Императрица прежде всего отменила нововведения своего незадачливого супруга и учредила ряд комиссий, которым поручила выработать законопроекты в разных областях. Этим она убивала сразу двух зайцев: и оттягивала время, и как бы передавала право подготовки реформы в руки самих подданных. Для умиротворения же крестьян был послан князь А. А. Вяземский — человек твердый и исполнительный. Ему было строго велено прежде всего разобраться в причинах волнений, постараться их устранить, договориться с бунтующими и только в крайнем случае применять силу. Вяземский успешно справился с данным ему поручением, и в результате его доклада появился указ Екатерины Берг-коллегии от 9 апреля 1763 г., в котором отмечалось, что сиятельные заводчики приписывали к своим предприятиям самых лучших крестьян, оставляя в деревнях физически слабых, что сразу же ухудшило положение крестьян. Отягощение произошло и вследствие несправедливого распределения работы между деревней и фабрикой, причем «налог работ усмотрен столь велик, что работник того в день выработать отнюдь не может ни пеший, ни конный, что на него налагается». Далее говорилось о несправедливой зарплате, увозе крестьян на далекое расстояние от дома и их семей и прочее. Естественным следствием этого, заключала императрица, были волнения приписных крестьян, и теперь заводчикам надлежит самим с крестьянами «на некоторой договор примиретельной пойти, потому что и для самих содержателей заводов не полезно, чтоб крестьяне, приписанные к заводам, совершенно были разорены». Одновременно правительство начало выкупать заводы у крупных вельмож в казну. Эта мера на некоторое время погасила волнения приписных крестьян, но на развитии промышленности сказалась не слишком благоприятно, поскольку у государства не было достаточных средств для развития тяжелой индустрии, и уже к концу века она стала отставать от ведущих европейских стран.
Ловко играя на противоречиях в своем ближайшем окружении, Екатерине довольно быстро удалось стать достаточно независимой и получить, таким образом, возможность самостоятельно принимать решения. Она была подчеркнуто внимательна к советам, которые ей давали, сама просила о них, но следовала им, лишь когда была уверена в их правильности. Так был отвергнут проект Н. И. Панина — фактически главы оппозиции в екатерининском окружении — о создании совета при императрице, который бы значительно ограничил ее реальную власть. Но не для того она боролась за власть, чтобы сразу же расстаться хотя бы с ее частью. Несколько лет спустя совет был создан, но как чисто совещательный орган, без всяких властных полномочий.
А вот другую рекомендацию Панина Екатерина приняла. В 1763 г. по его проекту была осуществлена сенатская реформа. Необходимость коренной реорганизации Сената, этого детища Петра Великого, назрела давно. Преемники царя-реформатора то низводили его до ничтожного состояния, то вновь подымали. В результате указы Сената на местах практически не исполнялись, дела рассматривались годами, а сами сенаторы давно перестали ощущать себя коллективным alter ego государя, какими хотел их видеть Петр. В ходе реформы 1763 г. правительствующий Сенат был разделен на шесть департаментов со строго определенными функциями каждого. Во главе департаментов были поставлены обер-прокуроры, подчинявшиеся генерал-прокурору. В ведение каждого департамента передавалась определенная сфера государственного управления и конкретные государственные учреждения. Сенат по-прежнему сочетал административную, контрольную и судебную функции, хотя номинально лишился функции законодательной. В результате реформы он стал работать оперативнее и квалифицированнее. На некоторое время проблема реформы центрального управления потеряла былую остроту. И лишь в последнее десятилетие своей жизни Екатерина вновь вернулась к идее реформы Сената, подготовила обширный проект, но реализовать его так и не успела.
Другая проблема, решение которой откладывать было невозможно, была связана с церковными имениями. 12 августа 1762 г. Екатерина своим указом ликвидировала созданную Петром III Коллегию экономии и вернула духовенству его вотчины и крестьян. Но проблема осталась. Во-первых, сам факт владения Церковью подобными богатствами не вписывался в екатерининскую концепцию идеального государства, не соответствовал ее взглядам на роль Церкви. Во-вторых, государство остро нуждалось в деньгах, и через секуляризацию церковных земель можно было быстро пополнить казну. Наконец, в-третьих, взаимоотношения между крестьянами и монастырскими властями обострились как никогда прежде, и государство вынуждено было вмешиваться, чтобы уладить конфликты. И это было использовано как очень удобный предлог. Государство как бы говорило Церкви: или справляйтесь с крестьянами сами, или отдайте их мне, а на то, чтобы всякий раз посылать для их усмирения воинские команды, у меня средств нет.