Абакумов, пока был на посту, выбил у подследственных признательные показания. Заканчивает это дело уже другой, новый министр госбезопасности Игнатьев. Он пожалуется Берии и Маленкову: "Совершенно отсутствуют документы, подтверждающие показания арестованных о проводившейся ими шпионской и националистической деятельности". Слова Игнатьева означают, что Абакумов действовал хоть и традиционно кроваво, но не обеспечил проведения впечатляющего открытого процесса, подобного тем, что были в 30-х годах. Впрочем, это ничего не меняет. Просто процесс над членами Еврейского антифашистского комитета сделают закрытым. Абакумова во время процесса над членами ЕАК возят на допросы из внутренней тюрьмы МГБ в Лефортово и обратно. А сразу после ареста его привезли в специализированную тюрьму на улице Матросская Тишина. Она открыта в 1950 году, еще в бытность Абакумова главой МГБ. "Матросская Тишина" создана специально для высокопоставленных политзаключенных. Она компактная, рассчитала на 35–40 человек. Плюс 35 кабинетов для следователей. Начальник "Матросской Тишины" Абакумову как министру госбезопасности никогда не подчинялся. Эту политическую тюрьму курирует непосредственно секретарь ЦК Маленков. Находящемуся под арестом Абакумову, начинавшему дело о "сионистском заговоре", предъявлено обвинение в участии в этом самом заговоре.
Абакумову инкриминируется, что "он, стремясь к высшей власти в стране, сколотил в МГБ СССР преступную группу из еврейских националистов, с помощью которых обманывал и игнорировал ЦК КПСС". Фактически Абакумов объявлен главой "сионистского заговора". Смерть доктора Этингера в результате пыток в холодильной камере рассматривается теперь следствием как ход Абакумова по ликвидации ценного свидетеля.
Военная коллегия в ходе процесса о так называемом "сионистском заговоре" позволит себе усомниться в виновности подсудимых. Это исключительный случай для сталинского правосудия. Председатель Военной коллегии Чепцов предложит вернуть дело на доследование. Доследования не будет. Приговор определен в Кремле: 13 человек — к высшей мере наказания. Нерасстрельный приговор получает единственный член ЕАК — первая женщина-академик физиолог Лина Штерн.
Через допросы и издевательства в ведомстве Абакумова по обвинению в еврейском национализме пройдет и жена Молотова Полина Жемчужина.
Формальным поводом для ее ареста служит ее беседа с израильским послом в Москве Голдой Меир. Они разговаривали на идише во время дипломатического приема в МИДе по случаю 31-й годовщины Октябрьской революции 8 ноября 1948 года.
На самом деле арест жены Молотова — это шаг против Молотова. В марте 1949-го он снят с постов министра иностранных дел и первого зама председателя Совмина. Но оставлен просто заместителем. Жену Молотова отправляют в ссылку.
В январе 1953 года, уже в отсутствие в МГБ Абакумова, ее опять арестуют и привезут в Москву. Сталин планирует использовать ее в ходе процесса над Молотовым и Абакумовым. Этого процесса не будет потому, что Сталин умрет. Это спасет Молотова.
Абакумова после ареста самого посадят на длительный срок в камеру-холодильник, которую он сам придумал, куда сам сажал доктора Этингера, где тот и умер.
Абакумов после холодильной камеры напишет Берии и Маленкову: "Со мной проделали что-то невероятное. Меня привели в холодильную камеру. Я никогда о наличии в Лефортово таких холодильников не знал. Такого зверства я никогда не видел. Меня чудом отходили. Я все время спрашивал, кто разрешил проделать со мной такие штуки. Мне ответили: "Руководство МГБ". Прошу вас, Лаврентий Павлович и Григорий Максимилианович, вернуть меня к работе. Уважающий вас Абакумов".
Фото из следственного дела В. Абакумова
Известно, что, кроме доктора Этингера, Абакумов отправлял в холодильник актрису Татьяну Окуневскую. Из воспоминаний Окуневской: "Я в холодильнике. В углу крошечный откидной треугольник, сесть на него невозможно, соскальзываешь или примерзаешь к стене. Следователь Соколов тихо говорит: "Надо все подписывать. Нечего корчить из себя Зою Космодемьянскую. Не таких, как ты, ломаем. Маршалов ломаем"".
Окуневская арестована по ложному обвинению по личному указанию Абакумова. Реальная причина ареста актрисы в том, что она не уступила желаниям министра. Следователь Соколов, допрашивавший Окуневскую по распоряжению Абакумова, потом войдет в бригаду следователей по делу самого Абакумова.
Обвинения против Абакумова будут меняться. Его будут вести по "делу врачей": сперва, до самой смерти Сталина, потому что был недостаточно жесток, после смерти Сталина — потому что был слишком жесток. Потом объявят пособником югославского руководителя Тито. Потом после ареста Берии он пойдет по одному делу с Берией.
В 1954-м расстрелян.
От всех остальных руководителей органов госбезопасности, действовавших в течение трех десятилетий сталинского беззакония и террора, Абакумов отличается одним: в ходе следствия и суда он не признал ни одного из выдвинутых обвинений. Всегда говорил, что действовал по приказу ЦК и Сталина. И что другой жизни у него не может быть.