Барон А. П. Николаи, поспешно назначенный министром просвещения в 1881 г., явно не годился для проведения университетской контрреформы: на посту товарища министра просвещения А. В. Головнина он участвовал в выработке устава 1863 г. и сохранил к нему приверженность. «Я положительно расхожусь во многом с Николаи, — писал Александр III Победоносцеву, — и не могу одобрить многие из его действий, а главное, что его подкладка — это Головнин, сей злосчастный гений и друг в. кн. Константина Николаевича, и я знаю из верных источников, что они оба работают и пихают Николаи идти против желаний правительства».
И. Д. Делянов, назначенный вместо А. П. Николаи, был из тех, кто никогда бы не пошел «против желаний правительства». Потому он и оставался на этом посту до своей смерти в 1897 г. Он был ставленником Каткова и Толстого и полностью подчинялся их указаниям. Ничего не меняя в проекте Университетской контрреформы, он внес его в мае 1884 г. в Государственный совет, где обстановка оказалась достаточно сложной. В оппозиции к проекту числили здесь не только Д. А. Милютина, А. А. Абазу, М. Т. Лорис-Меликова, но и бывших министров просвещения — Е. П. Ковалевского, А. В. Головнина, А. П. Николаи, а также таких влиятельных сановников, как Н. X. Бунге, А. А. Половцев и даже сам К. П. Победоносцев.
Противник университетской реформы 1863 г., Победоносцев с сомнением отнесся к той роли, которая отводилась новым уставом науке. Признавая необходимость ее подчинения государственным интересам, бывший университетский профессор все же устрашился столь полного принесения ее в жертву политическим целям. Благонадежность фактически выдвигалась здесь более важным критерием оценки преподавания, нежели его научный уровень. Поистине «храмы науки» превращались, по выражению П. А. Валуева, в «высшие полицейско-учебные заведения». Победоносцев выступил против введения государственных экзаменов, настаивая, что экзаменовать студентов должны сами преподаватели, а не назначенные Министерством просвещения чиновники (как было задумано авторами проекта).
Его защитники в Государственном совете (И. Д. Делянов, М. Н. Островский, П. П. Шувалов, Т. И. Филиппов) выглядели жалко на фоне блестящих выступлений сторонников университетской автономии и остались здесь в меньшинстве. Это заставило Александра III отложить решение вопроса, для него самого вполне ясного, до осени. Однако императору не терпелось внести новый устав в предстоящем 1884/85 учебном году, и в августе он созывает совещание в Ропше (под Петербургом), куда вместе с защитниками проекта контрреформы приглашает и Победоносцева.
Доводы Константина Петровича об опасности падения уровня образования не казались Александру III столь уж важными. Гораздо ближе и понятнее ему были соображения о том, что университеты — дело государственное, а профессора — должностные лица, находящиеся на коронной службе, и потому должны не выбираться, а назначаться правительством. Да и принцип выборности был столь ненавистен царю, что уже одно это предрешало его мнение. Александр III принял сторону меньшинства, поддержав проект нового университетского устава.
Надо ли говорить, что и Победоносцев в ходе обсуждения присоединился к сторонникам проекта. «Вице-император», как его называли в придворных кругах, умел стоять один против всех, если чувствовал поддержку самодержца. Но пойти против него — даже в союзе с подавляющим большинством Государственного совета — никогда бы не осмелился. Впрочем, вопрос, который особенно смущал Константина Петровича, — об отделении экзаменов от преподавания — был решен компромиссно. Наряду с государственными экзаменами вводились и факультативные, которые принимались профессурой.
Устав 1884 г. резко ограничивал автономию университетов, усиливая власть над ними попечителей учебных округов и Министерства просвещения. Должности ректора, декана, профессоров замещались по назначению этого последнего.
Публицист Катков, особо ценимый Александром III, горячо приветствовал университетский устав 1884 г. как «первый органический закон нового царствования», значение которого далеко выходит за рамки учебного дела. По словам редактора «Московских ведомостей», если устав 1863 г. был «началом системы упразднения государственной власти», то устав 1884 г. знаменовал ее возрождение. «Итак, господа, — злорадно и торжествующе обращался идеолог самодержавия к тем, чьи надежды на либерализацию не сбылись, — встаньте, правительство идет, правительство возвращается».