В отличие от своего предшественника, полковник Шапошников честно служил Советской власти. Позднее он возглавит Генштаб РККА и станет Маршалом Советского Союза.
На первых порах ВВС организовывал разведку на базе партизанского движения. В рамках Высшего военного совета существовал штаб партизанских формирований и отрядов, включавший в себя и разведывательный отдел. Задачей отдела была организация широкомасштабной разведки в оккупированных областях и в прифронтовой полосе, подготовка тайной агентуры на случай дальнейшего продвижения немецких и австро-венгерских войск вглубь России. В качестве агентуры предполагалось использовать жителей оккупированной полосы и партизан, причем агентов следовало вербовать только из «элементов, социально близких советской власти».
Как вспоминал в уже цитировавшейся книге В.М.Цейтлин, этот штаб «объединял действия всех отдельных отрядов, затем постепенно выросли западная и северная завесы, составлявшие как бы подвижный партизанский фронт мелких отрядов, оборонявших важнейшие направления, железнодорожные и другие пути сообщения, узлы железных дорог и т.д. Появились штабы западной и северной завесы, штабы отдельных отрядов и районов. В штабах появились разведывательные отделения, начали поступать сведения, появляются первые схемы и сводки».
Постепенно стали создаваться и разведывательные отделы при штабах военных округов. В мае 1918 г. на базе оперативного отдела штаба Московского военного округа возник еще один центральный разведывательный орган - Оперативный отдел Народного Комиссариата по военным делам (Оперод Наркомвоена). Он объединял всю агентурную и войсковую разведку на территории Советской России, а также выполнял специальные задания Совнаркома. Его начальником был назначен Семен Иванович Аралов. Разведкой в Опероде руководил Борис Иннокентьевич Кузнецов (1889-1957), в последующие годы служивший на штабных должностях в РККА (с 1940 г. - генерал-майор). Вот что писал в своих воспоминаниях С.И.Аралов про деятельность Оперода в то время:
«Организационное и разведывательное отделение оперода возглавлял молодой генштабист Б.И.Кузнецов, окончивший Николаевскую военную академию в 1916 или 1917 г. Когда отделение разрослось и его функции расширились, Кузнецов занялся исключительно вопросами военной разведки. Комиссаром отделения был член партии Макс Тракман. Здесь же работала в качестве секретаря Р.А.Крюгер.
В.И.Ленин придавал разведке первостепенное значение. Он требовал обязательной присылки ему газет, приказов и другого печатного материала из вражеского тыла, советовал подробно расспрашивать пленных, предоставлять им возможность встречаться с красноармейцами и крестьянами, чтобы те узнавали от них о зверствах белых генералов и помещиков. Владимир Ильич поручал добывать материалы о снабжении армий противника военной техникой, боеприпасами, обмундированием и продовольствием, о моральном состоянии солдат, политическом настроении населения района военных действий.
Всем этим и занимался аппарат отделения Б.И.Кузнецова. Сам Кузнецов всю свою жизнь посвятил военному делу. Встретил я его последний раз после Великой Отечественной войны в звании генерал-майора» [57] .
К сказанному остается лишь добавить, что и третий центральный орган советской разведки - Оперод, как, впрочем, и разведчасть ВВС, не вел серьезной агентурной работы, ограничиваясь лишь решением оперативных и тактических задач. Однако он был наиболее лоялен к новой власти, его сотрудники, молодые генштабисты выпуска 1917 г., по своему социальному происхождению являлись выходцами из той же среды разночинной интеллигенции, откуда вышло и большинство руководителей партии большевиков (а также и меньшевиков с эсерами). На первых порах они пользовались полным доверием со стороны советского руководства.
Параллельно с двумя новыми военными разведками продолжает функционировать и Отдел 2-го генерал-квартирмейстера. В начале 1918 г. он по-прежнему пытался заниматься стратегической агентурной разведкой под управлением все тех же начальников. Исполняющий должность 2-го генерал-квартирмейстера П.Ф.Рябиков по-прежнему осуществлял общее руководство работой Отдела. Исполняющий должность 3-го обер-квартирмейстера полковник А.В.Станиславский объединял и согласовывал работу разведывательного отделения с работой статистических отделений, отвечал за правильность и продуктивность военной разведки и за полное использование добытых материалов. 1-е (разведывательное) отделение являлось «добывающим», его возглавлял полковник Генштаба Николай Николаевич Шварц.