Еретики и отступники, арестованные по поступившим на них доносам, могли, по их просьбе, получить возможность примирения с церковью в случае искреннего раскаяния, т. е. если они давали показания против знакомых. Однако, если обнаруживалось, что их раскаяние не было искренним, они передавались светской власти для казни.
Если ересь или отступничество считались не вполне доказанными, инквизиторам разрешалось подвергать арестованных пыткам. Если после этого еретик каялся в грехе, ему следовало повторять покаяние в течение трех следующих дней.
Обнародование имен свидетелей не разрешалось, так как были случаи, когда свидетелей убивали или ранили еретики. Подозреваемым разрешалось привлекать адвокатов, однако последние должны были поклясться, что, когда они сочтут арестованного виновным, то устранятся от ведения дела. Если подозреваемый в ереси, узнав о готовящемся аресте, бежал, то на всех дверях церквей в районе следовало вывесить указ о том, что он должен предстать перед инквизицией в течение месяца. Если он не делал этого, его вина считалась доказанной.
Если считалось доказанным обвинение в ереси относительно усопших, их тела эксгумировались и предавались огню, а имущество подлежало конфискаций. Члены семьи обвиненного могли попытаться защитить его, но, если им не удавалось это сделать, они подлежали тем же наказаниям, что и дети еретиков.
Инквизиторы имели право проникать во владения феодальных сеньоров и вершить там те же действия, что и на королевских землях. Если сеньоры препятствовали инквизиции, они сами считались пособниками еретиков.
Несовершеннолетние дети осужденных еретиков должны были передаваться инквизиции для получения настоящего католического воспитания за счет королевских средств на помощь бедным.
Девочки должны были получать небольшое приданое, чтобы они могли выйти замуж, они могли также уйти в монастырь.
Имущество раскаявшихся еретиков подлежало конфискации, но все, что они нажили после покаяния, сохранялось за ними.
Рабы еретиков получали свободу (не было ли это приглашением рабам доносить на хозяев?). Даже если раскаявшийся еретик получал право сохранить свое достояние, он не имел права владеть рабами.
Никто из инквизиторов не имел права получать подарки от подозреваемых. Виновные подлежали отлучению от церкви и должны были заплатить штраф в двойном размере от стоимости подарков. Все разногласия между инквизиторами должен был разбирать и разрешать Торквемада. Если инквизитор совершал мелкие проступки, он подлежал мягкому наказанию, о серьезных проступках следовало сообщить Торквемаде, чтобы виновный был отстранен и заменен другим инквизитором. В случаях, не предусмотренных «Указаниями», инквизиторы должны были сами решать, как поступить, в соответствии с благом церкви и во славу Господа.
Такова суть «Указаний» Торквемады, которые он в дальнейшем изменял и совершенствовал и которые легли в основу правил для инквизиции на последующий период.
Суровый и аскетичный, жаждущий лепить людей по своему образу, Торквемада пожелал, чтобы методы инквизиции использовались не только против еретиков и отступников.
Двоеженство теперь подлежало суду инквизиции, поскольку брак — священный институт, и оскверняющий его нарушает законы Божьи. Подлежала суду инквизиции также и содомия, и виновных ожидала сожжение на костре. Все это еще усилило страх перед инквизицией.
Видя такие жестокие наказания за аморальное поведение, люди шептались о поведении некоторых священников. Торквемада знал об этих слухах, и они доставляли ему немало огорчений. Он знал, что репутация духовенства вовсе не так чиста, как следовало бы. Ему хотелось бы выступить в роли небесного посланца, карающего всех, кто позорил Святую церковь. Среди проступков духовенства был один особенно одиозный. Не так уж редко священники, исповедовавшие молодых, привлекательных женщин, пытались совратить их, так как тогда священник и кающийся были наедине и не были разделены, как позднее, начиная примерно с XVII в.
Торквемаде было нелегко обличать подобные пороки не только потому, что их гласное обличение было большим позором для церкви, но и потому, что правила и предписания для духовенства поступали из Рима. Сам же папа Иннокентий VIII не стремился обуздывать плотские вожделения. В Ватикане у него были дети, которыми он гордился и осыпал их почестями. При таком поведении папы было бы циничным лицемерием судить строго какого-нибудь простого священника, согрешившего с молодой прихожанкой.