Уже в конце XIII — начале XIV века создаются первые варианты жития Варлаама Хутынского и начинается его прославление в новгородских землях. А в середине XV века были обретены его нетленные мощи.
Вторая половина XV века стала временем проникновения культа Варлаама Хутынского в Москву. Но церковное празднование в честь его началось в Москве и затем по всей России только с 1461 года. Это было связано с чудом, свершившимся с великокняжеским постельничим Григорием, во время пребывания великого князя московского Василия II Темного в Новгороде.
Как гласит житие преподобного, Григорий тяжело заболел и был близок к смерти. Веруя в чудодейственную силу преподобного Варлаама Хутынского, Григорий попросил отвезти его для молитвы в Хутынский монастырь. Во сне ему явился сам чудотворец и обещал исцеление. Обрадованный Григорий с верою говорил окружающим: «Если на пути меня застанет смерть, все равно и мертвого везите меня к преподобному».
Так и случилось — по дороге в монастырь Григорий умер, но недалеко от обители вдруг ожил. А прибыв в монастырь и поклонившись преподобному, он исцелился окончательно.
По уверению Григория, умерев, он узрел святителя Николая Чудотворца и Варлаама Хутынского. Преподобный Варлаам оградил Григория иконой Николая Чудотворца от бесов и сказал: «Григорий! Ты молился великому чудотворцу Николаю и меня призывал на помощь; молись ему и впредь, а я — помощник твой». После чего вернул Григория в число живых.
Это чудо при гробнице Варлаама Хутынского настолько поразило великого князя, что он устроил первую в Москве церковь в честь чудотворца, и с этого началось его общерусское прославление. Так, уже в 1471 и 1480 гг. преподобный Варлаам числился в ряду чудотворцев русских в посланиях самого митрополита и собора русских иерархов.
Как можно заметить, общерусское прославление новгородского чудотворца началось с того момента, когда его чудотворная сила распространилась на московского жителя. Для религиозно-мистического сознания той поры это означало, что, несмотря на противоречия между Москвой и Новгородом, новгородский святой как бы благословил московского великого князя на дальнейшее собирание Русской земли под своей властью.
Думается, что во многом именно эта причина стала главной при включении Варлаама Хутынского в число общерусских святых. Ведь факт чудотворного исцеления постельничего московского великого князя означал, что местночтимые святые включались в сонм небесных покровителей московских великих князей, создавая духовную поддержку и покровительство их деяниям.
Не случайно чуду, случившемуся в 1460 году, начинает уделяться большое внимание в литературно-философской традиции. Уже в конце XV века ему посвятили два «Сказания», авторами которых были Родион Кожух и Пахомий Логофет. А чуть позднее Пахомий Логофет на основе какого-то ранее существовавшего текста пишет «Житие Варлаама Хутынского».
Почитание Варлаама Хутынского продолжилось и в XVI столетии. Как сообщает «Житие,» образ преподобного Варлаама оказался близок великому князю московскому Василию III Ивановичу. Явившись в 1516–1517 гг. в видении князю с просьбой о поставлении игуменов в три монастыря, Варлаам стал очень почитаем Василием Ивановичем. Между ними установилась особая мистическая связь, и преподобный часто являлся великому князю, укрепляя и обнадеживая его, он же возвестил князю о скорой кончине.
В 1515 году по повелению московского великого князя Василия III Ивановича в Хутыне на холме был воздвигнут новый собор Преображения Господня, самый высокий из всех новгородских храмов. Житие Варлаама Хутынского включается в Великие Минеи Четьи, причем в него добавляются все новые и новые чудеса, совершенные новгородским святым. При этом Варлаам Хутынский, помимо заступника за Новгород, иногда выступает молитвенником и за всю Русскую землю.
В этом отношении как заступник за Русскую землю Варлаам Хутынский долгое время соседствовал с Сергием Радонежским, зачастую в патрональных видениях они являлись вместе. Особенно подчеркивался момент, когда в 1521 году преподобный Варлаам Хутынский вместе с преподобным Сергием Радонежским выступил в качестве заступника за Москву во время нашествия крымского хана Магмет-Гирея.
Причем это видение фиксировалось разными источниками. Например, «Степенная книга» сообщает, что некой престарелой монахине было видение: из Кремля с иконой Божией Матери стал уходить сонм святых, забрав иконы и святыни. По выходе из кремлевских ворот святители были встречены Сергием Радонежским и Варлаамом Хутынским, которые умолили святых не уходить, а совершить совместный молебен за спасение Москвы. То же видение было еще трем бабам, о том же было поведано некоему пономарю. Заступничеством Сергия и Варлаама отшествие святых, а значит, и благодати из Москвы не произошло, небесные силы вступились за Русскую землю, и татары сами собой бежали из-под Москвы.
Кончина преп. Варлаама Хутынского.