Сохранился рассказ Ли в его «Инквизиции в испанских владениях» о том, как фламандский художник Перейнс в разговоре с коллегой заявил, что блуд — это не грех. Тот стал спорить, но художник настаивал на своем мнении. Однако позднее, поразмыслив над случившимся, Перейнс решил сам сообщить о своих высказываниях в трибунал и покаяться, рассудив, что будет лучше, если это сделает он, а не кто-то еще. Это мнение не было тогда редкостью в Испании, и инквизиция старалась поправить такое положение. В 1559 г. в Севилье состоялось аутодафе, на котором предстали двенадцать человек, делавших подобные заявления. Одних просто наказали бичеванием, других бичевали публично, проведя по улицам обнаженными до пояса. В 1562 г. было еще двадцать пять подобных случаев. Часть виновных наказали бичеванием, других же — крупными штрафами. Большинству из них закрыли рты кляпами, видимо в знак того, что им следовало держать язык за зубами.
Очевидно, художник Перейнс считал, что отделается выговором, но ошибся. Его посадили в тюрьму, а когда вызвали для допроса коллегу, на которого Перейнс ссылался, тот еще вспомнил, что Перейнс-де заявлял, будто писать портреты выгоднее и интереснее, чем писать иконы. Такое утверждение сочли отчасти еретическим и подвергли обвиняемого пытке на дыбе и пытке водой. Он и после этого не признал себя еретиком, однако не был просто освобожден. Перейнсу было приказано оплатить издержки, связанные со следствием, и написать для церковного алтаря икону Милосердной Мадонны.
В то время в Мексике судебные дела решали не чиновники Святой палаты, а просто представители церковных судов, которые во всех серьезных случаях обращались за инструкциями в испанскую инквизицию. В начале 1569 г. было решено создать автономную инквизицию непосредственно в испанских колониях, и через год, после обычных проволочек,
Первое аутодафе состоялось в Мексике 28 февраля 1574 г. и было обставлено с такой же мрачной торжественностью, как и в больших испанских городах. Жертвами здесь стали около 80 человек, 36 из которых были протестантами, преимущественно английскими моряками. Контрерас еще в 1573 г. ушел в отставку, так как обещание о предоставлении ему сана архиепископа было выполнено. Его преемником стал Бонилья, который также потом стал архиепископом, а Контрерас вернулся в Испанию. Следующим главой инквизиции стал Гранеро де Авалос. С его деятельностью связан характерный эпизод, показывающий, в каком страхе должна была держать людей инквизиция. Этот Гранеро имел обыкновение произвольно штрафовать людей для оплаты своих расходов. Нотариус инквизиции написал стихи об этой привычке Великого инквизитора, но они попали в его руки. Нотариус был арестован и подвергнут пытке на дыбе. После этого его приговорили к тремстам ударам плетью и шести годам каторги на галерах.
Одним из самых жестоких инквизиторов считается Алонсо де Перальта, возглавивший это ведомство с 1594 г. При нем аутодафе участились, и чаще стали приговаривать людей к сожжению на костре. По свидетельству историка Ли, одна из жертв, Луис Карвахал, даже не мог смотреть в лицо Перальте, так как ему становилось страшно при одном взгляде на это лицо. Его вина состояла в том, что он не осудил своих сестер, виновных в ереси. За это он был уволен со своей должности, подвергнут пытке и затем сожжен в 1596 г.
Чтобы понять, как работала инквизиция в Мексике, лучше всего рассмотреть рассказы о некоторых делах. Одно из самых интересных — дело ирландца Вильяма Лампорта (Ломбардо де Гусмана). В то время королем был Филипп IV, а Лампорт объявил, что он сам является незаконным сыном Филиппа III и единокровным братом царствующего короля. Рассказывают, что он планировал организовать мятеж с целью отделения Мексики от Испании, а в этом случае ее правителем стал бы он сам, как незаконный сын короля. Инквизиция арестовала его не по этому обвинению, а за то, что он, готовя свой преступный клан, советовался с колдунами и астрологами, что было преступлением против церкви.