Все эти превратности Изабелла переносила со спокойным достоинством, и это производило хорошее впечатление на окружающих. Люди стали надеяться, что при этой королеве они избавятся от анархии, терзающей страну, и в ней восстановятся мир и благочестие. Молодожены жили первоначально в бедности, пользуясь материальной поддержкой друзей (которые, очевидно, видели в этом определенный залог на будущее). Следующие пять лет в Кастилии по-прежнему царила анархия. Грабежи и убийства повсеместно стали обычным делом, в то время как двор жил в роскоши и распутстве.
Изабелла же вела благочестивую жизнь и терпеливо ждала своего часа.
В декабре 1473 г. состоялось примирение между нею и братом, причем Генрих дал несколько пиров в ее честь. К сожалению, после праздников он вдруг заболел, и враги Изабеллы распространили слухи, будто она пыталась отравить его. Генрих решил, что примирения с сестрой не произошло и лучше сделать ее своей пленницей. Но из этого ничего не вышло. В следующем году скончался маркиз Вилленский, и Изабелла надеялась, что без его дурного влияния на брата между ними снова восстановится мир. Однако Генрих, страдавший неизлечимой болезнью, сам скончался в конце 1474 г. Государство было очень ослаблено гражданскими войнами и фактическим безвластием, казна опустела. Оставались две претендентки на трон — предполагаемая дочь Генриха и Изабелла.
Казалось, ужасные междоусобные войны, опустошавшие страну, будут продолжаться и при новом царствовании.
После кончины брата Изабелла стала королевой Кастилии. Фердинанд, находившийся тогда в Арагоне, быстро вернулся к жене. При обсуждении вопросов управления Фердинанд заявил, что первенство в управлении страной должно принадлежать ему. Изабелла, рассудительная и миролюбивая, тем не менее готова была отстаивать свои законные права. После долгих рассуждений и споров их сторонники решили, что, поскольку Изабелла является законной королевой Кастилии, Фердинанд не имеет верховенства над Изабеллой.
Как рассказывают хронисты, Фердинанд был задет и заявил, что вернется в Арагон, поскольку в Кастилии в нем не очень нуждаются. Изабелла, однако, сумела его урезонить, доказав, что в такое ненадежное для них обоих время не стоит обижаться друг на друга. Они — супруги, чьи интересы совпадают, к тому же им надо подумать о дочери (в то время у них был ребенок — дочь Изабелла, родившаяся в 1470 г.). Судя по всему, этот урок благоразумия не пропал даром для Фердинанда. В дальнейшем супруги всегда сотрудничали на равных и сами подчеркивали свою равную власть.
Времени для обид и претензий не было, тем более что сторонники Бельтранеи объединились и провозгласили ее единственной законной государыней. Во главе их стоял сын старого врага Изабеллы — маркиз Вилленский-младший. К тому же прежний друг Изабеллы, архиепископ Толедский, переметнулся теперь к ее врагам, недовольный тем, что, по его мнению, не получил достаточной власти и влияния.
Но самым серьезным противником был Альфонс V Португальский. Он также хотел завладеть Кастилией, а кроме того, был оскорблен тем, что Изабелла отвергла его предложение и стала женой Фердинанда. Он планировал завоевать Кастилию и, чтобы успокоить население, жениться на дочери Генриха. Правда, дело осложнялось тем, что девочке было всего тринадцать лет и к тому же она являлась племянницей самого Альфонса. Но он надеялся, что папа даст разрешение на этот брак такому влиятельному монарху, как он, Альфонс.
В мае 1475 г. король вторгся в Кастилию, поддержанный маркизом Вилленским-младшим. Альфонс был помолвлен с Хуаной, а к папе отправили гонца за разрешением. Его и его невесту провозгласили законными государями Кастилии. Началась война, продолжавшаяся четыре года, в которой Фердинанд и Изабелла одержали полную победу.
Потерпевший унизительное поражение Альфонс заявил, что хочет стать паломником, и отрекся от трона в пользу сына. Однако приближенные отговорили его от этого и убедили вернуться в Португалию, что Альфонс и сделал еще до коронации сына, сохранив власть. Однако он тут же снова решил начать войну с Изабеллой. Но донна Беатрис, тетка Изабеллы
Хуана, сомневавшаяся в том, вступит ли она когда-нибудь в брак с малолетним женихом, предпочла уйти в монастырь. Альфонс заявил, что он тоже намерен уйти в монастырь, поскольку также устал от мирских дел, но он скончался прежде, чем успел исполнить свое намерение.
Тогда же скончался и отец Фердинанда, и тот стал королем Арагона.