Разумеется, столь активная работа подпольных радиопередатчиков на территории Швейцарии не могла не волновать немецкую контрразведку. В зондеркоманде «Красная капелла» они проходили под названием «Красная тройка». Точно установить принадлежность «Красной тройки» к советской разведке зондеркоманда смогла после ареста во Франции в ноябре 1942 г. А.Гуревича («Кент») и Л.Треппера («Отто»). С помощью захваченных шифров гестапо удалось прочитать часть радиограмм «Доры», после чего руководство контрразведки схватилось за голову - через Швейцарию шла утечка секретной информации из высшего военного командования вермахта. Но ликвидация передатчиков «Доры» затруднялась тем, что они действовали на территории нейтрального государства. Поэтому работа по «Красной тройке» была поручена так называемому бюро «Ф», резидентуре VI Управления РСХА, которой руководил Ганс Мейснер, числившийся генеральным консулом Германии в Берне.
В конце 1942 г. Мейснер поручил своему агенту в Женеве Гансу Петерсу попытаться завязать отношения с Маргаритой Болли. Вполне возможно, на нее вышли, ведя слежку за женой Ш.Радо Леной или О.Пюнтером, имена которых были хорошо известны гестапо. Так или иначе, но Петерсу удалось вскружить голову 23-летней девушке, влюбившейся в привлекательного молодого человека. Не последнюю роль в этом сыграло и то, что Петерс выдавал себя за антифашиста, коммуниста и члена подпольной группы Сопротивления. Но что самое страшное, Болли не поставила в известность о своем новом знакомом Ш.Радо. Таким образом гестапо проникло в агентурную сеть Радо и получило возможность наблюдать ее изнутри.
К лету 1943 г. бюро «Ф» в Берне, сравнив и проанализировав агентурные данные и дешифрованные тексты радиоперехватов, составило список возможных членов «Красной тройки». Туда входили Ш.Радо, его жена Лена, О.Пюнтер, Р.Дюбендорфер, Э.Хамель, А.Фут, М.Болли. К списку прилагались адреса, биографические справки и т. д. Резидентом справедливо считался Ш.Радо, а его помошником О.Пюнтер. В то же время немцы считали, что Пюнтер занимается главным образом административно-хозяйственным обеспечением группы, тогда как он вел большую оперативную работу. Были верно указаны радисты группы - Э.Хамель, А.Фут и М.Болли, но Р.Дюбендорфер считалась членом французской резидентуры, бежавшей в Швейцарию после разгрома групп «Кента» и «Отто». Что же касается источников резидентуры, о них у бюро «Ф» сложилось превратное представление. Так, немцы были уверены, что «Сиси» имеет связь не только с таинственным «Люци», но и непосредственно с «Вертером», «Ольгой», «Тедди» и другими источниками в Германии, и что связь между ними осуществляется посредством курьера, обладающего дипломатическим статусом. Кроме того, считалось, что «Люци» и «Тейлор» одно и то же лицо, выступающее под двумя псевдонимами. Но что самое главное, лица, выступающие под псевдонимами «Сиси» и «Тейлор», установлены не были. Таким образом основная задача, стоявшая перед контрразведкой, - выявление источников информации - не была решена.
Определив основной круг лиц, входящих в швейцарскую группу, немцы стали предпринимать шаги по ее ликвидации. Уже 8 сентября 1942 г., в самом начале проводимого расследования начальник VI управления РСХА В.Шелленберг конспиративно посетил Швейцарию и встретился с начальником спецслужб швейцарской конфедерации бригадным полковником Роже Массоном. Целью встречи стало намерение Шелленберга добиться ликвидации советской агентурной сети в Швейцарии. В этот раз Р.Массону удалось отделаться общими обещаниями. Но уже в марте 1943 г. во время очередной встречи Шелленберг намекнул Массону, что промедление в этом вопросе может осложнить германо-швейцарские отношения. То же самое было сказано Шелленбергом и комиссару полиции Швейцарии Мауереру во время визита последнего в Берлин.
Под нажимом Шелленберга Массон и Мауерер организовали передвижную службу радиопеленгации под командованием лейтенанта швейцарской разведки Трейрера, в нее вошли сотрудники бюро «Ф» ротмистр Ганс фон Пескаторе и оберефрейтор Вилли Пирт. В их распоряжении находились три машины радиоперенгации, с помощью которых они пытались обнаружить местонахождение женевских радиопередатчиков. Операция началась в сентябре 1943 г., а уже в начале октября было установлено место выхода в эфир - небольшой, отдельно стоящий домик на шоссе Флориссан. 14 октября 1943 г. во время передачи Эдмонда и Ольгу Хамели арестовали. В этот же день была арестована и М.Болли, которую задержали на квартире Г.Петерса. На допросах они всячески отрицали свою связь с советской разведкой, а когда им предъявили фотографию Ш.Радо, заявили, что видят этого человека в первый раз.