Массовые репрессии нанесли серьезный ущерб обществу, ослабили обороноспособность страны. Однако и в этих условиях советской разведке, в том числе разведчикам Украины, удалось добыть упреждающую информацию и проинформировать руководство страны о подготовке и сроках нападения Германии на Советский Союз.
Начавшаяся война, первые удары которой пришлись по Украине, потребовала от органов госбезопасности республики в сжатые сроки кардинально перестроить работу Большое внимание было уделено организации партизанского движения, разведывательно-диверсионной деятельности в тылу противника. За достигнутые результаты в работе многие чекисты-руководители и участники оперативных групп и специальных отрядов, зафронтовые разведчики были удостоены высоких государственных наград Родины, в том числе звания Героя Советского Союза.
Поворотным этапом в истории советских органов госбезопасности стал июльский Пленум ЦК КПСС 1953 года, положивший начало ликвидации практики использования их в качестве инструмента карательной политики. Были отменены антиконституционные акты, наделявшие органы госбезопасности судебными полномочиями, введен надзор прокуратуры за следствием в органах госбезопасности. Вопросы обеспечения государственной безопасности стали решаться коллегиально — Коллегией КГБ. С 1958 г. функционально разграничена уголовно-процессуальная и оперативная деятельность, восстановлено принципиальное положение о том, что в основе деятельности органов госбезопасности должны лежать предупреждение и пресечение преступлений, а расследование уголовных дел — компетенция органов следствия.
С 1956 года начался процесс пересмотра дел и реабилитации лиц, необоснованно репрессированных в период культа личности.
Со второй половины 60-х годов начался качественно новый этап развития и укрепления органов госбезопасности, характеризовавшийся улучшением системы подготовки и повышения квалификации кадров, управления, приоритетом предупредительных мер перед уголовно-репрессивными.
Однако политическая атмосфера в обществе в 60—70-е годы наложила свой отпечаток на ряд направлений деятельности органов КГБ республики. Одним из них являлось узаконенное в соответствующих статьях Уголовного кодекса подавление политического инакомыслия.
Начавшийся в середине 80-х годов процесс перестройки открыл широкие возможности для обновления всех институтов власти и управления, в том числе органов госбезопасности. Исключение из Уголовного кодекса УССР антидемократических статей 62 и 1871 позволило органам КГБ сконцентрировать свое внимание на противодействии разведдеятельности спецслужб и используемых ими зарубежных организаций, включиться в борьбу с организованной преступностью. Учитывая настоятельную необходимость закрепления в законодательных актах республики правовой основы деятельности органов КГБ в современный период. Комитет госбезопасности выступает за принятие Верховным Советом УССР Закона об органах государственной безопасности.
В соответствии со статьей 32 Конституции СССР в обеспечении безопасности страны участвуют многие органы государственной власти и управления. Определение правовых основ обеспечения государственной безопасности, организующая и координирующая роль при осуществлении общих мер безопасности страны принадлежит высшим органам государственной власти и управления — съезду народных депутатов СССР. Верховному Совету СССР, Президенту СССР и Кабинету министров СССР. Министерства, государственные комитеты и ведомства СССР, подчиненные им учреждения и предприятия участвуют в разработке, установлении и осуществлении конкретных административно-правовых режимов, как важных элементов государственной безопасности. Судебные органы и органы прокуратуры также решают эту задачу в пределах своей компетенции.
Учитывая, что функции обеспечения государственной безопасности так же, как и обеспечения обороноспособности страны, Конституцией СССР отнесены к ведению Союза, поскольку при этом затрагиваются интересы всей федерации, КГБ СССР в настоящее время фактически выполняет функции общесоюзного государственного комитета, осуществляющего межотраслевое управление во вверенной ему сфере на всей территории страны как непосредственно, так и через органы госбезопасности субъектов федерации.
КГБ УССР, кроме ведомственной подотчетности КГБ СССР, подотчетен Верховному Совету УССР и подконтролен органам прокурорского надзора республики.