Казна выскребалась до дна: ведь регулярная армия требовала жалованья, вооружения и снаряжения, припасов и продовольствия. В 1680 году Федор Алексеевич провел генеральную ревизию всех приходо-расходных дел приказов, требуя и даже прося «очистить» в текущем году всю массу накопившихся недоимок, а в 1681 году указал каждую найденную копейку прямо «отсылать в Розряд на дачу в… жалованье ратным людям».
Не без пользы для вразумления сторонников войны царь в 1680 году потребовал от всех чинов Государева двора вернуть казне долги, взятые еще до 1676 года, и выплатить поруки за неисправных подрядчиков и «винных уговорщиков», за которых придворные много, лет безнаказанно ручались. Верный Д.М. Башмаков составил в Печатном приказе сводную ведомость о долгах всероссийского дворянства по всем нейтральным ведомствам: их велено было выплатить под угрозой конфискации «животов» и имений.
Острая нужда в наличных вынудила царя ввести откупа на косвенные налоги, дававшие основную прибыль. В 1679/80 финансовом году, например, из прихода в один миллион двести двадцать тысяч триста шестьдесят семь рублей пятьдесят три процента дали таможенные и кабацкие сборы, сорок четыре процента — прямое обложение и две целых семь десятых процента — мелкие пошлины (шестьдесят два и две десятых процента расходов ушло на армию).
Продажа водки и без откупов столь повреждала нравы, что в 1678/79 году патриарх Иоаким предложил голов и целовальников «к вере не приводить» — все равно своруют, лучше ужесточить контроль и наказания, но не губить души заведомо ложной клятвой. «А бояре говорили: и за верою у голов и у целовальников было воровство многое, а без подкрепления веры опасно воровства и больше прежняго!»
Присягу отменили, в кабаках, конечно, «объявилось воровство многое, но недостачу выборные объясняли конкуренцией откупщиков, буквально обложивших кабаками окрестности городов (куда их не пускали). Немедленно после заключения мира с Турцией и Крымом откупа были отменены и экстренные налоги отставлены. Вскоре Федор Алексеевич по просьбе „посадских и уездных людей“ простил все недоимки 1676-1679 годов.
Сниженный прямой налог выстоял, и царь сделал новый шаг, обратившись к собору «двойников» с вопросом: «Нынешний платеж… платить им вмочь или невмочь, и для чего невмочь?» Выслушав ответы, Федор Алексеевич девятнадцатого декабря 1681 года вообще простил все недоимки, еще раз снизил общую сумму обложения и подробно разъяснил льготы для каждого уезда в грамотах.
Основанием для снижения налога стал перерасчет расходов на содержание армии в мирное время. Сумму распределили по десяти разрядам в соответствии с экономическим развитием каждого района, чтобы в глухих углах брать от восьмидесяти копеек до одного рубля с двора, а в крупнейших торгово-промышленных центрах — свыше двух рублей с двора. Совершенствуя сбор косвенных налогов, Федор Алексеевич добился огромного роста казенной прибыли, используя выборных голов и целовальников, но сознавая, что служба «за верою» является тяжелой повинностью для тех кто не ворует.
Уравнению казенных повинностей был посвящен второй вопрос государя к собору «двойников», повторенный в указе от 11 декабря 1681 года, поручавшем возглавить собор Б.В. Голицыну. Как обычно, Федор Алексеевич требовал принятия решения на основе полной справки о повинностях по всему государству и указывал, что предложения должны быть направлены на то, «чтоб всем по его государскому милостивому рассмотрению служить и всякие подати платить в равенстве и не в тягость».
Незамедлительно после смерти государя, 6 мая 1682 года, «двойники» были без дела распущены по домам. Даже В.В. Голицын, который с наибольшим основанием может считаться советником Федора Алексеевича, сделавшись после его смерти главой правительства и канцлером, не продолжил ни это, ни какое-либо другое реформаторское начинание, касающееся тяглецов.
Боярская дума, значительно усилившая свою власть при малолетних царях Иване и Петре, оставила в стороне вопрос о генеральном межевании земель, столь занимавший ее и дворянство в целом в царствование Федора. Оказывается, и здесь «хилый, больной» государь был инициатором. Уже в 1677 году Федор Алексеевич, буквально осаждаемый дворянскими челобитными, послал на места межевщиков, а вслед за ними чиновников для наказания дворян, казаков и крестьян, кои, «скопясь многолюдством, бунтом со всяким ружьем» бились на межах.
Новое решение о межевании было принято царем и Думой в 1679 году, еще одно — в 1680 году. Вновь, в четвертый раз обещая провести межевание, царь отмечал, что даже среди высшего слоя его двора при разграничении владений «чинятся меж"собою бои и грабеж, а у иных и смертные убойства»: для межевания в Московском уезде пришлось разработать «дополнительные статьи к наказу писцам».