В результате приказом наркома обороны от 16 февраля 1942 г. Разведуправление было реорганизовано в Главное разведывательное управление (ГРУ) с соответствующими структурными и штатными изменениями. Однако на этом реорганизация не закончилась, и 22 ноября 1942 г. приказом наркома обороны войсковая разведка была выведена из состава ГРУ, а разведотделам фронтов запретили вести агентурную разведку. Одновременно ГРУ перешло из подчинения Генштабу РККА в подчинение наркому обороны, а его задачей стало ведение всей агентурной разведки за рубежом и на оккупированной немцами территории СССР. Тем же приказом в составе Генштаба создается Разведывательное управление (РУ), на которое возлагалось руководство войсковой разведкой. Начальником ГРУ был назначен генерал-лейтенант И.И.Ильичев, а начальником РУ Генштаба - генерал-лейтенант Ф.Ф.Кузнецов.
Однако это решение, в результате которого фронтовые разведотделы лишили права вести агентурную разведку, оказалось ошибочным и было отрицательно воспринято практически всеми оперативными работниками разведки. Уже упоминавшийся В.А.Никольский, всю войну занимавшийся агентурной разведкой и во фронтовых разведотделах, и в Центре, так характеризует данное нововведение:
«Новая система не имела четкого положения, функции баз, как центров агентурной подготовки разведчиков, достаточно продуманы не были, материальные средства и техника, в том числе авиационная, а также радиоаппаратура оставляли желать лучшего. Созданная в Филях центральная разведшкола, рассчитанная на массовую подготовку в возможно короткие сроки агентов и радистов, спешно развернула свою работу, но не могла удовлетворить потребности в кадрах, ранее готовившихся десятком фронтовых школ…
Коренная ломка всей системы разведки в самом разгаре войны вызвала всеобщее удивление не только у офицеров этой службы, но и у всех командиров, в той или иной мере соприкасавшихся со штабной службой в звене армия фронт. Приказ о ликвидации фронтовых агентурных структур был отдан в самый ответственный момент начала нашего общего наступления под Сталинградом, подготовки Ленинградского и Волховского фронтов к прорыву блокады, наступления Северной группы Закавказского, Северо-Кавказского, Юго-Западного и Калининских фронтов. Дезорганизация разведки в этот период весьма отрицательно сказалась на боевой деятельности войск и явилась объективной причиной больших потерь, поскольку штабы фронтов в этот период нужной информации о противнике не получали.
В процессе выполнения этого непродуманного решения, навязанного армии в самый ответственный момент войны, разведка потеряла сотни подготовленных агентурных работников низового звена, значительную часть агентуры в тылу противника и на подготовке во фронтовых разведывательных школах, опытных маршрутников и связников, направленных в соответствии с приказом на пополнение войск.
С учетом организационного периода в разведуправлении с 20 декабря 1942 г. командующие фронтами практически остались без оперативной информации о положении в тылу противника. Получаемые в ГРУ сведения от бывшей фронтовой агентуры после их обработки в информационном отделе зачастую пересылались фронтам с таким опозданием, что они теряли свою актуальность. Терялась и оперативность в руководстве агентами и постановке им заданий. Оперативные офицеры в Центре не были в курсе изменений агентурной обстановки, ранее поступавших к ним напрямую» [262]
.В связи со сложившейся ситуацией весной 1943 г. командующие фронтами обратились с настоятельной просьбой в Ставку ВГК отменить вышеупомянутый приказ. Просьбу рассмотрели, и приказом наркома обороны от 18 апреля 1943 г. руководство войсковой и агентурной разведки фронтов было возложено на Разведуправление (РУ) Генштаба, которому из ГРУ передавалось управление, отвечающее за проведение агентурной работы и диверсионной деятельности на оккупированной территории СССР. На ГРУ возлагалось ведение зарубежной разведки. Это положение просуществовало до конца войны.
Разведуправление Генштаба размещалось в Москве в доме №17 по улице Карла Маркса и организационно состояло из следующих отделов:
1- й отдел (начальник -полковник С.И.Зайцев) занимался войсковой разведкой и имел функции главным образом инспекционного характера;
2- й отдел (начальник -генерал-майор Н.В.Шерстнев) занимался агентурной разведкой. Отдел имел четыре направления: северо-западное агентурное (начальник - подполковник Смирнов), западное агентурное (начальник - подполковник Никольский), юго-западное агентурное (начальник - подполковник Соколов) и диверсионное. Заместитель начальника отдела полковник Питалев курировал агентурные направления, а другой заместитель - полковник Косиванов - диверсионное направление;
3- й отдел (начальник -полковник Романов) занимался обработкой поступавшей информации.
Кроме этих трех основных отделов в Разведуправлении были и другие:
- политический отдел (начальник - полковник Мальков);
- отдел радио и радиотехнической разведки;
- следственный отдел, который совместно с 1-м и 2-м отделами работал с военнопленными;