Свой отказ от еврейства ему пришлось переживать в реакционной России, в эпоху злейших гонений на его соплеменников. Это разбивало все его отвлеченные позиции и возвращало к горячей защите тех явлений и фактов, против которых сам он идеологически восставал. Правда, он не переставал подчеркивать, что защищает еврейство не как нацию, а как людей-мучеников, но это нисколько не понижает его пламенного заступничества за них и решительной борьбы с их врагами.
Борьба эта велась долго, в большом масштабе и решительными средствами. Письма к Достоевскому, Розанову и, вероятно, Толстому — лишь эпизоды этой кампании. Особенно примечательна здесь «Записка о положении евреев в России», лично поданная автором министру юстиции Муравьеву. Враждебно настроенный к Ковнеру еврейский литератор А. И. Паперна, выслушав эту записку в его чтении, был глубоко умилен ее тоном и содержанием: «Чтение длилось около часа. Записка составлена была с большим умением. Все в ней было логично обосновано и поражало детальным знакомством с положением евреев. Он читал с большим чувством, ясно было, что слова выходили из горячо любящего, болеющего сердца. И чем дальше он читал, тем он все вырастал в моих глазах, и в тот момент я почти забыл, что предо мой сидит выкрест, доносчик и предатель народа».
Даже этот враждебно настроенный слушатель почувствовал глубокий тон искренней и мучительной думы в этом странном «отступнике», исполненном такого живого сочувствия к своим «покинутым собратьям».
Эта основная нота глубокой боли за незаслуженные муки слышится неизменно в раздумьях Ковнера на всем протяжении его долгого умственного пути. При неизбежных метаниях, отступлениях, ошибках и перебоях основная линия его мысли, явственно наметившаяся в его первых страницах, проходит, углубляясь и ширясь, через всю его печатную и эпистолярную публицистику. Если в чисто моральном отношении он сравнительно поздно пришел к отчетливому осознанию своих воззрений (в 70-е годы, когда он допускал месть как средство расплаты с врагами, он был еще далек от кроткой этики Гиллеля), — то в остальном он рано определил свои убеждения и никогда не изменял им. В 60-е годы он не без усилия победил в себе талмудиста и принял самую передовую общественно-философскую доктрину этой поры. Преодоление национализма, борьба с богословским миросозерцанием, в котором он усматривал источник всех бедствий современного еврейства, стремление устроить общество на началах разума и справедливости — все это ложится в основу его воззрений и окрашивает все его писания. Его боевые книги 60-х годов, его журнальная деятельность, его ранняя беллетристика одинаково проникнуты этим протестантским духом, заслужившим ему кличку «опустошителя и разрушителя» со стороны еврейства и «безусловные запреты» его страниц со стороны русских властей. В следующем десятилетии он пишет свои письма к Достоевскому, в которых широко разворачивает свою атеистическую философию и проповедь высшего гуманизма. В 80-х годах, пережив свою катастрофу, он как бы озаряет свои воззрения постулатом той доброты и благожелательности, которой недоставало ему в момент его рокового поступка. В эту эпоху слагается та форма его убеждений, которая так отчетливо отлилась в его трактате, посланном впоследствии Розанову.
И, наконец, уже накануне смерти он подробно излагает автору «Религии и культуры» свою критику христианства, выражая решительное осуждение новейшему религиозно-философскому направлению русской интеллигенции. Эволюции основных воззрении Ковнера нельзя отказать в цельности и органичности.
Система его убеждений рельефно выразилась в следующей странице его письма к Розанову (от 7 октября 1901 г.).
«…Я давно, после долгой борьбы и долгих мучений пришел к полному убеждению, что нигде и ни в чем нет „секрета, тайны, шифра и чуда“, что сказания о сотворении мира, Аврааме, Моисее, субботе, и т. д. такие же детские сказки, как предание о египетских мистериях, чудесах Будды, „таинствах“ христианства, Николая Чудотворца и о. Иоанна Кронштадтского. Помните чудное стихотворение Шиллера о юноше и Изиде? Юноша увидел Истину — Ничто, и тут же упал и умер. Я также умер для познания истины о религиях, о боге и богах, о цели жизни, человечестве, Вселенной. Мое credo — это чудное пушкинское стихотворение:
„Дар напрасный, дар случайный“.
А раз — „цели нет передо мною“, то какое мне дело до смысла или бессмыслия обрезания, суббот, крещения, брака, даже до прогресса, всемирной истории, малых дел и великих слов, которыми убаюкивают себя мыслители и пророки всех времен и народов?»
К такому миросозерцанию пришел путем длительной эволюции, «после долгой борьбы и долгих мучений» этот неутомимый искатель целей существования, уже с детства пораженный чудовищным фактом бессмысленных массовых угнетений.
Этот высокий тон альтруистической думы и горячего протеста против неправды текущего во имя иной социальной справедливости сообщает фигуре этого забытого публициста вневременное значение.