убитых были членами семьи Пророка Мухаммада (с.а.с.)), в том числе и сам Хусейн, остальные взяты в плен. Гибель Хусейна способствовала религиозному и политическому объединению приверженцев рода Али, а сам он стал не только символом шиитского движения, но и значительнейшей фигурой всего мусульманского мира [38].