Давила понял, что между Торквемадой и Александром есть разногласия, и воззвал к Александру. Папа Александр напомнил Торквемаде, что, желая назначить наказание прелатам, он должен просить разрешения у высшего руководства церкви.
Давила уехал в Рим, где был одарен расположением папы; его дело разбиралось при папском дворе, обвинение было признано недействительным, и Александр дал епископу пост в свите своего племянника, кардинала Борджиа из Монреаля, который в тот момент уехал в Неаполь на коронацию Альфонсо II.
Это была пощечина Торквемаде; но он предъявил обвинение другому епископу, и в этом случае имел больший успех. На этот раз жертвой был Педро де Аранда, епископ Калахоррский. Обвинение против него состояло в том, что его отец, новообращенный христианин, совершил грех возвращения к религии мусульман. Аранда, как и Давила, поехал в Рим, где был принят Александром, встретившим его с радушием. Папа умел казаться очаровательным. Педро де Аранда признали невиновным и отнеслись к нему со всей благосклонностью. Не было сомнения в том, что Торквемада получит вторую пощечину.
Но Торквемада обладал большим могуществом и не собирался во второй раз кротко терпеть поражение. На этот раз он обвинил самого Аранду в исповедовании иудаизма и подобрал доказательства, а двор понтифика не смог доказать невиновность епископа. В результате Аранда был лишен милости, и его заключили в тюрьму в Сент-Анжело. Он там умер через несколько лет заточения.
Но эти два епископа во время пребывания в Риме много жаловались Александру на Торквемаду, и папа решил, что Торквемада больше не должен занимать пост Великого инквизитора в Испании. Для Александра было характерно, что, задумав лишить Торквемаду должности, он создавал иллюзию, что питает к нему большую дружбу. Он решил найти самые очевидные основания для отставки Великого инквизитора.
Он сказал, что Торквемада старый человек (Александру было шестьдесят, но он прекрасно выглядел) и его обязанности слишком тяжелы для него. Александр сказал, что ценит заслуги Томаса де Торквемады, который долго трудился во славу церкви, но считает, что ему следует дать четверых помощников, которые взяли бы на себя самые обременительные из его обязанностей, чтобы теперь, на склоне лет, он мог жить без тревог и волнений.
Коварный Александр вовсе не хотел назначить подчиненных Торквемаде; их могущество не уступало могуществу Великого инквизитора; то, что он представил их как «помощников», было не просто примером его дипломатического такта, а скрытым намерением отстранить от власти.
Двое из четверых «помощников», назначенные Александром (Мартин Понсе де Лион, архиепископ Мессинский, и дон Франсиско Санчес де ла Фуэнте, епископ Авильский), приняли правление наравне с Торквемадой, и, таким образом, вместо одного главы инквизиции теперь действовали трое; кроме того, Александр немедленно поручил епископу Авильскому передавать ему сведения об инквизиции.
Это было большим ударом по самолюбию Торквемады, и нет сомнения в том, что, будь он в лучшей форме, он бы стал серьезным противником Рима. Но хотя Александру и удалось лишить Торквемаду титула Великого инквизитора таким учтивым способом, он был далек от сферы деятельности Торквемады и не понимал, каково могущество приора в Святой церкви, правящей суверенами и испанским народом.
Торквемада сделал инквизицию такой, какой она стала; никто, даже очень могущественный, не мог его сместить.
Новые инквизиторы, уверенные в своих силах, создали свои правила, согласно которым они сами контролировали передачу конфискованного имущества, тогда как прежде оно передавалось в королевскую казну.
Эти правила конечно же разгневали Фердинанда, поскольку теперь его казна лишалась поступлений от инквизиции.
Однажды он пожаловался Александру, и папа, стремившийся сохранить мирные отношения с испанскими монархами, тут же дал инквизиторам указание прекратить новую практику. Торквемада был более страшным и грозным ревнителем веры, чем Александр. Но к 1496 г. его здоровье стало таким слабым, что он больше не мог оставаться у власти. Основным его заболеванием была подагра — главным образом из-за обеспеченной жизни, так как этому аскетичному по натуре человеку причиняла страдания излишняя тучность тела, и он вернулся в монастырь, построенный в Авиле.
Торквемада был оскорблен, что его отстранили от власти, но его не забывала Изабелла, всегда испытывавшая к нему признательность и уважение, и она посещала его в монастыре вместе с Фердинандом, не сомневаясь в том, что все, что он сделал, было правильным, поэтому лукавые происки папы против Торквемады были безуспешны.