Исследуя эволюцию государственного организма Литовско-Русского государства, М. К. Любавский обращается к истории литовско-русского сейма. В 1902 г. ученый защищает докторскую диссертацию «Литовско-русский сейм» и удостаивается степени доктора русской истории. Благодаря высокой оценке труда в научных кругах, автор получил широкую известность и солидную научную репутацию. В этом же году М. К. Любавский по рекомендации В. О. Ключевского занимает его место заведующего кафедрой русской истории[8]
. Вместе с получением этого чрезвычайно важного поста (быть преемником В. О. Ключевского на кафедре было особенно почетно) увеличивается преподавательская нагрузка, вырастает количество административных обязанностей. М. К. Любавский читает лекции по «Древней русской истории», ведет источниковедческие семинары, читает курсы по исторической географии и истории западных славян[9].Кризис власти в стране в 1905–1907 гг. и подъем социально-политического движения затронул и научное сообщество России. Сложившаяся к началу XX в. профессиональная корпорация ученых находилась в целом на либеральных позициях и свою роль в политическом процессе оценивала, исходя из общих задач науки в преобразовании России. Конкретные действия московской профессуры, поддержанные другими учебными центрами страны, были направлены на достижение автономии высшей школы и реформу высшего образования. Результатом движения стало введение в августе 1905 г. «Временных правил», по которым университеты получали права ограниченной автономии. Преподавательский состав в лице Совета университета получил право самому избирать ректора, и первым избранным ректором Московского университета стал С. Н. Трубецкой.
О политических взглядах М. К. Любавского можно судить по ряду высказываний в письмах и статьях в «Голосе Москвы». Ученый отмежевывается от партий как правого, так и левого толка, политика которых, по его мнению, губительна для государства. Думается, что опыт историка-исследователя, привыкшего к взвешенным оценкам социально-политических процессов заставлял М. К. Любавского придерживаться достаточно консервативных позиций. Отрицательно относился ученый и к массовому революционному студенческому движению, которое делало университет ареной непрерывных столкновений с полицией, и призывал «вернуть его к прямому назначению служения науке»[10]
.По драматическому стечению обстоятельств именно М. К. Любавскому суждено было возглавить Московский университет в кризисное для русской науки время. В 1911 г. в результате деятельности министра народного просвещения Л. А. Кассо, направленной на ущемление университетской автономии, ректор А. А. Мануйлов и ряд виднейших профессоров и преподавателей подали в отставку и вышли из университета[11]
. В эти дни М. К. Любавский обращается к Совету университета с призывом «отстоять во что бы то ни стало нашу alma mater, спасти все, что только можно»[12]. М. К. Любавский отстаивает, прежде всего, интересы университета, как крупнейшего научного и культурного центра страны, разрушение которого недопустимо. Советом университета историк был избран ректором (до этого с 1908 г. он являлся деканом историко-филологического факультета; ректором он останется до весны 1917 г.).